seq1 = pF1KB9843.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KB9843/gi568815595f_87890750.tfa (gi568815595f:87890750_88091847), 201098 bp

>pF1KB9843 1098
>gi568815595f:87890750_88091847 (Chr3)

1-1098  (100001-101098)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTCTTAAATTCATCTGATCAAAACTTGACCTCAGAGGAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTCTTAAATTCATCTGATCAAAACTTGACCTCAGAGGAACTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACAGAATGCCATCCAAAATTCTGGTGTCCCTCACTCTGTCTGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACAGAATGCCATCCAAAATTCTGGTGTCCCTCACTCTGTCTGGGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGATGACAACAACTATCAACTCCCTTGTGATCGCTGCAATTATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACTGATGACAACAACTATCAACTCCCTTGTGATCGCTGCAATTATTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCGGAAGCTGCACCATCCAGCCAATTATTTAATTTGTTCCCTTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCGGAAGCTGCACCATCCAGCCAATTATTTAATTTGTTCCCTTGCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACAGATTTTCTTGTGGCTGTCCTGGTGATGCCCTTCAGCATTGTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACAGATTTTCTTGTGGCTGTCCTGGTGATGCCCTTCAGCATTGTGTATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTGAGAGAGAGCTGGATTATGGGGCAAGTGGTCTGTGACATTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTGAGAGAGAGCTGGATTATGGGGCAAGTGGTCTGTGACATTTGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTGTTGACATTACCTGCTGCACGTGCTCCATCTTGCATCTCTCAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTGTTGACATTACCTGCTGCACGTGCTCCATCTTGCATCTCTCAGCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCTTTGGATCGGTATCGAGCAATCACAGATGCTGTTGAGTATGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGCTTTGGATCGGTATCGAGCAATCACAGATGCTGTTGAGTATGCCAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAAGGACTCCAAAGCATGCTGGCATTATGATTACAATAGTTTGGATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAAGGACTCCAAAGCATGCTGGCATTATGATTACAATAGTTTGGATTATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCTGTTTTTATCTCTATGCCTCCTCTATTCTGGAGGCACCAAGGAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTGTTTTTATCTCTATGCCTCCTCTATTCTGGAGGCACCAAGGAACTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGAGATGATGAATGCATCATCAAGCACGACCACATTGTTTCCACCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGAGATGATGAATGCATCATCAAGCACGACCACATTGTTTCCACCATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACTCAACATTTGGAGCTTTCTACATCCCACTGGCATTGATTTTGATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACTCAACATTTGGAGCTTTCTACATCCCACTGGCATTGATTTTGATCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACTACAAAATATATAGAGCAGCAAAGACATTATACCACAAGAGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACTACAAAATATATAGAGCAGCAAAGACATTATACCACAAGAGACAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAGTAGGATTGCAAAGGAGGAGGTGAATGGCCAAGTCCTTTTGGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AAGTAGGATTGCAAAGGAGGAGGTGAATGGCCAAGTCCTTTTGGAGAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGAGAAAAGCACTAAATCAGTTTCCACATCCTATGTACTAGAAAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGAGAAAAGCACTAAATCAGTTTCCACATCCTATGTACTAGAAAAGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTATCTGACCCATCAACAGACTTTGATAAAATTCATAGCACAGTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTATCTGACCCATCAACAGACTTTGATAAAATTCATAGCACAGTGAGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTCAGGTCTGAATTCAAGCATGAGAAATCTTGGAGAAGGCAAAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTCAGGTCTGAATTCAAGCATGAGAAATCTTGGAGAAGGCAAAAGATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGGTACAAGAGAACGGAAAGCAGCCACTACCCTGGGATTAATCTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGGTACAAGAGAACGGAAAGCAGCCACTACCCTGGGATTAATCTTGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCATTTGTAATATGTTGGCTTCCTTTTTTTGTAAAAGAATTAGTTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCATTTGTAATATGTTGGCTTCCTTTTTTTGTAAAAGAATTAGTTGTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGTCTGTGACAAATGTAAAATTTCTGAAGAAATGTCCAATTTTTTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGTCTGTGACAAATGTAAAATTTCTGAAGAAATGTCCAATTTTTTGGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGCTTGGGTATCTCAATTCCCTTATAAATCCACTGATTTACACAATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGCTTGGGTATCTCAATTCCCTTATAAATCCACTGATTTACACAATCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1051 AATGAAGACTTCAAGAAAGCATTCCAAAAGCTTGTGCGATGTCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AATGAAGACTTCAAGAAAGCATTCCAAAAGCTTGTGCGATGTCGATGT