seq1 = pF1KB9756.tfa, 2115 bp
seq2 = pF1KB9756/gi568815595r_27617073.tfa (gi568815595r:27617073_27822294), 205222 bp

>pF1KB9756 2115
>gi568815595r:27617073_27822294 (Chr3)

(complement)

1-881  (100001-100881)   100% ->
882-1036  (101970-102124)   100% ->
1037-1158  (102814-102935)   100% ->
1159-1317  (103402-103560)   100% ->
1318-1379  (103647-103708)   100% ->
1380-2115  (104487-105222)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTTAGGGGAGCAGCTCTTGGTGAGCTCAGTGAACCTGCCTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGTTAGGGGAGCAGCTCTTGGTGAGCTCAGTGAACCTGCCTGGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACTTCTACCCGCTGGAGAGTGCGCGAGGCGGCAGCGGCGGGAGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACTTCTACCCGCTGGAGAGTGCGCGAGGCGGCAGCGGCGGGAGCGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACCTCCCCAGCGCGGCCCCCTCTCCTCAGAAGTTGGACTTAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCACCTCCCCAGCGCGGCCCCCTCTCCTCAGAAGTTGGACTTAGACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGTCCAAGAAGTTTTCCGGCAGTCTCTCCTGCGAGGCGGTGAGCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGTCCAAGAAGTTTTCCGGCAGTCTCTCCTGCGAGGCGGTGAGCGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCGCAGCCGCCAGCGCAGGGGCCCCCGCGGCCATGCTTAGTGACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCGCAGCCGCCAGCGCAGGGGCCCCCGCGGCCATGCTTAGTGACACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGCCGGGGACGCATTTGCCAGCGCTGCGGCAGTGGCCAAGCCGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGCCGGGGACGCATTTGCCAGCGCTGCGGCAGTGGCCAAGCCGGGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGACGGCCGCAAGGGCTCCCCCTGCGGGGAGGAGGAGCTGCCCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGACGGCCGCAAGGGCTCCCCCTGCGGGGAGGAGGAGCTGCCCTCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCTGCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGCTGCGGCCACTGCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCTGCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGCTGCGGCCACTGCGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTCCATGGACAGCCTGAGCTCCGAGCGGTACTACCTCCAGTCCCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTCCATGGACAGCCTGAGCTCCGAGCGGTACTACCTCCAGTCCCCCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTCAGGGGTCGGAGCTGGCTGCGCCCTGCTCACTCTTCCCGTACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTCAGGGGTCGGAGCTGGCTGCGCCCTGCTCACTCTTCCCGTACCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCGGCTGGGGCGCCCCACGGACCTGTGTACCCGGCTCCTAACGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCGGCTGGGGCGCCCCACGGACCTGTGTACCCGGCTCCTAACGGGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTACCCCTACGGCTCCATGCTGCCCCCCGGCGGCTTCCCCGCGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTACCCCTACGGCTCCATGCTGCCCCCCGGCGGCTTCCCCGCGGCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCCCACCCGGGAGGGCGCAGTTCGGCCCAGGAGCCGGTGCGGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCCCACCCGGGAGGGCGCAGTTCGGCCCAGGAGCCGGTGCGGGCAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGCGGGCGGTAGCAGCGGCGGGGGCGGCGGCCCGGGCACCTATCAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGCGGGCGGTAGCAGCGGCGGGGGCGGCGGCCCGGGCACCTATCAGTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCAGGGGGCTCCGCTCTACGGGCCGTACCCTGGAGCCGCAGCGGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCAGGGGGCTCCGCTCTACGGGCCGTACCCTGGAGCCGCAGCGGCGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCTTGCGGAGGACTGGGGGGCCTGGGGGTTCCAGGTTCTGGCTTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCTTGCGGAGGACTGGGGGGCCTGGGGGTTCCAGGTTCTGGCTTCCGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCACGTCTACCTGTGCAACCGGCCTCTGTGGCTCAAATTCCACCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCACGTCTACCTGTGCAACCGGCCTCTGTGGCTCAAATTCCACCGCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAACTGAGATGATCATTACGAAACAGGGCAG         GCGCATGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100851 AAACTGAGATGATCATTACGAAACAGGGCAGGTG...CAGGCGCATGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCTTTCTTGAGCTTCAACATAAACGGACTCAATCCCACTGCCCACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101980 CCTTTCTTGAGCTTCAACATAAACGGACTCAATCCCACTGCCCACTACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTGTTCGTAGAGGTGGTGCTGGCGGACCCCAACCACTGGCGCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102030 TGTGTTCGTAGAGGTGGTGCTGGCGGACCCCAACCACTGGCGCTTCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGGGCAAATGGGTGACCTGTGGCAAAGCCGACAATAACATGCAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102080 GGGGCAAATGGGTGACCTGTGGCAAAGCCGACAATAACATGCAGGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037     