seq1 = pF1KB9767.tfa, 2841 bp
seq2 = pF1KB9767/gi568815597f_91862755.tfa (gi568815597f:91862755_92114271), 251517 bp

>pF1KB9767 2841
>gi568815597f:91862755_92114271 (Chr1)

1-192  (100001-100192)   99% ->
193-330  (101873-102010)   100% ->
331-445  (105392-105506)   100% ->
446-618  (113512-113684)   100% ->
619-969  (114289-114639)   100% ->
970-1098  (115414-115542)   100% ->
1099-1287  (116815-117003)   100% ->
1288-1460  (117889-118061)   100% ->
1461-1750  (118135-118424)   100% ->
1751-1864  (118514-118627)   100% ->
1865-2002  (118864-119001)   100% ->
2003-2064  (128430-128491)   100% ->
2065-2115  (129510-129560)   98% ->
2116-2287  (131329-131500)   100% ->
2288-2388  (139295-139395)   100% ->
2389-2594  (141660-141865)   100% ->
2595-2775  (142365-142545)   100% ->
2776-2841  (151452-151517)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTGCCAAGTCGACAAACAGCTATTATTGTTAACCCTCCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCTGCCAAGTCGACAAACAGCTATTATTGTTAACCCTCCTCCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAATATATAAATACTAAGAAAAATGGGCGATTGACAAATCAACTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAATATATAAATACTAAGAAAAATGGGCGATTGACAAATCAACTTCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTACAAAAAGTTGTCCTAAAGGATTTATGGAAGCATAGTTTTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTACAAAAAGTTGTCCTAAAGGATTTATGGAAGCATAGTTTTTCATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTTTCAACGTCCTGTGGATGCTGTGAAACTAAAGTTGCCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>
 100151 CCCTTTCAACGTCCTGTGGATGCTGTGAAACTACAGTTGCCTGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  GATTATTATACCATTATAAAAAACCCAATGGATTTAAATACAATTAAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 GGATTATTATACCATTATAAAAAACCCAATGGATTTAAATACAATTAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCGCTTGGAGAATAAATATTATGCGAAGGCTTCAGAATGTATAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101922 AGCGCTTGGAGAATAAATATTATGCGAAGGCTTCAGAATGTATAGAAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAATACAATGTTCTCAAATTGTTATTTATATAACAAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101972 TTCAATACAATGTTCTCAAATTGTTATTTATATAACAAGGTA...TAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAGATGACATTGTTCTTATGGCACAAGCTCTAGAGAAGCTGTTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105394 TGGAGATGACATTGTTCTTATGGCACAAGCTCTAGAGAAGCTGTTTATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAATTATCTCAGATGCCACAAGAAGAGCAAGTTGTGGGTGTTAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105444 AGAAATTATCTCAGATGCCACAAGAAGAGCAAGTTGTGGGTGTTAAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGAATCAAGAAAG         GCACTCAACAGAATATAGCTGTTTCTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105494 AGAATCAAGAAAGGTA...CAGGCACTCAACAGAATATAGCTGTTTCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTAAAGAAAAATCATCACCCAGCGCAACAGAAAAAGTATTTAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113540 TGCTAAAGAAAAATCATCACCCAGCGCAACAGAAAAAGTATTTAAGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGAAATTCCTTCTGTATTTCCTAAGACATCTATTTCTCCCTTGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113590 AAGAAATTCCTTCTGTATTTCCTAAGACATCTATTTCTCCCTTGAACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTACAGGGAGCTTCAGTCAACTCCAGTTCACAAACTGCGGCCCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113640 GTACAGGGAGCTTCAGTCAACTCCAGTTCACAAACTGCGGCCCAAGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619     GTTACAAAAGGTGTGAAGAGGAAAGCAGATACAACAACTCCTGCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113690 .TAGGTTACAAAAGGTGTGAAGAGGAAAGCAGATACAACAACTCCTGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTTCAGCAGTTAAAGCAAGTAGTGAATTTTCTCCAACATTCACAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114335 CTTCAGCAGTTAAAGCAAGTAGTGAATTTTCTCCAACATTCACAGAAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCAGTGGCACTGCCACCTATAAAAGAAAATATGCCAAAGAATGTTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114385 TCAGTGGCACTGCCACCTATAAAAGAAAATATGCCAAAGAATGTTTTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGATTCTCAGCAACAATATAATGTTGTGAAGACTGTTAAAGTAACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114435 AGATTCTCAGCAACAATATAATGTTGTGAAGACTGTTAAAGTAACTGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AATTAAGGCACTGTAGTGAGATTCTTAAAGAAATGCTTGCAAAGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114485 