seq1 = pF1KB9842.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KB9842/gi568815596f_218034802.tfa (gi568815596f:218034802_218235881), 201080 bp

>pF1KB9842 1080
>gi568815596f:218034802_218235881 (Chr2)

1-1080  (100001-101080)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGATTTTAACATGGAGAGTGACAGCTTTGAAGATTTCTGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGATTTTAACATGGAGAGTGACAGCTTTGAAGATTTCTGGAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGATCTTAGTAATTACAGTTACAGCTCTACCCTGCCCCCTTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGATCTTAGTAATTACAGTTACAGCTCTACCCTGCCCCCTTTTCTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGATGCCGCCCCATGTGAACCAGAATCCCTGGAAATCAACAAGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGATGCCGCCCCATGTGAACCAGAATCCCTGGAAATCAACAAGTATTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGTCATTATCTATGCCCTGGTATTCCTGCTGAGCCTGCTGGGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGTCATTATCTATGCCCTGGTATTCCTGCTGAGCCTGCTGGGAAACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCGTGATGCTGGTCATCTTATACAGCAGGGTCGGCCGCTCCGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCGTGATGCTGGTCATCTTATACAGCAGGGTCGGCCGCTCCGTCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTCTACCTGCTGAACCTAGCCTTGGCCGACCTACTCTTTGCCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTCTACCTGCTGAACCTAGCCTTGGCCGACCTACTCTTTGCCCTGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGCCCATCTGGGCCGCCTCCAAGGTGAATGGCTGGATTTTTGGCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGCCCATCTGGGCCGCCTCCAAGGTGAATGGCTGGATTTTTGGCACATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGTGCAAGGTGGTCTCGCTCCTGAAGGAAGTCAACTTCTATAGTGGCA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGTGCAAGGTGGTCTCACTCCTGAAGGAAGTCAACTTCTATAGTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCTGCTACTGGCCTGCATCAGTGTGGACCGTTACCTGGCCATTGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCTGCTACTGGCCTGCATCAGTGTGGACCGTTACCTGGCCATTGTCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCACACGCACACTGACCCAGAAGCGCTACTTGGTCAAATTCATATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCACACGCACACTGACCCAGAAGCGCTACTTGGTCAAATTCATATGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGCATCTGGGGTCTGTCCTTGCTCCTGGCCCTGCCTGTCTTACTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGCATCTGGGGTCTGTCCTTGCTCCTGGCCCTGCCTGTCTTACTTTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GAAGGACCGTCTACTCATCCAATGTTAGCCCAGCCTGCTATGAGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GAAGGACCGTCTACTCATCCAATGTTAGCCCAGCCTGCTATGAGGACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCAACAATACAGCAAACTGGCGGATGCTGTTACGGATCCTGCCCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCAACAATACAGCAAACTGGCGGATGCTGTTACGGATCCTGCCCCAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTTGGCTTCATCGTGCCACTGCTGATCATGCTGTTCTGCTACGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTTGGCTTCATCGTGCCACTGCTGATCATGCTGTTCTGCTACGGATTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTGCGTACGCTGTTTAAGGCCCACATGGGGCAGAAGCACCGGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTGCGTACGCTGTTTAAGGCCCACATGGGGCAGAAGCACCGGGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGGTCATCTTTGCTGTCGTCCTCATCTTCCTGCTCTGCTGGCTGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGGTCATCTTTGCTGTCGTCCTCATCTTCCTGCTCTGCTGGCTGCCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAACCTGGTCCTGCTGGCAGACACCCTCATGAGGACCCAGGTGATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAACCTGGTCCTGCTGGCAGACACCCTCATGAGGACCCAGGTGATCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGACCTGTGAGCGCCGCAATCACATCGACCGGGCTCTGGATGCCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGACCTGTGAGCGCCGCAATCACATCGACCGGGCTCTGGATGCCACCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATTCTGGGCATCCTTCACAGCTGCCTCAACCCCCTCATCTACGCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTCTGGGCATCCTTCACAGCTGCCTCAACCCCCTCATCTACGCCTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGGCCAGAAGTTTCGCCATGGACTCCTCAAGATTCTAGCTATACATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGGCCAGAAGTTTCGCCATGGACTCCTCAAGATTCTAGCTATACATGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGATCAGCAAGGACTCCCTGCCCAAAGACAGCAGGCCTTCCTTTGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGATCAGCAAGGACTCCCTGCCCAAAGACAGCAGGCCTTCCTTTGTTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :
   1051 TCTTCTTCAGGGCACACTTCCACTACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTTCTTCAGGGCACACTTCCACTACTCTC