GCAACAAAATGTATGTTCACCCAGAGTCTCCTAATACTGGTTCCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102130 .TAGGCAACAAAATGTATGTTCACCCAGAGTCTCCTAATACTGGTTCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTGGATGAGACAGGAGATTTCATTCGGGAAATTAAAACTCACCAATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102860 CTGGATGAGACAGGAGATTTCATTCGGGAAATTAAAACTCACCAATAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AAGGCGCAAATAACAACAACACCCAG         ATGATAGTCTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102910 AAGGCGCAAATAACAACAACACCCAGGTA...CAGATGATAGTCTTACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TCCTTACACAAATACCAACCCCGACTGCATATTGTTGAAGTTACAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103417 TCCTTACACAAATACCAACCCCGACTGCATATTGTTGAAGTTACAGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGGCGTGGAGGACTTGAATGAGCCCTCAAAGACCCAGACTTTTACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103467 TGGCGTGGAGGACTTGAATGAGCCCTCAAAGACCCAGACTTTTACCTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CAGAAACGCAATTCATTGCAGTGACTGCCTACCAAAACACCGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103517 CAGAAACGCAATTCATTGCAGTGACTGCCTACCAAAACACCGATGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1318    ATTACTCAACTAAAGATTGATCATAACCCCTTTGCAAAAGGCTTCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103644 TAGATTACTCAACTAAAGATTGATCATAACCCCTTTGCAAAAGGCTTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AGACAACTATGATTC         CATGTACACCGCTTCAGAAAATGACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103694 AGACAACTATGATTCGTA...TAGCATGTACACCGCTTCAGAAAATGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GGTTAACTCCATCTCCCACGGATTCTCCTAGATCCCATCAGATTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104513 GGTTAACTCCATCTCCCACGGATTCTCCTAGATCCCATCAGATTGTCCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GGAGGTCGGTACGGCGTTCAATCCTTCTTCCCGGAGCCCTTTGTCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104563 GGAGGTCGGTACGGCGTTCAATCCTTCTTCCCGGAGCCCTTTGTCAACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 TTTACCTCAAGCCCGCTATTATAATGGCGAGAGAACCGTGCCACAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104613 TTTACCTCAAGCCCGCTATTATAATGGCGAGAGAACCGTGCCACAGACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 ACGGCCTCCTTTCACCCCAACAGAGCGAAGAGGTGGCCAACCCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104663 ACGGCCTCCTTTCACCCCAACAGAGCGAAGAGGTGGCCAACCCTCCCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CGGTGGCTTGTCACGCCTGTCCAGCAACCTGGGACCAACAAACTAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104713 CGGTGGCTTGTCACGCCTGTCCAGCAACCTGGGACCAACAAACTAGACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CAGTTCCTATGAATCTGAATATACTTCTAGCACATTGCTCCCATATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104763 CAGTTCCTATGAATCTGAATATACTTCTAGCACATTGCTCCCATATGGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TTAAATCCTTGCCCCTTCAGACATCCCATGCCCTGGGGTATTACCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104813 TTAAATCCTTGCCCCTTCAGACATCCCATGCCCTGGGGTATTACCCAGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CCAACCTTTCCTGCAATGGCAGGGTGGGGAGGTCGAGGTTCTTACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104863 CCAACCTTTCCTGCAATGGCAGGGTGGGGAGGTCGAGGTTCTTACCAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GAAGATGGCAGCTGGACTACCATGGACCTCCAGAACAAGCCCCACTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104913 GAAGATGGCAGCTGGACTACCATGGACCTCCAGAACAAGCCCCACTGTGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TCTCTGAAGATCAGCTCTCCAAGGAGAAAGTGAAAGAGGAAATTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104963 TCTCTGAAGATCAGCTCTCCAAGGAGAAAGTGAAAGAGGAAATTGGCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 TCTTGGATAGAGACACCCCCTTCCATCAAATCTCTAGATTCCAATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105013 TCTTGGATAGAGACACCCCCTTCCATCAAATCTCTAGATTCCAATGATTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 AGGAGTATACACCAGTGCTTGTAAGCGAAGGCGGCTGTCTCCTAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105063 AGGAGTATACACCAGTGCTTGTAAGCGAAGGCGGCTGTCTCCTAGCAACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 CCAGTAATGAAAATTCACCCTCCATAAAGTGTGAGGACATTAATGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105113 CCAGTAATGAAAATTCACCCTCCATAAAGTGTGAGGACATTAATGCTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 GAGTATAGTAAAGACACCTCAAAAGGCATGGGAGGGTATTATGCTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105163 GAGTATAGTAAAGACACCTCAAAAGGCATGGGAGGGTATTATGCTTTTTA

   2150     .    :
   2106 CACAACTCCC
        ||||||||||
 105213 CACAACTCCC