seq1 = pF1KB9844.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KB9844/gi568815575f_21756485.tfa (gi568815575f:21756485_21957600), 201116 bp

>pF1KB9844 1116
>gi568815575f:21756485_21957600 (ChrX)

1-1116  (100001-101116)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCAACGAAGATTTCTCCATCACACAAGACCTGGAGATCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCAACGAAGATTTCTCCATCACACAAGACCTGGAGATCCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATATTGTGGAGCTCCACGACATCAATGTGGAGCCCCTTCCTATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATATTGTGGAGCTCCACGACATCAATGTGGAGCCCCTTCCTATGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATTCCGACGGAAAGCGTCCAGTACGAGGATGTGGATGGCAATTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACATTCCGACGGAAAGCGTCCAGTACGAGGATGTGGATGGCAATTGGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACGGTGGCCACAACCATCCGCCATTGATGGTGTTGCAGCCGCTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACGGTGGCCACAACCATCCGCCATTGATGGTGTTGCAGCCGCTCTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACACGGGCTATGGCGACCACGACCAGGAAATGCTTATGTTGCAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAACACGGGCTATGGCGACCACGACCAGGAAATGCTTATGTTGCAGACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGAGGAAGTGGTGGGCTATTGCGACTCAGACAACCAGCTAGGCAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGAGGAAGTGGTGGGCTATTGCGACTCAGACAACCAGCTAGGCAACGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGGAGGACCAGTTGGCCCTCCCGGATAGCATTGAAGACGAGCACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGGAGGACCAGTTGGCCCTCCCGGATAGCATTGAAGACGAGCACTTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGACCCTGGCCTCTCTGTCGGCCTCGGCGGCATCAACATCAACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGACCCTGGCCTCTCTGTCGGCCTCGGCGGCATCAACATCAACATCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCAGAGCCGCAGCAAAAAGCCCAGCAAAAAGCCCAGCGGCAAGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCAGAGCCGCAGCAAAAAGCCCAGCAAAAAGCCCAGCGGCAAGAGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCAGCACTGAGGCCAACCCGGCAGGCAGCAGCTCCAGCCTGGGCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACCAGCACTGAGGCCAACCCGGCAGGCAGCAGCTCCAGCCTGGGCACGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGTGGGAGCAGAAGCAAATGCAGGTCAAAACGCTGGAGGGTGAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAGTGGGAGCAGAAGCAAATGCAGGTCAAAACGCTGGAGGGTGAGTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGTGACTATGTGGTCCCCTAACGATAACAATGACCAAGGGGCAGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGTGACTATGTGGTCCCCTAACGATAACAATGACCAAGGGGCAGTGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAGGCCAGGCTGAAAACCCACCTGATTATTCCGAGTACTTGAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAAGGCCAGGCTGAAAACCCACCTGATTATTCCGAGTACTTGAAAGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAACTTCCTCCTGGGGGGTTACCAGGCATTGATCTCTCAGATCCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAACTTCCTCCTGGGGGGTTACCAGGCATTGATCTCTCAGATCCTAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCTGGCAGAATTTACTAAAGTGAAGCCCAAAAGGTCCAAAGGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCTGGCAGAATTTACTAAAGTGAAGCCCAAAAGGTCCAAAGGAGAACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCAAAACAGTCCCTTGCTCTTATAGCGGCTGCGAAAAGATGTTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCAAAACAGTCCCTTGCTCTTATAGCGGCTGCGAAAAGATGTTCCGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTACGCCGCCATGAGAAAACATCTCCACATCCACGGGCCCAGAGTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTACGCCGCCATGAGAAAACATCTCCACATCCACGGGCCCAGAGTCCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TATGTGCAGAATGTGGCAAAGCTTTTCTTGAGAGCTCAAAGCTGAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TATGTGCAGAATGTGGCAAAGCTTTTCTTGAGAGCTCAAAGCTGAGACGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CACCAGCTGGTCCACACCGGCGAGAAGCCCTTTCAGTGCACATTCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CACCAGCTGGTCCACACCGGCGAGAAGCCCTTTCAGTGCACATTCGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTGCGGGAAACGCTTTTCCCTTGATTTCAATTTGCGCACACACTTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTGCGGGAAACGCTTTTCCCTTGATTTCAATTTGCGCACACACTTGCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCCACACCGGCGATAAGCCCTTCGTGTGCCCCTTCGATGTTTGCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCCACACCGGCGATAAGCCCTTCGTGTGCCCCTTCGATGTTTGCAACAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAGTTCGCTCAGTCAACCAACCTGAAAACCCACATATTAACGCATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAGTTCGCTCAGTCAACCAACCTGAAAACCCACATATTAACGCATGTGAA

   1100     .    :    .
   1101 GACCAAAAACAACCCG
        ||||||||||||||||
 101101 GACCAAAAACAACCCG