seq1 = pF1KB9851.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KB9851/gi568815587f_61695362.tfa (gi568815587f:61695362_61896501), 201140 bp

>pF1KB9851 1140
>gi568815587f:61695362_61896501 (Chr11)

1-1140  (100001-101140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAATTCAAGGCCTGGCCAAACTAATTGCTGATGTGGCCCCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAATTCAAGGCCTGGCCAAACTAATTGCTGATGTGGCCCCCAGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCGGGAGAATGACATCAAGAGCTACTTTGGCCGTAAGGTGGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCGGGAGAATGACATCAAGAGCTACTTTGGCCGTAAGGTGGCCATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCCTCTATGAGCATTTATCAGTTCCTGATTGCTGTTCGCCAGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGCCTCTATGAGCATTTATCAGTTCCTGATTGCTGTTCGCCAGGGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGTGCTGCAGAATGAGGAGGGTGAGACCACCAGCCACCTGATGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGTGCTGCAGAATGAGGAGGGTGAGACCACCAGCCACCTGATGGGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCTACCGCACCATTCGCATGATGGAGAACGGCATCAAGCCCGTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTCTACCGCACCATTCGCATGATGGAGAACGGCATCAAGCCCGTGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTTGATGGCAAGCCGCCACAGCTCAAGTCAGGCGAGCTGGCCAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTTGATGGCAAGCCGCCACAGCTCAAGTCAGGCGAGCTGGCCAAACGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTGAGCGGCGGGCTGAGGCAGAGAAGCAGCTGCAGCAGGCTCAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTGAGCGGCGGGCTGAGGCAGAGAAGCAGCTGCAGCAGGCTCAGGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGGCCGAGCAGGAGGTGGAAAAATTCACTAAGCGGCTGGTGAAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGGCCGAGCAGGAGGTGGAAAAATTCACTAAGCGGCTGGTGAAGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTAAGCAGCACAATGATGAGTGCAAACATCTGCTGAGCCTCATGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTAAGCAGCACAATGATGAGTGCAAACATCTGCTGAGCCTCATGGGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTTATCTTGATGCACCCAGTGAGGCAGAGGCCAGCTGTGCTGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTTATCTTGATGCACCCAGTGAGGCAGAGGCCAGCTGTGCTGCCCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGGCTGGCAAAGTCTATGCTGCGGCTACCGAGGACATGGACTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAGGCTGGCAAAGTCTATGCTGCGGCTACCGAGGACATGGACTGCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTTCGGCAGCCCTGTGCTAATGCGACACCTGACTGCCAGTGAAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTTCGGCAGCCCTGTGCTAATGCGACACCTGACTGCCAGTGAAGCCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGCTGCCAATCCAGGAATTCCACCTGAGCCGGATTCTGCAGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGCTGCCAATCCAGGAATTCCACCTGAGCCGGATTCTGCAGGAGCTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTGAACCAGGAACAGTTTGTGGATCTGTGCATCCTGCTAGGCAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTGAACCAGGAACAGTTTGTGGATCTGTGCATCCTGCTAGGCAGTGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTGTGAGAGTATCCGGGGTATTGGGCCCAAGCGGGCTGTGGACCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACTGTGAGAGTATCCGGGGTATTGGGCCCAAGCGGGCTGTGGACCTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGAAGCACAAGAGCATCGAGGAGATCGTGCGGCGACTTGACCCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGAAGCACAAGAGCATCGAGGAGATCGTGCGGCGACTTGACCCCAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTACCCTGTGCCAGAAAATTGGCTCCACAAGGAGGCTCACCAGCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTACCCTGTGCCAGAAAATTGGCTCCACAAGGAGGCTCACCAGCTCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGAACCTGAGGTGCTGGACCCAGAGTCTGTGGAGCTGAAGTGGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGAACCTGAGGTGCTGGACCCAGAGTCTGTGGAGCTGAAGTGGAGCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCAAATGAAGAAGAGCTGATCAAGTTCATGTGTGGTGAAAAGCAGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCAAATGAAGAAGAGCTGATCAAGTTCATGTGTGGTGAAAAGCAGTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGAGGAGCGAATCCGCAGTGGGGTCAAGAGGCTGAGTAAGAGCCGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGAGGAGCGAATCCGCAGTGGGGTCAAGAGGCTGAGTAAGAGCCGCCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCAGCACCCAGGGCCGCCTGGATGATTTCTTCAAGGTGACCGGCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCAGCACCCAGGGCCGCCTGGATGATTTCTTCAAGGTGACCGGCTCACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTTCAGCTAAGCGCAAGGAGCCAGAACCCAAGGGATCCACTAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTTCAGCTAAGCGCAAGGAGCCAGAACCCAAGGGATCCACTAAGAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCAAAGACTGGGGCAGCAGGGAAGTTTAAAAGGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCAAAGACTGGGGCAGCAGGGAAGTTTAAAAGGGGAAAA