seq1 = pF1KB9775.tfa, 2034 bp
seq2 = pF1KB9775/gi568815591f_101716031.tfa (gi568815591f:101716031_102383087), 667057 bp

>pF1KB9775 2034
>gi568815591f:101716031_102383087 (Chr7)

61-175  (200082-200196)   100% ==
221-301  (354307-354387)   100% ->
302-439  (381334-381471)   100% ->
440-563  (388306-388429)   100% ->
564-640  (395668-395744)   100% ->
641-707  (399177-399243)   100% ->
708-756  (442530-442578)   100% ->
757-861  (454416-454520)   100% ->
862-1050  (462439-462627)   100% ->
1051-1109  (473783-473841)   100% ->
1110-1158  (477812-477860)   100% ->
1159-1255  (479477-479573)   100% ->
1256-1383  (557336-557463)   99% ->
1384-1450  (558214-558280)   100% ->
1451-1563  (559217-559329)   100% ->
1564-1680  (561919-562035)   100% ->
1681-1764  (564007-564090)   100% ->
1765-1821  (564774-564830)   100% ->
1822-1902  (565810-565890)   100% ->
1903-1967  (566682-566746)   100% ->
1968-2034  (566991-567057)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 CAGAGAGAACTCGATGCCACCGCAACGGTATTGGCGAACCGGCAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200082 CAGAGAGAACTCGATGCCACCGCAACGGTATTGGCGAACCGGCAGGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 AAGTGAGCAGTCCAGAAAGCGGCTTATCGAACAGAGCCGGGAGTTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200132 AAGTGAGCAGTCCAGAAAGCGGCTTATCGAACAGAGCCGGGAGTTCAAGA

