seq1 = pF1KB9903.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KB9903/gi568815596f_113557908.tfa (gi568815596f:113557908_113758672), 200765 bp

>pF1KB9903 765
>gi568815596f:113557908_113758672 (Chr2)

1-765  (100001-100765)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCAAGCTGACGGCGGAGCTGATCGAGCAGGCGGCGCAGTACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCAAGCTGACGGCGGAGCTGATCGAGCAGGCGGCGCAGTACACCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGTGCGCGACCGGGAGCTGGACCTCCGGGGGTATAAAATTCCCGTCA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCAGTGCGCGACCGGGAGCTGGACCTCCGGGGGTATAAAATTCCCGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGAAAATCTAGGTGCTACGTTAGACCAGTTTGATGCTATTGATTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGAAAATCTAGGTGCTACGTTAGACCAGTTTGATGCTATTGATTTTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAATGAGATCAGGAAACTGGATGGTTTTCCTTTGTTGAGAAGACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACAATGAGATCAGGAAACTGGATGGTTTTCCTTTGTTGAGAAGACTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACATTGTTAGTGAACAACAACAGAATATGCCGTATAGGTGAGGGACTTG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACATTGTTAGGGAACAACAACAGAATATGCCGTATAGGTGAGGGACTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCAGGCTCTGCCCTGTCTGACAGAACTCATTCTCACCAATAATAGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100251 ATCAGGCTCTGCCCTGTCTGACAGAACTCATTCTCACCAATAATAGGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGAACTGGGTGATCTGGACCCTCTGGCATCTCTCAAATCGCTGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGAACTGGGTGATCTGGACCCTCTGGCATCTCTCAAATCGCTGACTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTAAGTATCCTAAGAAATCCGGTAACCAATAAGAAGCATTACAGATTGT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTAAGTATCCTAAGAAATCTGGTAACCAATAAGAAGCATTACAGATTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGTGATTTATAAAGTTCCGCAAGTCAGAGTACTGGATTTCCAGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGTGATTTATAAAGTTCCGCAAGTCAGAGTACTGGATTTCCAGAAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAACTAAAAGAGCGTCAGGAAGCAGAGAAAATGTTCAAGGGCAAACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAACTAAAAGAGCGTCAGGAAGCAGAGAAAATGTTCAAGGGCAAACGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCACAGCTTGCAAAGGATATTGCCAGGAGAAGCAAAACTTTTAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCACAGCTTGCAAAGGATATTGCCAGGAGAAGCAAAACTTTTAATCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGCTGGTTTGCCAACTGACAAAAAGAAAGGTGGGCCATCTCCAGGGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100551 GTGCTGGTTTGCCAACTGACAAAAAGAAAGGTGGGCCATCGCCAGGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTAGAAGCAATCAAGAATGCCATAGCAAATGCTTCAACTCTGGCTGAAGT
        |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTAGAAACAATCAAGAATGCTATAGCAAATGCTTCAACTCTGGCTGAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGAGAGGCTGAAGGGGTTGCTGCAGTCTGGTCAGATCCCTGGCAGAGAAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGAGCGGCTGAAGGGGTTGCTGCAGTCTGGTCAGATCCCTGGCAGAGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAGATCAGGGCCCACTGATGATGGTGAAGAAGAGATGGAAGAAGACACA
        ||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAAATCGGGGCCCACTGGTGATGGTGAAGAAGAGATGGAAGAAGACACA

    750     .    :    .
    751 GTCACAAACGGGTCC
        |||||||||||||||
 100751 GTCACAAACGGGTCC