seq1 = pF1KB9773.tfa, 1923 bp
seq2 = pF1KB9773/gi568815592f_31715757.tfa (gi568815592f:31715757_31827950), 112194 bp

>pF1KB9773 1923
>gi568815592f:31715757_31827950 (Chr6)

1-1923  (100001-101923)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAAGCCGCGGCGATCGGCATCGACCTGGGCACCACCTACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAAGCCGCGGCGATCGGCATCGACCTGGGCACCACCTACTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGGGGGTGTTCCAACACGGCAAGGTGGAGATCATCGCCAACGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGGGGGTGTTCCAACACGGCAAGGTGGAGATCATCGCCAACGACCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAACCGCACCACCCCCAGCTACGTGGCCTTCACGGACACCGAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAACCGCACCACCCCCAGCTACGTGGCCTTCACGGACACCGAGCGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGGGGATGCGGCCAAGAACCAGGTGGCGCTGAACCCGCAGAACACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCGGGGATGCGGCCAAGAACCAGGTGGCGCTGAACCCGCAGAACACCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTTGACGCGAAGCGGCTGATCGGCCGCAAGTTCGGCGACCCGGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTTGACGCGAAGCGGCTGATTGGCCGCAAGTTCGGCGACCCGGTGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTCGGACATGAAGCACTGGCCTTTCCAGGTGATCAACGACGGAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTCGGACATGAAGCACTGGCCTTTCCAGGTGATCAACGACGGAGACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCAAGGTGCAGGTGAGCTACAAGGGGGACACCAAGGCATTCTACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100301 CCCAAGGTGCAGGTGAGCTACAAGGGGGAGACCAAGGCATTCTACCCCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGATCTCGTCCATGGTGCTGACCAAGATGAAGGAGATCGCCGAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGATCTCGTCCATGGTGCTGACCAAGATGAAGGAGATCGCCGAGGCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGGGCTACCCGGTGACCAACGCGGTGATCACCGTGCCGGCCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGGGCTACCCGGTGACCAACGCGGTGATCACCGTGCCGGCCTACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACGACTCGCAGCGCCAGGCCACCAAGGATGCGGGTGTGATCGCGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AACGACTCGCAGCGCCAGGCCACCAAGGATGCGGGTGTGATCGCGGGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACGTGCTGCGGATCATCAACGAGCCCACGGCCGCCGCCATCGCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACGTGCTGCGGATCATCAACGAGCCCACGGCCGCCGCCATCGCCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTGGACAGAACGGGCAAGGGGGAGCGCAACGTGCTCATCTTTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCTGGACAGAACGGGCAAGGGGGAGCGCAACGTGCTCATCTTTGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCGGGGGCACCTTCGACGTGTCCATCCTGACGATCGACGACGGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCGGGGGCACCTTCGACGTGTCCATCCTGACGATCGACGACGGCATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGAGGTGAAGGCCACGGCCGGGGACACCCACCTGGGTGGGGAGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGAGGTGAAGGCCACGGCCGGGGACACCCACCTGGGTGGGGAGGACTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAACAGGCTGGTGAACCACTTCGTGGAGGAGTTCAAGAGAAAACACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAACAGGCTGGTGAACCACTTCGTGGAGGAGTTCAAGAGAAAACACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGGACATCAGCCAGAACAAGCGAGCCGTGAGGCGGCTGCGCACCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGGACATCAGCCAGAACAAGCGAGCCGTGAGGCGGCTGCGCACCGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGAGAGGGCCAAGAGGACCCTGTCGTCCAGCACCCAGGCCAGCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGAGAGGGCCAAGAGGACCCTGTCGTCCAGCACCCAGGCCAGCCTGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCGACTCCCTGTTTGAGGGCATCGACTTCTACACGTCCATCACCAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCGACTCCCTGTTTGAGGGCATCGACTTCTACACGTCCATCACCAGGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGGTTCGAGGAGCTGTGCTCCGACCTGTTCCGAAGCACCCTGGAGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGTTCGAGGAGCTGTGCTCCGACCTGTTCCGAAGCACCCTGGAGCCCