seq1 = pF1KB9885.tfa, 1959 bp
seq2 = pF1KB9885/gi568815589f_116597743.tfa (gi568815589f:116597743_116799701), 201959 bp

>pF1KB9885 1959
>gi568815589f:116597743_116799701 (Chr9)

1-1959  (100001-101959)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCAGCAGCAGCTTCTCACCTGAACCTGGATGCCCTCCGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCAGCAGCAGCTTCTCACCTGAACCTGGATGCCCTCCGGGAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTAGAATGCCCCATCTGCATGGAGTCCTTCACAGAAGAGCAGCTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTAGAATGCCCCATCTGCATGGAGTCCTTCACAGAAGAGCAGCTGCGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGCTTCTGCACTGTGGCCATACCATCTGCCGCCAGTGCCTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAGCTTCTGCACTGTGGCCATACCATCTGCCGCCAGTGCCTGGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTATTGGCCAGTAGCATCAATGGTGTCCGCTGTCCCTTTTGCAGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTATTGGCCAGTAGCATCAATGGTGTCCGCTGTCCCTTTTGCAGCAAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACCCGCATAACCAGCTTGACCCAGCTGACAGACAATCTGACAGTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACCCGCATAACCAGCTTGACCCAGCTGACAGACAATCTGACAGTGCTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATCATTGATACAGCTGGGCTCAGCGAGGCTGTGGGGCTGCTCATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATCATTGATACAGCTGGGCTCAGCGAGGCTGTGGGGCTGCTCATGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGTCCTGTGGGCGGCGTCTGCCCCGGCAATTCTGCCGGAGCTGTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGTCCTGTGGGCGGCGTCTGCCCCGGCAATTCTGCCGGAGCTGTGGTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGTTATGTGAGCCCTGCCGGGAGGCAGACCATCAGCCTCCTGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGTTATGTGAGCCCTGCCGGGAGGCAGACCATCAGCCTCCTGGCCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTACACTCCCTGTCAAAGAAGCAGCTGAGGAGCGGCGTCGGGACTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTACACTCCCTGTCAAAGAAGCAGCTGAGGAGCGGCGTCGGGACTTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGAAGTTAACTCGTCTGCGGGAACTTATGGGGGAGCTGCAGCGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGAAGTTAACTCGTCTGCGGGAACTTATGGGGGAGCTGCAGCGGCGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCAGCCTTGGAAGGTGTCTCCAAGGACCTTCAGGCAAGGTATAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCAGCCTTGGAAGGTGTCTCCAAGGACCTTCAGGCAAGGTATAAAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCTCCAGGAGTATGGGCATGAGGAGCGCAGGGTCCAGGATGAGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCTCCAGGAGTATGGGCATGAGGAGCGCAGGGTCCAGGATGAGCTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCTCTCGGAAGTTCTTCACAGGCTCTTTGGCTGAAGTTGAGAAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCTCTCGGAAGTTCTTCACAGGCTCTTTGGCTGAAGTTGAGAAGTCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAGTCAAGTGGTAGAGGAGCAGAGTTACCTGCTTAACATTGCAGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TAGTCAAGTGGTAGAGGAGCAGAGTTACCTGCTTAACATTGCAGAGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCTGTGTCTCGCTGTGACTACTTCCTGGCCAAGATCAAGCAGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCTGTGTCTCGCTGTGACTACTTCCTGGCCAAGATCAAGCAGGCAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTAGCACTACTGGAGGAGACAGCTGATGAGGAGGAGCCAGAGCTCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTAGCACTACTGGAGGAGACAGCTGATGAGGAGGAGCCAGAGCTCACTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCTTGCCTCGGGAGCTCACCCTGCAAGATGTGGAGCTCCTTAAGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCTTGCCTCGGGAGCTCACCCTGCAAGATGTGGAGCTCCTTAAGGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTCATGTTGGCCCCCTCCAAATTGGACAAGCTGTTAAGAAGCCCCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTCATGTTGGCCCCCTCCAAATTGGACAAGCTGTTAAGAAGCCCCGGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTTAACGTGGAAGATTCCTGGGCCATGGAGGCCACAGCGTCTGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTTAACGTGGAAGATTCCTGGGCCATGGAGGCCACAGCGTCTGCTGCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TACCTCTGTTACTTTTAGAGAGATGGACATGAGCCCGGAGGAAGTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TACCTCTGTTACTTTTAGAGAGATGGACATGAGCCCGGAGGAAGTGGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCAGCCCTAGGGCCTCACCTGCTAAACAGCGGGGTCCTGAGGCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCAGCCCTAGGGCCTCACCTGCTAAACAGCGGGGTCCTGAGGCAGCCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AATATCCAGCAGTGCCTCTTTCTCAAGAAGATGGGGGCCAAAGGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AATATCCAGCAGTGCCTCTTTCTCAAGAAGATGGGGGCCAAAGGCAGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCCAGGAATGTTCAATCTTCCAGTCAGTCTCTACGTGACCAGTCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCCAGGAATGTTCAATCTTCCAGTCAGTCTCTACGTGACCAGTCAAGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AAGTACTAGTCGCTGACCGTGGTAACTATCGTATACAAGTCTTTACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AAGTACTAGTCGCTGACCGTGGTAACTATCGTATACAAGTCTTTACCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAAGGCTTTTTGAAGGAAATCCGCCGCAGCCCCAGTGGCATTGATAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAAGGCTTTTTGAAGGAAATCCGCCGCAGCCCCAGTGGCATTGATAGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGTGCTAAGCTTCCTTGGGGCAGATCTACCCAACCTCACTCCTCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGTGCTAAGCTTCCTTGGGGCAGATCTACCCAACCTCACTCCTCTCTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGGCAATGAACTGCCAGGGGCTGATTGGTGTGACTGACAGCTATGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGGCAATGAACTGCCAGGGGCTGATTGGTGTGACTGACAGCTATGATAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TCCCTCAAGGTATATACCTTGGATGGCCACTGCGTGGCCTGTCACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TCCCTCAAGGTATATACCTTGGATGGCCACTGCGTGGCCTGTCACAGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCAGCTGAGCAAACCATGGGGTATCACAGCCTTGCCATCTGGCCAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCAGCTGAGCAAACCATGGGGTATCACAGCCTTGCCATCTGGCCAGTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TAGTAACCGATGTGGAAGGTGGAAAGCTTTGGTGTTTCACAGTTGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TAGTAACCGATGTGGAAGGTGGAAAGCTTTGGTGTTTCACAGTTGATCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GGATCAGGGGTGGTCAAATACAGCTGCCTATGTAGTGCTGTGCGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GGATCAGGGGTGGTCAAATACAGCTGCCTATGTAGTGCTGTGCGGCCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 ATTTGTCACCTGTGATGCTGAGGGCACCGTCTACTTCACCCAGGGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 ATTTGTCACCTGTGATGCTGAGGGCACCGTCTACTTCACCCAGGGCTTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GCCTCAATCTGGAGAATCGGCAGAATGAGCACCACCTGGAGGGTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GCCTCAATCTGGAGAATCGGCAGAATGAGCACCACCTGGAGGGTGGCTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TCCATTGGCTCTGTAGGCCCTGATGGGCAGCTGGGTCGCCAGATTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TCCATTGGCTCTGTAGGCCCTGATGGGCAGCTGGGTCGCCAGATTAGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CTTCTTCTCGGAGAATGAGGATTTCCGCTGCATTGCTGGCATGTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CTTCTTCTCGGAGAATGAGGATTTCCGCTGCATTGCTGGCATGTGTGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ATGCTCGTGGTGATCTCATCGTGGCTGACAGTAGTCGCAAGGAAATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ATGCTCGTGGTGATCTCATCGTGGCTGACAGTAGTCGCAAGGAAATTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CATTTTCCTAAGGGTGGGGGCTATAGTGTCCTTATTCGAGAGGGACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 CATTTTCCTAAGGGTGGGGGCTATAGTGTCCTTATTCGAGAGGGACTTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CTGTCCGGTGGGCATAGCCCTAACTCCTAAGGGGCAGCTGCTGGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CTGTCCGGTGGGCATAGCCCTAACTCCTAAGGGGCAGCTGCTGGTCTTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 ACTGTTGGGATCATTGCATCAAGATCTACAGCTACCATCTGAGAAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 ACTGTTGGGATCATTGCATCAAGATCTACAGCTACCATCTGAGAAGATAT

   1950     .
   1951 TCCACCCCA
        |||||||||
 101951 TCCACCCCA