AATTAAGGCACTGTAGTGAGATTCTTAAAGAAATGCTTGCAAAGAAACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTTCATATGCATGGCCCTTTTATAATCCTGTTGACGTTAATGCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114535 TTTTCATATGCATGGCCCTTTTATAATCCTGTTGACGTTAATGCTTTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACTCCATAACTACTATGACGTTGTCAAAAATCCGATGGATCTTGGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114585 ACTCCATAACTACTATGACGTTGTCAAAAATCCGATGGATCTTGGAACTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTAAG         GAGAAAATGGATAACCAAGAATATAAGGATGCATAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114635 TTAAGGTA...TAGGAGAAAATGGATAACCAAGAATATAAGGATGCATAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAATTTGCGGCAGATGTTAGATTAATGTTCATGAATTGCTACAAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115450 AAATTTGCGGCAGATGTTAGATTAATGTTCATGAATTGCTACAAGTACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCCTCCAGATCACGAAGTTGTGACAATGGCAAGAATGCTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115500 TCCTCCAGATCACGAAGTTGTGACAATGGCAAGAATGCTTCAGGTG...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099   GATGTTTTCGAAACGCATTTTTCAAAGATCCCGATTGAACCTGTTGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116813 AGGATGTTTTCGAAACGCATTTTTCAAAGATCCCGATTGAACCTGTTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGTATGCCTTTATGTTACATCAAAACAGATATCACAGAAACCACTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116863 AGTATGCCTTTATGTTACATCAAAACAGATATCACAGAAACCACTGGTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGAGAACACTAATGAAGCCTCCTCTGAAGGGAACTCTTCTGATGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116913 AGAGAACACTAATGAAGCCTCCTCTGAAGGGAACTCTTCTGATGATTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAGATGAGCGAGTTAAGCGTCTTGCAAAGCTTCAGGAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116963 AAGATGAGCGAGTTAAGCGTCTTGCAAAGCTTCAGGAGCAGGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTTAAAGCTGTACATCAACAGCTCCAGGTTTTGTCCCAAGTACCTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117889 CTTAAAGCTGTACATCAACAGCTCCAGGTTTTGTCCCAAGTACCTTTCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TAAGCTAAATAAAAAGAAAGAGAAGTCTAAAAAGGAAAAGAAAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117939 TAAGCTAAATAAAAAGAAAGAGAAGTCTAAAAAGGAAAAGAAAAAAGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGGTTAATAACAGCAATGAAAATCCAAGAAAAATGTGTGAGCAAATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117989 AGGTTAATAACAGCAATGAAAATCCAAGAAAAATGTGTGAGCAAATGAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTAAAGGAAAAGTCCAAGAGAAA         TCAGCCAAAGAAAAGGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118039 CTAAAGGAAAAGTCCAAGAGAAAGTA...CAGTCAGCCAAAGAAAAGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ACAACAGTTCATTGGTCTAAAATCTGAAGATGAAGATAATGCTAAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118153 ACAACAGTTCATTGGTCTAAAATCTGAAGATGAAGATAATGCTAAACCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGAACTATGATGAGAAAAGGCAGTTAAGTCTGAATATAAACAAACTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118203 TGAACTATGATGAGAAAAGGCAGTTAAGTCTGAATATAAACAAACTCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GGAGATAAACTTGGGCGAGTAGTTCACATAATACAATCAAGAGAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118253 GGAGATAAACTTGGGCGAGTAGTTCACATAATACAATCAAGAGAGCCTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TCTGAGCAATTCCAATCCTGATGAGATAGAGATAGACTTTGAAACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118303 TCTGAGCAATTCCAATCCTGATGAGATAGAGATAGACTTTGAAACACTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AAGCATCAACACTAAGAGAATTAGAAAAATATGTTTCGGCATGTCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118353 AAGCATCAACACTAAGAGAATTAGAAAAATATGTTTCGGCATGTCTAAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AAGAGACCATTAAAACCTCCTG         CTAAGAAAATAATGATGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118403 AAGAGACCATTAAAACCTCCTGGTA...CAGCTAAGAAAATAATGATGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CAAAGAAGAACTTCACTCACAGAAAAAACAGGAATTGGAAAAGCGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118533 CAAAGAAGAACTTCACTCACAGAAAAAACAGGAATTGGAAAAGCGGTTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TGGATGTTAATAATCAGTTAAATTCTAGAAAACGTCAAACAAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118583 TGGATGTTAATAATCAGTTAAATTCTAGAAAACGTCAAACAAAATGTA..

