seq1 = pF1KB9897.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KB9897/gi568815596r_37007276.tfa (gi568815596r:37007276_37247806), 240531 bp

>pF1KB9897 1530
>gi568815596r:37007276_37247806 (Chr2)

(complement)

1-119  (100001-100119)   100% ->
120-240  (100834-100954)   100% ->
241-389  (106106-106254)   100% ->
390-516  (108050-108176)   100% ->
517-593  (109222-109298)   100% ->
594-687  (109444-109537)   98% ->
688-722  (110790-110824)   100% ->
723-785  (112261-112323)   100% ->
786-944  (125143-125301)   100% ->
945-1125  (127668-127848)   100% ->
1126-1254  (132948-133076)   100% ->
1255-1356  (138512-138613)   100% ->
1357-1410  (140280-140333)   100% ->
1411-1530  (140412-140531)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGTGATCTTTCAGCAGGTTTCTTCATGGAGGAACTTAATACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGTGATCTTTCAGCAGGTTTCTTCATGGAGGAACTTAATACATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTCAGAAGCAGGGAGTAGTACTTAAATATCAAGAACTGCCTAATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGTCAGAAGCAGGGAGTAGTACTTAAATATCAAGAACTGCCTAATTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCTCCACATGATAGGAG         GTTTACATTTCAAGTTATAATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100101 GACCTCCACATGATAGGAGGTA...CAGGTTTACATTTCAAGTTATAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGGAAGAGAATTTCCAGAAGGTGAAGGTAGATCAAAGAAGGAAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 GATGGAAGAGAATTTCCAGAAGGTGAAGGTAGATCAAAGAAGGAAGCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATGCCGCAGCCAAATTAGCTGTTGAGATACTTAATAAGGAAAAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100906 AAATGCCGCAGCCAAATTAGCTGTTGAGATACTTAATAAGGAAAAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GCAGTTAGTCCTTTATTATTGACAACAACGAATTCTTCAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100956 TG...TAGGCAGTTAGTCCTTTATTATTGACAACAACGAATTCTTCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGATTATCCATGGGGAATTACATAGGCCTTATCAATAGAATTGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106148 GGATTATCCATGGGGAATTACATAGGCCTTATCAATAGAATTGCCCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAAGACTAACTGTAAATTATGAACAGTGTGCATCGGGGGTGCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106198 GAAAAGACTAACTGTAAATTATGAACAGTGTGCATCGGGGGTGCATGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAAGG         ATTTCATTATAAATGCAAAATGGGACAGAAAGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106248 CAGAAGGGTA...TAGATTTCATTATAAATGCAAAATGGGACAGAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATAGTATTGGTACAGGTTCTACTAAACAGGAAGCAAAACAATTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108084 TATAGTATTGGTACAGGTTCTACTAAACAGGAAGCAAAACAATTGGCCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAACTTGCATATCTTCAGATATTATCAGAAGAAACCTCAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108134 TAAACTTGCATATCTTCAGATATTATCAGAAGAAACCTCAGTGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   AAATCTGACTACCTGTCCTCTGGTTCTTTTGCTACTACGTGTGAGTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109220 AGAAATCTGACTACCTGTCCTCTGGTTCTTTTGCTACTACGTGTGAGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAAGCAACTCTTTAGTGACCAGCACACT         CGCTTCTGAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109270 CAAAGCAACTCTTTAGTGACCAGCACACTGTA...TAGCGCTTCTGAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATCATCTGAAGGTGACTTCTCAGCAGATACATCAGAGATAAATTCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109456 ATCATCTGAAGGTGACTTCTCAGCAGATACATCAGAGATAAATTCTAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGACAGTTTGAACAGTTCTTCGTTGCTTATG         AATGGTCTC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109506 GTGACAGTTTAAACAGTTCTTCGTTGCTTATGGTA...TAGAATGGTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGAAATAATCAAAGGAAGGCAAAAAG         ATCTTTGGCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110799 AGAAATAATCAAAGGAAGGCAAAAAGGTG...TAGATCTTTGGCACCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATTTGACCTTCCTGACATGAAAGAAACAAAGTATACTGTGGACAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112276 ATTTGACCTTCCTGACATGAAAGAAACAAAGTATACTGTGGACAAGAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    786        GAAGGCGGAGCGTGAAGTAAAAGCATTGGCAAAACTTGATCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112326 A...TAGGAAGGCGGAGCGTGAAGTAAAAGCATTGGCAAAACTTGATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTAAATATTGTTCACTACAATGGCTGTTGGGATGGATTTGATTATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125186 GTAAATATTGTTCACTACAATGGCTGTTGGGATGGATTTGATTATGATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAGACCAGTGATGATTCTCTTGAGAGCAGTGATTATGATCCTGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125236 TGAGACCAGTGATGATTCTCTTGAGAGCAGTGATTATGATCCTGAGAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCAAAAATAGTTCAAG         GTCAAAGACTAAGTGCCTTTTCATC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 125286 GCAAAAATAGTTCAAGGTA...CAGGTCAAAGACTAAGTGCCTTTTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAAATGGAATTCTGTGATAAAGGGACCTTGGAACAATGGATTGAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127693 CAAATGGAATTCTGTGATAAAGGGACCTTGGAACAATGGATTGAAAAAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAGAGGCGAGAAACTAGACAAAGTTTTGGCTTTGGAACTCTTTGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127743 AAGAGGCGAGAAACTAGACAAAGTTTTGGCTTTGGAACTCTTTGAACAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAACAAAAGGGGTGGATTATATACATTCAAAAAAATTAATTCATAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127793 TAACAAAAGGGGTGGATTATATACATTCAAAAAAATTAATTCATAGAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTTAAG         CCAAGTAATATATTCTTAGTAGATACAAAACAAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127843 CTTAAGGTA...TAGCCAAGTAATATATTCTTAGTAGATACAAAACAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAAGATTGGAGACTTTGGACTTGTAACATCTCTGAAAAATGATGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132983 AAAGATTGGAGACTTTGGACTTGTAACATCTCTGAAAAATGATGGAAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GAACAAGGAGTAAGGGAACTTTGCGATACATGAGCCCAGAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 133033 GAACAAGGAGTAAGGGAACTTTGCGATACATGAGCCCAGAACAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1255    ATTTCTTCGCAAGACTATGGAAAGGAAGTGGACCTCTACGCTTTGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138509 TAGATTTCTTCGCAAGACTATGGAAAGGAAGTGGACCTCTACGCTTTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCTAATTCTTGCTGAACTTCTTCATGTATGTGACACTGCTTTTGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138559 GCTAATTCTTGCTGAACTTCTTCATGTATGTGACACTGCTTTTGAAACAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAAAG         TTTTTCACAGACCTACGGGATGGCATCATCTCAGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138609 CAAAGGTA...CAGTTTTTCACAGACCTACGGGATGGCATCATCTCAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATATTTGATAAAAAAGAA         AAAACTCTTCTACAGAAATTACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 140316 ATATTTGATAAAAAAGAAGTA...CAGAAAACTCTTCTACAGAAATTACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTCAAAGAAACCTGAGGATCGACCTAACACATCTGAAATACTAAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140435 CTCAAAGAAACCTGAGGATCGACCTAACACATCTGAAATACTAAGGACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1484 TGACTGTGTGGAAGAAAAGCCCAGAGAAAAATGAACGACACACATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140485 TGACTGTGTGGAAGAAAAGCCCAGAGAAAAATGAACGACACACATGT