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAGAAGGCTCTGCGCGACGCCAAGCTGGACAAGGCCCAGATTCACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAGAAGGCTCTGCGCGACGCCAAGCTGGACAAGGCCCAGATTCACGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGGTCCTGGTCGGGGGCTCCACCCGCATCCCCAAGGTGCAGAAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGGTCCTGGTCGGGGGCTCCACCCGCATCCCCAAGGTGCAGAAGCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CAGGACTTCTTCAACGGGCGCGACCTGAACAAGAGCATCAACCCCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CAGGACTTCTTCAACGGGCGCGACCTGAACAAGAGCATCAACCCCGACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCTGTGGCCTACGGGGCGGCGGTGCAGGCGGCCATCCTGATGGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCTGTGGCCTACGGGGCGGCGGTGCAGGCGGCCATCCTGATGGGGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGTCCGAGAACGTGCAGGACCTGCTGCTGCTGGACGTGGCTCCCCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGTCCGAGAACGTGCAGGACCTGCTGCTGCTGGACGTGGCTCCCCTGTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTGGGGCTGGAGACGGCCGGAGGCGTGATGACTGCCCTGATCAAGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CTGGGGCTGGAGACGGCCGGAGGCGTGATGACTGCCCTGATCAAGCGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTCCACCATCCCCACCAAGCAGACGCAGATCTTCACCACCTACTCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTCCACCATCCCCACCAAGCAGACGCAGATCTTCACCACCTACTCCGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACCAACCCGGGGTGCTGATCCAGGTGTACGAGGGCGAGAGGGCCATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ACCAACCCGGGGTGCTGATCCAGGTGTACGAGGGCGAGAGGGCCATGACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AAAGACAACAATCTGTTGGGGCGCTTCGAGCTGAGCGGCATCCCTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AAAGACAACAATCTGTTGGGGCGCTTCGAGCTGAGCGGCATCCCTCCGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCCCAGGGGCGTGCCCCAGATCGAGGTGACCTTCGACATCGATGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCCCAGGGGCGTGCCCCAGATCGAGGTGACCTTCGACATCGATGCCAACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GCATCCTGAACGTCACGGCCACGGACAAGAGCACCGGCAAGGCCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GCATCCTGAACGTCACGGCCACGGACAAGAGCACCGGCAAGGCCAACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ATCACCATCACCAACGACAAGGGCCGCCTGAGCAAGGAGGAGATCGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101501 ATCACCATCACCAACGACAAGGGCCGCCTGAGCAAGGAGGAGATCGAGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CATGGTGCAGGAGGCGGAGAAGTACAAAGCGGAGGACGAGGTGCAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CATGGTGCAGGAGGCGGAGAAGTACAAAGCGGAGGACGAGGTGCAGCGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 AGAGGGTGTCAGCCAAGAACGCCCTGGAGTCCTACGCCTTCAACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 AGAGGGTGTCAGCCAAGAACGCCCTGGAGTCCTACGCCTTCAACATGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AGCGCCGTGGAGGATGAGGGGCTCAAGGGCAAGATCAGCGAGGCCGACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 101651 AGCGCCGTGGAGGATGAGGGGCTCAAGGGCAAGATCAGCGAGGCGGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GAAGAAGGTGCTGGACAAGTGTCAAGAGGTCATCTCGTGGCTGGACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GAAGAAGGTGCTGGACAAGTGTCAAGAGGTCATCTCGTGGCTGGACGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ACACCTTGGCCGAGAAGGACGAGTTTGAGCACAAGAGGAAGGAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ACACCTTGGCCGAGAAGGACGAGTTTGAGCACAAGAGGAAGGAGCTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CAGGTGTGTAACCCCATCATCAGCGGACTGTACCAGGGTGCCGGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 CAGGTGTGTAACCCCATCATCAGCGGACTGTACCAGGGTGCCGGTGGTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CGGGCCTGGGGGCTTCGGGGCTCAGGGTCCCAAGGGAGGGTCTGGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CGGGCCTGGGGGCTTCGGGGCTCAGGGTCCCAAGGGAGGGTCTGGGTCAG

   1900     .    :    .    :
   1901 GCCCCACCATTGAGGAGGTAGAT
        |||||||||||||||||||||||
 101901 GCCCCACCATTGAGGAGGTAGAT