seq1 = pF1KB9864.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB9864/gi568815593r_63860454.tfa (gi568815593r:63860454_64061719), 201266 bp

>pF1KB9864 1266
>gi568815593r:63860454_64061719 (Chr5)

(complement)

1-1266  (100001-101266)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTGCTCAGCCCTGGTCAGGGCAACAACACCACATCACCACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTGCTCAGCCCTGGTCAGGGCAACAACACCACATCACCACCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCTTTGAGACCGGCGGCAACACTACTGGTATCTCCGACGTGACCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCTTTGAGACCGGCGGCAACACTACTGGTATCTCCGACGTGACCGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTACCAAGTGATCACCTCTCTGCTGCTGGGCACGCTCATCTTCTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTACCAAGTGATCACCTCTCTGCTGCTGGGCACGCTCATCTTCTGCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCTGGGCAATGCGTGCGTGGTGGCTGCCATCGCCTTGGAGCGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCTGGGCAATGCGTGCGTGGTGGCTGCCATCGCCTTGGAGCGCTCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGAACGTGGCCAATTATCTTATTGGCTCTTTGGCGGTCACCGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGAACGTGGCCAATTATCTTATTGGCTCTTTGGCGGTCACCGACCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTGTCGGTGTTGGTGCTGCCCATGGCCGCGCTGTATCAGGTGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTGTCGGTGTTGGTGCTGCCCATGGCCGCGCTGTATCAGGTGCTCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGTGGACACTGGGCCAGGTAACCTGCGACCTGTTCATCGCCCTCGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGTGGACACTGGGCCAGGTAACCTGCGACCTGTTCATCGCCCTCGACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGTGCTGCACCTCATCCATCTTGCACCTGTGCGCCATCGCGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGTGCTGCACCTCATCCATCTTGCACCTGTGCGCCATCGCGCTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGTACTGGGCCATCACGGACCCCATCGACTACGTGAACAAGAGGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGTACTGGGCCATCACGGACCCCATCGACTACGTGAACAAGAGGACGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGCGCGCCGCTGCGCTCATCTCGCTCACTTGGCTTATTGGCTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGCGCGCCGCTGCGCTCATCTCGCTCACTTGGCTTATTGGCTTCCTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCTATCCCGCCCATGCTGGGCTGGCGCACCCCGGAAGACCGCTCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCTATCCCGCCCATGCTGGGCTGGCGCACCCCGGAAGACCGCTCGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGACGCATGCACCATTAGCAAGGATCATGGCTACACTATCTATTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGACGCATGCACCATTAGCAAGGATCATGGCTACACTATCTATTCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTGGAGCTTTCTACATCCCGCTGCTGCTCATGCTGGTTCTCTATGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTGGAGCTTTCTACATCCCGCTGCTGCTCATGCTGGTTCTCTATGGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATATTCCGAGCTGCGCGCTTCCGCATCCGCAAGACGGTCAAAAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATATTCCGAGCTGCGCGCTTCCGCATCCGCAAGACGGTCAAAAAGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAAGACCGGAGCGGACACCCGCCATGGAGCATCTCCCGCCCCGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAAGACCGGAGCGGACACCCGCCATGGAGCATCTCCCGCCCCGCAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGAAGAGTGTGAATGGAGAGTCGGGGAGCAGGAACTGGAGGCTGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGAAGAGTGTGAATGGAGAGTCGGGGAGCAGGAACTGGAGGCTGGGCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGAGCAAGGCTGGGGGTGCTCTGTGCGCCAATGGCGCGGTGAGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAGAGCAAGGCTGGGGGTGCTCTGTGCGCCAATGGCGCGGTGAGGCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTGACGATGGCGCCGCCCTGGAGGTGATCGAGGTGCACCGAGTGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTGACGATGGCGCCGCCCTGGAGGTGATCGAGGTGCACCGAGTGGGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCAAAGAGCACTTGCCTCTGCCCAGCGAGGCTGGTCCTACCCCTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCCAAAGAGCACTTGCCTCTGCCCAGCGAGGCTGGTCCTACCCCTTGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCCCGCCTCTTTCGAGAGGAAAAATGAGCGCAACGCCGAGGCGAAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCCCGCCTCTTTCGAGAGGAAAAATGAGCGCAACGCCGAGGCGAAGCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGATGGCCCTGGCCCGAGAGAGGAAGACAGTGAAGACGCTGGGCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGATGGCCCTGGCCCGAGAGAGGAAGACAGTGAAGACGCTGGGCATCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGGGCACCTTCATCCTCTGCTGGCTGCCCTTCTTCATCGTGGCTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATGGGCACCTTCATCCTCTGCTGGCTGCCCTTCTTCATCGTGGCTCTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCTGCCCTTCTGCGAGAGCAGCTGCCACATGCCCACCCTGTTGGGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCTGCCCTTCTGCGAGAGCAGCTGCCACATGCCCACCCTGTTGGGCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TAATCAATTGGCTGGGCTACTCCAACTCTCTGCTTAACCCCGTCATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TAATCAATTGGCTGGGCTACTCCAACTCTCTGCTTAACCCCGTCATTTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCATACTTCAACAAGGACTTTCAAAACGCGTTTAAGAAGATCATTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCATACTTCAACAAGGACTTTCAAAACGCGTTTAAGAAGATCATTAAGTG

   1250     .    :    .
   1251 TAAGTTCTGCCGCCAG
        ||||||||||||||||
 101251 TAAGTTCTGCCGCCAG