seq1 = pF1KB9840.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KB9840/gi568815596f_69987744.tfa (gi568815596f:69987744_70188811), 201068 bp

>pF1KB9840 1068
>gi568815596f:69987744_70188811 (Chr2)

1-1068  (100001-101068)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCCGGTGTGACTGAAAGTGGACTAAATGTGACTCTCACCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCCGGTGTGACTGAAAGTGGACTAAATGTGACTCTCACCATTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTCTTATGCACGGAAAGGAAGTAGGAAGCATCATTGGGAAGAAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTCTTATGCACGGAAAGGAAGTAGGAAGCATCATTGGGAAGAAAGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCGGTTAAGAGGATCCGCGAGGAGAGTGGCGCGCGGATCAACATCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCGGTTAAGAGGATCCGCGAGGAGAGTGGCGCGCGGATCAACATCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGGGAATTGTCCGGAGAGAATCATCACTCTGACCGGCCCCACCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGGGAATTGTCCGGAGAGAATCATCACTCTGACCGGCCCCACCAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCTTTAAGGCTTTCGCTATGATCATCGACAAGCTGGAGGAAGATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCTTTAAGGCTTTCGCTATGATCATCGACAAGCTGGAGGAAGATATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAGCTCCATGACCAACAGTACCGCGGCCAGCAGGCCCCCGGTCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACAGCTCCATGACCAACAGTACCGCGGCCAGCAGGCCCCCGGTCACCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGCTGGTGGTGCCGGCCACCCAGTGCGGCTCCCTGATTGGGAAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGCTGGTGGTGCCGGCCACCCAGTGCGGCTCCCTGATTGGGAAAGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTGTAAGATCAAAGAGATCCGCGAGAGTACGGGGGCGCAGGTCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTGTAAGATCAAAGAGATCCGCGAGAGTACGGGGGCGCAGGTCCAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGGGGATATGCTGCCCAACTCCACCGAGCGGGCCATCACCATCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGGGGATATGCTGCCCAACTCCACCGAGCGGGCCATCACCATCGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGCCGCAGTCTGTCACCGAGTGTGTCAAGCAGATTTGCCTGGTCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGCCGCAGTCTGTCACCGAGTGTGTCAAGCAGATTTGCCTGGTCATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGACGCTCTCCCAGTCTCCGCAAGGGAGAGTCATGACCATTCCGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGACGCTCTCCCAGTCTCCGCAAGGGAGAGTCATGACCATTCCGTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCCCATGCCGGCCAGCTCCCCAGTCATCTGCGCGGGCGGCCAAGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCCCATGCCGGCCAGCTCCCCAGTCATCTGCGCGGGCGGCCAAGATCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCAGCGACGCTGCGGGCTACCCCCATGCCACCCATGACCTGGAGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCAGCGACGCTGCGGGCTACCCCCATGCCACCCATGACCTGGAGGGACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACCTCTAGATGCCTACTCGATTCAAGGACAACACACCATTTCTCCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACCTCTAGATGCCTACTCGATTCAAGGACAACACACCATTTCTCCGCTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATCTGGCCAAGCTGAACCAGGTGGCAAGACAACAGTCTCACTTTGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATCTGGCCAAGCTGAACCAGGTGGCAAGACAACAGTCTCACTTTGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATGCACGGCGGGACCGGATTCGCCGGAATTGACTCCAGCTCTCCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATGCACGGCGGGACCGGATTCGCCGGAATTGACTCCAGCTCTCCAGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAAAGGCTATTGGGCAAGTTTGGATGCATCTACTCAAACCACCCATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAAAGGCTATTGGGCAAGTTTGGATGCATCTACTCAAACCACCCATGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCACCATTCCAAATAACTTAATTGGCTGCATAATCGGGCGCCAAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCACCATTCCAAATAACTTAATTGGCTGCATAATCGGGCGCCAAGGCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACATTAATGAGATCCGCCAGATGTCCGGGGCCCAGATCAAAATTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACATTAATGAGATCCGCCAGATGTCCGGGGCCCAGATCAAAATTGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCCAGTGGAAGGCTCCTCTGGTAGGCAGGTTACTATCACTGGCTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCCAGTGGAAGGCTCCTCTGGTAGGCAGGTTACTATCACTGGCTCTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCAGTATTAGTCTGGCCCAGTATCTAATCAATGCCAGGCTTTCCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCAGTATTAGTCTGGCCCAGTATCTAATCAATGCCAGGCTTTCCTCTGAG

   1050     .    :    .
   1051 AAGGGCATGGGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||
 101051 AAGGGCATGGGGTGCAGC