    100     .    :    .
    161 AGAACACTCCAGAGG
        |||||||||||||||
 200182 AGAACACTCCAGAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    221 AGATTGATGCACTGAGTAAAAGAAGCAAGGAAGCTGAAGCAGCTTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354307 AGATTGATGCACTGAGTAAAAGAAGCAAGGAAGCTGAAGCAGCTTTCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271 AATGTCTACAAAAGATTGATTGACGTCCCAG         ATCCCGTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 354357 AATGTCTACAAAAGATTGATTGACGTCCCAGGTA...CAGATCCCGTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    312 AGCTTTGGATCTCGGACAGCAACTCCAGCTCAAAGTGCAGCGCCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381344 AGCTTTGGATCTCGGACAGCAACTCCAGCTCAAAGTGCAGCGCCTGCACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    362 ATATTGAAACAGAGAACCAGAAACTTAGGGAAACTCTGGAAGAATACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381394 ATATTGAAACAGAGAACCAGAAACTTAGGGAAACTCTGGAAGAATACAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    412 AAGGAATTTGCTGAAGTGAAAAATCAAG         AGGTTACGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 381444 AAGGAATTTGCTGAAGTGAAAAATCAAGGTT...CAGAGGTTACGATAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    453 AGCACTTAAAGAGAAAATCCGAGAATATGAACAGACACTGAAGAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 388319 AGCACTTAAAGAGAAAATCCGAGAATATGAACAGACACTGAAGAACCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503 CCGAAACCATAGCTCTTGAGAAGGAACAGAAGTTACAGAATGACTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 388369 CCGAAACCATAGCTCTTGAGAAGGAACAGAAGTTACAGAATGACTTTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553 GAAAAGGAGAG         AAAGCTGCAGGAGACACAGATGTCCACCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 388419 GAAAAGGAGAGGTG...CAGAAAGCTGCAGGAGACACAGATGTCCACCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    594 CTCAAAGCTGGAGGAAGCTGAGCATAAGGTTCAGAGCCTACAAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 395698 CTCAAAGCTGGAGGAAGCTGAGCATAAGGTTCAGAGCCTACAAACAGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641       CCCTGGAAAAAACTCGAACAGAATTATTTGACCTGAAAACCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395748 ...CAGCCCTGGAAAAAACTCGAACAGAATTATTTGACCTGAAAACCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685 TACGATGAAGAAACTACTGCAAA         GGCCGACGAGATTGAAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 399221 TACGATGAAGAAACTACTGCAAAGTA...TAGGGCCGACGAGATTGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726 GATCATGACGGACCTTGAAAGGGCAAACCAG         AGGGCAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 442548 GATCATGACGGACCTTGAAAGGGCAAACCAGGTA...CAGAGGGCAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    767 TGGCTCAGAGAGAGGCGGAGACCTTAAGGGAACAGCTCTCATCGGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454426 TGGCTCAGAGAGAGGCGGAGACCTTAAGGGAACAGCTCTCATCGGCCAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817 CACTCCCTCCAGCTGGCCTCACAGATCCAGAAGGCACCAGACGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 454476 CACTCCCTCCAGCTGGCCTCACAGATCCAGAAGGCACCAGACGTGGTG..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862     GAGCAGGCCATAGAGGTGCTGACCCGCTCCAGCCTAGAAGTTGAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454526 .CAGGAGCAGGCCATAGAGGTGCTGACCCGCTCCAGCCTAGAAGTTGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    908 TGGCCGCCAAGGAGCGGGAGATCGCACAGCTGGTGGAGGACGTGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462485 TGGCCGCCAAGGAGCGGGAGATCGCACAGCTGGTGGAGGACGTGCAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958 CTCCAGGCCAGCCTCACCAAGCTGCGGGAGAATTCGGCCAGCCAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462535 CTCCAGGCCAGCCTCACCAAGCTGCGGGAGAATTCGGCCAGCCAGATCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1008 ACAGCTTGAGCAGCAGCTGAGCGCCAAAAACAGCACACTCAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 462585 ACAGCTTGAGCAGCAGCTGAGCGCCAAAAACAGCACACTCAAAGTA...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051   CAACTGGAAGAAAAACTCAAAGGCCAGGCTGACTATGAAGAGGTGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 473781 AGCAACTGGAAGAAAAACTCAAAGGCCAGGCTGACTATGAAGAGGTGAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099 AAAGAGCTGAA         CATTCTGAAGTCCATGGAGTTTGCACCGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 473831 AAAGAGCTGAAGTA...CAGCATTCTGAAGTCCATGGAGTTTGCACCGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1140 CGAGGGCGCTGGGACACAG         GATGCGGCCAAGCCCCTGGAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 477842 CGAGGGCGCTGGGACACAGGTA...TAGGATGCGGCCAAGCCCCTGGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1181 TGCTGTTGCTGGAGAAGAACCGCTCGCTGCAGTCCGAGAACGCCGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479499 TGCTGTTGCTGGAGAAGAACCGCTCGCTGCAGTCCGAGAACGCCGCGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231 CGCATCTCCAACAGCGACCTGAGCG         GACGCTGTGCAGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||| |||||
 479549 CGCATCTCCAACAGCGACCTGAGCGGTA...CAGGACGCTGTGCGGAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272 GCAAGTCCGTATCACTGAGGCTGTGGCCACAGCCACTGAGCAGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557352 GCAAGTCCGTATCACTGAGGCTGTGGCCACAGCCACTGAGCAGAGAGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1322 TGATCGCCCGCCTGGAGCAGGACCTGAGCATCATTCAGTCCATCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557402 TGATCGCCCGCCTGGAGCAGGACCTGAGCATCATTCAGTCCATCCAGCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372 CCCGATGCCGAG         GGTGCCGCTGAGCACCGCCTGGAGAAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 557452 CCCGATGCCGAGGTG...CAGGGTGCCGCTGAGCACCGCCTGGAGAAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1413 CCCAGAGCCCATCAAAGAGGCCACTGCCCTATTCTACG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 558243 CCCAGAGCCCATCAAAGAGGCCACTGCCCTATTCTACGGTA...TAGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1454 CTGCAGCACCAGCCAGCGGTGCCCTCCCAGAGGGCCAGGTGGATTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559220 CTGCAGCACCAGCCAGCGGTGCCCTCCCAGAGGGCCAGGTGGATTCACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1504 CTTTCCATCATCTCCAGCCAGAGGGAGCGCTTCCGTGCCCGGAACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559270 CTTTCCATCATCTCCAGCCAGAGGGAGCGCTTCCGTGCCCGGAACCAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1554 GCTTGAGGCC         GAGAACCGCCTGGCCCAGCACACCCTCCAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 559320 GCTTGAGGCCGTG...CAGGAGAACCGCCTGGCCCAGCACACCCTCCAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1595 CCCTGCAGAGTGAGCTGGACAGCCTGCGCGCCGACAACATCAAGCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 561950 CCCTGCAGAGTGAGCTGGACAGCCTGCGCGCCGACAACATCAAGCTCTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645 GAGAAGATCAAGTTCCTGCAGAGCTACCCTGGCCGG         GGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 562000 GAGAAGATCAAGTTCCTGCAGAGCTACCCTGGCCGGGTG...CAGGGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1686 CGGCAGTGATGACACGGAGCTGCGGTACTCGTCCCAGTACGAGGAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 564012 CGGCAGTGATGACACGGAGCTGCGGTACTCGTCCCAGTACGAGGAGCGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1736 TGGACCCCTTCTCCTCCTTCAGCAAGCGG         GAGCGGCAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 564062 TGGACCCCTTCTCCTCCTTCAGCAAGCGGGTT...CAGGAGCGGCAGAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1777 AAGTACCTGAGCTTGAGTCCCTGGGACAAGGCCACCCTCAGCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 564786 AAGTACCTGAGCTTGAGTCCCTGGGACAAGGCCACCCTCAGCATGGTG..

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1822     GGGCGTCTGGTTCTCTCCAACAAGATGGCGCGCACCATCGGCTTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 564836 .CAGGGGCGTCTGGTTCTCTCCAACAAGATGGCGCGCACCATCGGCTTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1868 TCTACACACTGTTCCTGCACTGCCTGGTCTTCCTG         GTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 565856 TCTACACACTGTTCCTGCACTGCCTGGTCTTCCTGGTG...CAGGTGCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1909 TACAAGCTGGCATGGAGCGAGAGCATGGAGAGGGACTGTGCCACCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 566688 TACAAGCTGGCATGGAGCGAGAGCATGGAGAGGGACTGTGCCACCTTCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1959 CGCCAAGAA         GTTCGCTGACCACCTGCACAAGTTCCACGAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 566738 CGCCAAGAAGTG...CAGGTTCGCTGACCACCTGCACAAGTTCCACGAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   2000 ATGACAACGGGGCTGCGGCTGGTGACTTGTGGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 567023 ATGACAACGGGGCTGCGGCTGGTGACTTGTGGCAG