seq1 = pF1KB9809.tfa, 723 bp
seq2 = pF1KB9809/gi568815574f_3479245.tfa (gi568815574f:3479245_3679966), 200722 bp

>pF1KB9809 723
>gi568815574f:3479245_3679966 (ChrY)

1-723  (100001-100722)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCCGCTGCGGACGGCCCGGCTGAGACCCAAAGCCCGGTGGAAAA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCCGCTGCAGACGGCCCGGCTGAGACCCAAAGCCCGGTGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACAGCCCGGCGAAGACCCAAAGCCCAGCCCAAGACACCTCAATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACAGCCCGGCGAAGACCCAAAGCCCAGCCCAAGACACCTCAATCATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAGAAATAACGCAGATACAGGCAGAGTTCTTGCCTTACCAGAGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAGAAATAACGCAGATACAGGCAGAGTTCTTGCCTTACCAGAGCACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAAGCGCAAGGGAAACTTGCCAGCCGAGTCCGTTAAGATCCTCCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAAGCGCAAGGGAAACTTGCCAGCCGAGTCCGTTAAGATCCTCCGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGATGTATAAGCATCGGTTTAAGGCCTACCCTTCAGAAGAAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGATGTATAAGCATCGGTTTAAGGCCTACCCTTCAGAAGAAGAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAATGCTGTCAGAGAAGACCAATTTGTCTTTGTTGCAGATTTCTAACTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100251 AAATGCTGTCAGAGAAGACCAATTTGTCTTTGTTGCGGATTTCTAACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTATCAATGCTCGCAGACGCATTCTCCCGGATATGCTTCAACAGCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTATCAATGCTCGCAGACGCATTCTCCCGGATATGCTTCAACAGCGTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAACGACCCCATCATTGGCCACAAAACGGGCAAAGATGCCCATGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAACGACCCCATCATTGGCCACAAAACGGGCAAAGATGCCCATGCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGCAGAGCACCGAGGCGTCTGTGCCGGCCAAGTCAGGGCCCAGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||
 100401 ACCTGCAGAGCACCGAGGCGTCTGTGCCGGCCAAGTCAGGGCC AGTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAGACAATGTACAAAGCCTGCCCCTGTGGCCCTTGCCAAAGGGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CCAGACAATGTACAAAGCCTGCCCCTGTGGCCCTTGCCAAAGGGCCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTCAAGAGAGAAGCAACCAGATCCGGAGTCGGCCCCTAGCCAGAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 GTCAAGAGAGAAGCAACCAGATCCGGAGTCGGCCCCTAGCCAGAAGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGGAATAGCCCAGCCGAAGAAAAAGGTCAAGGTTTCTGTCACATCCCCG
        |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||
 100550 CCGGAATAGCCCAGCCAAAGAAAAAGGTCAAGATTTCTATCACTTCCCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTTCTCCAGAACTTGTGTCTCCAGAGGAGCACGCCGACTTCAGCAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100600 TCTTCTCCAGAACTTGTGTCTCCAGAGGAGTACGCCGACTTCAGCAGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTGCTGCTAGTCGATGCAGCAGTACAAAGGGCTGCCGAGCTGGAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100650 CCTGCTGCTAGTCGATGCAGCAGTACAAACGGCTGCCGAGCTGGAGCTAG

    700     .    :    .    :
    701 AGAAGAAGCAAGAGCCTAATCCA
        |||||||||||||||||||||||
 100700 AGAAGAAGCAAGAGCCTAATCCA