seq1 = pF1KB9837.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB9837/gi568815595f_46272903.tfa (gi568815595f:46272903_46473958), 201056 bp

>pF1KB9837 1056
>gi568815595f:46272903_46473958 (Chr3)

1-1056  (100001-101056)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTATCAAGTGTCAAGTCCAATCTATGACATCAATTATTATACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTATCAAGTGTCAAGTCCAATCTATGACATCAATTATTATACATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCCCTGCCAAAAAATCAATGTGAAGCAAATCGCAGCCCGCCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCCCTGCCAAAAAATCAATGTGAAGCAAATCGCAGCCCGCCTCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCGCTCTACTCACTGGTGTTCATCTTTGGTTTTGTGGGCAACATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCGCTCTACTCACTGGTGTTCATCTTTGGTTTTGTGGGCAACATGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCATCCTCATCCTGATAAACTGCAAAAGGCTGAAGAGCATGACTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCATCCTCATCCTGATAAACTGCAAAAGGCTGAAGAGCATGACTGACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACCTGCTCAACCTGGCCATCTCTGACCTGTTTTTCCTTCTTACTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACCTGCTCAACCTGGCCATCTCTGACCTGTTTTTCCTTCTTACTGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTCTGGGCTCACTATGCTGCCGCCCAGTGGGACTTTGGAAATACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTCTGGGCTCACTATGCTGCCGCCCAGTGGGACTTTGGAAATACAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTCAACTCTTGACAGGGCTCTATTTTATAGGCTTCTTCTCTGGAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTCAACTCTTGACAGGGCTCTATTTTATAGGCTTCTTCTCTGGAATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCATCATCCTCCTGACAATCGATAGGTACCTGGCTGTCGTCCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTCATCATCCTCCTGACAATCGATAGGTACCTGGCTGTCGTCCATGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGTTTGCTTTAAAAGCCAGGACGGTCACCTTTGGGGTGGTGACAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGTTTGCTTTAAAAGCCAGGACGGTCACCTTTGGGGTGGTGACAAGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCACTTGGGTGGTGGCTGTGTTTGCGTCTCTCCCAGGAATCATCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCACTTGGGTGGTGGCTGTGTTTGCGTCTCTCCCAGGAATCATCTTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGATCTCAAAAAGAAGGTCTTCATTACACCTGCAGCTCTCATTTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGATCTCAAAAAGAAGGTCTTCATTACACCTGCAGCTCTCATTTTCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAGACATTAAAGATAGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAGACATTAAAGATAGTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTGGGGCTGGTCCTGCCGCTGCTTGTCATGGTCATCTGCTACTCGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTGGGGCTGGTCCTGCCGCTGCTTGTCATGGTCATCTGCTACTCGGGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTAAAAACTCTGCTTCGGTGTCGAAATGAGAAGAAGAGGCACAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTAAAAACTCTGCTTCGGTGTCGAAATGAGAAGAAGAGGCACAGGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGAGGCTTATCTTCACCATCATGATTGTTTATTTTCTCTTCTGGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGAGGCTTATCTTCACCATCATGATTGTTTATTTTCTCTTCTGGGCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACAACATTGTCCTTCTCCTGAACACCTTCCAGGAATTCTTTGGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACAACATTGTCCTTCTCCTGAACACCTTCCAGGAATTCTTTGGCCTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAATTGCAGTAGCTCTAACAGGTTGGACCAAGCTATGCAGGTGACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TAATTGCAGTAGCTCTAACAGGTTGGACCAAGCTATGCAGGTGACAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTCTTGGGATGACGCACTGCTGCATCAACCCCATCATCTATGCCTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTCTTGGGATGACGCACTGCTGCATCAACCCCATCATCTATGCCTTTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGGGAGAAGTTCAGAAACTACCTCTTAGTCTTCTTCCAAAAGCACATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGGGAGAAGTTCAGAAACTACCTCTTAGTCTTCTTCCAAAAGCACATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAACGCTTCTGCAAATGCTGTTCTATTTTCCAGCAAGAGGCTCCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAACGCTTCTGCAAATGCTGTTCTATTTTCCAGCAAGAGGCTCCCGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGCAAGCTCAGTTTACACCCGATCCACTGGGGAGCAGGAAATATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGCAAGCTCAGTTTACACCCGATCCACTGGGGAGCAGGAAATATCTGTG

   1050     .
   1051 GGCTTG
        ||||||
 101051 GGCTTG