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865     CTGATAAAACGCAACCATCCAAAGCTGTTGAAAATGTTTCCCGACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118633 .TAGCTGATAAAACGCAACCATCCAAAGCTGTTGAAAATGTTTCCCGACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GAGTGAGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTCATCAGAGTCTGAAAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118910 GAGTGAGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTCATCAGAGTCTGAAAGTAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GCAGTGACTTAAGCTCTTCAGACAGCAGTGATTCTGAATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118960 GCAGTGACTTAAGCTCTTCAGACAGCAGTGATTCTGAATCAGGTT...CA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2003  AAATGTTCCCTAAGTTTACAGAAGTAAAACCAAATGATTCTCCTTCTAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128429 GAAATGTTCCCTAAGTTTACAGAAGTAAAACCAAATGATTCTCCTTCTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 AGAGAATGTAAAG         AAAATGAAGAATGAATGCATACTGCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||| |||||
 128479 AGAGAATGTAAAGGTA...TAGAAAATGAAGAATGAATGCATACCGCCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AAGGAAGAACAGGCGTCACACAG         ATAGGATATTGTGTGCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 129538 AAGGAAGAACAGGCGTCACACAGGTA...CAGATAGGATATTGTGTGCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GACACAACCTCTGCCAATACTACCCTTGTTCATCAGACCACACCTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131347 GACACAACCTCTGCCAATACTACCCTTGTTCATCAGACCACACCTTCACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TGTAATGCCACCAAATCACCACCAATTAGCATTTAATTATCAAGAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131397 TGTAATGCCACCAAATCACCACCAATTAGCATTTAATTATCAAGAATTAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AACATTTACAGACTGTGAAAAACATTTCACCTTTACAAATTCTGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131447 AACATTTACAGACTGTGAAAAACATTTCACCTTTACAAATTCTGCCTCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 TCAG         GTGATTCTGAACAGCTCTCAAATGGCATAACTGTGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131497 TCAGGTA...CAGGTGATTCTGAACAGCTCTCAAATGGCATAACTGTGAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GCATCCATCTGGTGATAGTGACACAACGATGTTAGAATCTGAATGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139332 GCATCCATCTGGTGATAGTGACACAACGATGTTAGAATCTGAATGTCAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 CTCCTGTACAGAAG         GATATAAAGATTAAGAATGCAGATTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 139382 CTCCTGTACAGAAGGTA...TAGGATATAAAGATTAAGAATGCAGATTCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TGGAAAAGTTTAGGCAAACCAGTGAAACCATCAGGTGTAATGAAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141687 TGGAAAAGTTTAGGCAAACCAGTGAAACCATCAGGTGTAATGAAATCCTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 AGATGAGCTCTTCAACCAATTTAGAAAAGCAGCCATAGAAAAGGAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141737 AGATGAGCTCTTCAACCAATTTAGAAAAGCAGCCATAGAAAAGGAAGTAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 AAGCTCGGACACAGGAACTCATACGGAAGCATTTGGAACAAAATACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141787 AAGCTCGGACACAGGAACTCATACGGAAGCATTTGGAACAAAATACAAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 GAACTAAAAGCATCTCAAGAAAATCAGAG         GGATCTTGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 141837 GAACTAAAAGCATCTCAAGAAAATCAGAGGTC...AAGGGATCTTGGGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 TGGATTGACTGTAGAATCTTTTTCAAATAAAATACAAAACAAGTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142377 TGGATTGACTGTAGAATCTTTTTCAAATAAAATACAAAACAAGTGCTCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 GAGAAGAGCAGAAAGAACATCAGCAGTCATCAGAAGCTCAAGATAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142427 GAGAAGAGCAGAAAGAACATCAGCAGTCATCAGAAGCTCAAGATAAATCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 AAACTCTGGCTTCTCAAAGACCGTGATTTAGCAAGGCAGAAAGAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142477 AAACTCTGGCTTCTCAAAGACCGTGATTTAGCAAGGCAGAAAGAACAAGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2757 GAGGAGGAGGAGAGAAGCA         ATGGTGGGTACCATTGATATGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 142527 GAGGAGGAGGAGAGAAGCAGTA...CAGATGGTGGGTACCATTGATATGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 CCCTTCAAAGTGACATTATGACAATGTTTGAAAACAACTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151474 CCCTTCAAAGTGACATTATGACAATGTTTGAAAACAACTTTGAT