seq1 = pF1KB9870.tfa, 1431 bp
seq2 = pF1KB9870/gi568815594f_9682030.tfa (gi568815594f:9682030_9883460), 201431 bp

>pF1KB9870 1431
>gi568815594f:9682030_9883460 (Chr4)

1-1431  (100001-101431)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCGCCAGGCAGCAACGGCACCGCGTACCCGGGGCAGTTCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCGCCAGGCAGCAACGGCACCGCGTACCCGGGGCAGTTCGCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATACCAGCAGCTGGCGCAGGGGAACGCCGTGGGGGGCTCGGCGGGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATACCAGCAGCTGGCGCAGGGGAACGCCGTGGGGGGCTCGGCGGGGGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCACTGGGGCCCTCACAGGTGGTCACCGCCTGCCTGCTGACCCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCACTGGGGCCCTCACAGGTGGTCACCGCCTGCCTGCTGACCCTACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATCTGGACCCTGCTGGGCAACGTGCTGGTGTGCGCAGCCATCGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATCTGGACCCTGCTGGGCAACGTGCTGGTGTGCGCAGCCATCGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCCGCCACCTGCGCGCCAACATGACCAACGTCTTCATCGTGTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCCGCCACCTGCGCGCCAACATGACCAACGTCTTCATCGTGTCTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGTGTCAGACCTTTTCGTGGCGCTGCTGGTCATGCCCTGGAAGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGTGTCAGACCTTTTCGTGGCGCTGCTGGTCATGCCCTGGAAGGCAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCGAGGTGGCCGGTTACTGGCCCTTTGGAGCGTTCTGCGACGTCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCGAGGTGGCCGGTTACTGGCCCTTTGGAGCGTTCTGCGACGTCTGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCTTCGACATCATGTGCTCCACTGCCTCCATCCTGAACCTGTGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCTTCGACATCATGTGCTCCACTGCCTCCATCCTGAACCTGTGCGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAGCGTGGACCGCTACTGGGCCATCTCCAGGCCCTTCCGCTACAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAGCGTGGACCGCTACTGGGCCATCTCCAGGCCCTTCCGCTACAAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGATGACTCAGCGCATGGCCTTGGTCATGGTCGGCCTGGCATGGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGATGACTCAGCGCATGGCCTTGGTCATGGTCGGCCTGGCATGGACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTCCATCCTCATCTCCTTCATTCCGGTCCAGCTCAACTGGCACAGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTCCATCCTCATCTCCTTCATTCCGGTCCAGCTCAACTGGCACAGGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGCGGCCTCTTGGGGCGGGCTGGACCTGCCAAACAACCTGGCCAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGCGGCCTCTTGGGGCGGGCTGGACCTGCCAAACAACCTGGCCAACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACGCCCTGGGAGGAGGACTTTTGGGAGCCCGACGTGAATGCAGAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACGCCCTGGGAGGAGGACTTTTGGGAGCCCGACGTGAATGCAGAGAACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGACTCCAGCCTGAATCGAACCTACGCCATCTCTTCCTCGCTCATCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGACTCCAGCCTGAATCGAACCTACGCCATCTCTTCCTCGCTCATCAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTACATCCCCGTTGCCATCATGATCGTGACCTACACGCGCATCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTACATCCCCGTTGCCATCATGATCGTGACCTACACGCGCATCTACCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCGCCCAGGTGCAGATCCGCAGGATTTCCTCCCTGGAGAGGGCCGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCGCCCAGGTGCAGATCCGCAGGATTTCCTCCCTGGAGAGGGCCGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCACGCGCAGAGCTGCCGGAGCAGCGCAGCCTGCGCGCCCGACACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCACGCGCAGAGCTGCCGGAGCAGCGCAGCCTGCGCGCCCGACACCAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCGCGCTTCCATCAAGAAGGAGACCAAGGTTCTCAAGACCCTGTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCGCGCTTCCATCAAGAAGGAGACCAAGGTTCTCAAGACCCTGTCGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCATGGGGGTCTTCGTGTGTTGCTGGCTGCCCTTCTTCATCCTTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCATGGGGGTCTTCGTGTGTTGCTGGCTGCCCTTCTTCATCCTTAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATGGTCCCTTTCTGCAGTGGACACCCCGAAGGCCCTCCGGCCGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATGGTCCCTTTCTGCAGTGGACACCCCGAAGGCCCTCCGGCCGGCTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCTGCGTCAGTGAGACCACCTTCGACGTCTTCGTCTGGTTCGGCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCTGCGTCAGTGAGACCACCTTCGACGTCTTCGTCTGGTTCGGCTGGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AACTCCTCACTCAACCCCGTCATCTATGCCTTCAACGCCGACTTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AACTCCTCACTCAACCCCGTCATCTATGCCTTCAACGCCGACTTTCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGTGTTTGCCCAGCTGCTGGGGTGCAGCCACTTCTGCTCCCGCACGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGTGTTTGCCCAGCTGCTGGGGTGCAGCCACTTCTGCTCCCGCACGCCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGGAGACGGTGAACATCAGCAATGAGCTCATCTCCTACAACCAAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGGAGACGGTGAACATCAGCAATGAGCTCATCTCCTACAACCAAGACATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GTCTTCCACAAGGAAATCGCAGCTGCCTACATCCACATGATGCCCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GTCTTCCACAAGGAAATCGCAGCTGCCTACATCCACATGATGCCCAACGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CGTTACCCCCGGCAACCGGGAGGTGGACAACGACGAGGAGGAGGGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CGTTACCCCCGGCAACCGGGAGGTGGACAACGACGAGGAGGAGGGTCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TCGATCGCATGTTCCAGATCTATCAGACGTCCCCAGATGGTGACCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TCGATCGCATGTTCCAGATCTATCAGACGTCCCCAGATGGTGACCCTGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCTGAGTCTGTCTGGGAGCTGGACTGCGAGGGGGAGATTTCTTTAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCTGAGTCTGTCTGGGAGCTGGACTGCGAGGGGGAGATTTCTTTAGACAA

   1400     .    :    .    :    .    :
   1401 AATAACACCTTTCACCCCGAATGGATTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AATAACACCTTTCACCCCGAATGGATTCCAT