seq1 = pF1KB9781.tfa, 360 bp
seq2 = pF1KB9781/gi568815586f_12535774.tfa (gi568815586f:12535774_12737715), 201942 bp

>pF1KB9781 360
>gi568815586f:12535774_12737715 (Chr12)

6-213  (99996-100201)   98% ->
214-360  (101797-101942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 TGACAGTAAGGTGGTTGGAGGCAAAGTAAAGAAGCCCGGTAAACGTGGTC
        ||-| |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 TG CTG AAGGTGGTTGGAGGCAAAGTAAAGAAGCCCGGTAAACGTGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 GGAAGCCAGCCAAAATTGACTTGAAAGCAAAACTTGAGAGGAGCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 GGAAGCCAGCCAAAATTGACTTGAAAGCAAAACTTGAGAGGAGCCGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 AGTGCAAGAGAATGCCGAGCCCGAAAAAAGCTGAGATATCAGTATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 AGTGCAAGAGAATGCCGAGCCCGAAAAAAGCTGAGATATCAGTATTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    156 AGAGTTGGTATCCAGTCGAGAAAGAGCTATATGTGCCCTCAGAGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100144 AGAGTTGGTATCCAGTCGAGAAAGAGCTATATGTGCCCTCAGAGAGGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206 TGGAAATG         TACAAGCAGTGGTGCATGGCAATGGACCAAGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100194 TGGAAATGGTA...CAGTACAAGCAGTGGTGCATGGCAATGGACCAAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 AAAATCCCTTCTGAAATAAAGGCCCTACTCACTGGAGAAGAGCAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101830 AAAATCCCTTCTGAAATAAAGGCCCTACTCACTGGAGAAGAGCAGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    297 ATCTCAGCAGAACTCAAGCAGGCATACCAAGGCTGGGAAGACAGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101880 ATCTCAGCAGAACTCAAGCAGGCATACCAAGGCTGGGAAGACAGATGCTA

    350     .    :
    347 ATAGCAATTCCTGG
        |||||||||||||-
 101930 ATAGCAATTCCTG