seq1 = pF1KB9755.tfa, 1983 bp
seq2 = pF1KB9755/gi568815575f_47746268.tfa (gi568815575f:47746268_48016629), 270362 bp

>pF1KB9755 1983
>gi568815575f:47746268_48016629 (ChrX)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-181  (141732-141858)   100% ->
182-277  (149578-149673)   100% ->
278-1983  (168657-170362)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGCTAACGAGGACGCTCCCCAGCCAGGGGAACATGGCAGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGCTAACGAGGACGCTCCCCAGCCAGGGGAACATGGCAGTGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAG         GTATCAGTGTCATTTGAGGATGTGACTGTGGACTTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGTG...CAGGTATCAGTGTCATTTGAGGATGTGACTGTGGACTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAGAGAGGAGTGGCAGCAACTGGACTCTACTCAAAGACGCCTGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141769 GTAGAGAGGAGTGGCAGCAACTGGACTCTACTCAAAGACGCCTGTACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGTAATGTTGGAGAACTACAGCCACCTGCTCTCAGTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 141819 GATGTAATGTTGGAGAACTACAGCCACCTGCTCTCAGTGGGTA...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTCGAAGTTCCTAAACCAGAGGTCATCTTCAAGTTGGAGCAAGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149579 GTTCGAAGTTCCTAAACCAGAGGTCATCTTCAAGTTGGAGCAAGGAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCCATGGACATTGGAAGGGGAAGCCCCACATCAGAGCTGTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 149629 GGCCATGGACATTGGAAGGGGAAGCCCCACATCAGAGCTGTTCAGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     ATGGGAAATTTGGAATTAAGCCTTCCCAGAGGAGAATTTCTGGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149679 .TAGATGGGAAATTTGGAATTAAGCCTTCCCAGAGGAGAATTTCTGGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATCTACATTTCATAGTGAAATGGAGGGTGAAGACACAAGAGATGATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168703 ATCTACATTTCATAGTGAAATGGAGGGTGAAGACACAAGAGATGATTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATACTCTATTTTAGAAGAATTGTGGCAAGATGCTGAACAGATAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168753 TATACTCTATTTTAGAAGAATTGTGGCAAGATGCTGAACAGATAAAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTCAGGAAAAACACAACAAACTTCTGAGTCGCACTACTTTCCTCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168803 TGTCAGGAAAAACACAACAAACTTCTGAGTCGCACTACTTTCCTCAATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAATATTGAATACAGAGTGGGATTATGAATATAAAGACTTTGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168853 GAAAATATTGAATACAGAGTGGGATTATGAATATAAAGACTTTGGAAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGTTCATCCAAGCCCAAATCTCATTCTTTCACAGAAAAGACCCCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168903 TTGTTCATCCAAGCCCAAATCTCATTCTTTCACAGAAAAGACCCCATAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGTGATTCATTTGGGAAGAGTTTTAAGCATAATTTAGACTTACATATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168953 CGTGATTCATTTGGGAAGAGTTTTAAGCATAATTTAGACTTACATATTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAATAAAAGCAATGCAGCAAAGAACCTGGATAAAACTATTGGGCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169003 TAATAAAAGCAATGCAGCAAAGAACCTGGATAAAACTATTGGGCATGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGTTTTTACCCAGAACTCTTCTTATAGTCACCACGAAAATACACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169053 AAGTTTTTACCCAGAACTCTTCTTATAGTCACCACGAAAATACACATACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGAGTGAAGTTCTGTGAACGTAATCAATGTGGAAAAGTCCTCAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169103 GGAGTGAAGTTCTGTGAACGTAATCAATGTGGAAAAGTCCTCAGCCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACACTCACTCAGTCAAAATGTGAAATTTCCCATTGGAGAGAAAGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169153 ACACTCACTCAGTCAAAATGTGAAATTTCCCATTGGAGAGAAAGCAAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CATGTACTGAATTTGGGAAGATCTTCACCCAGAGGTCACATTTCTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 169203 CATGTACTGAATTTGGGAAGATCTTCACCCAGAGGTCACATTTCTTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CCTCAAAAAATTCATACTGTGGAAAAACCTCATGAGCTTAGCAAATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169253 CCTCAAAAAATTCATACTGTGGAAAAACCTCATGAGCTTAGCAAATGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AAATGTTTTTACACAGAAGCCACTACTCAGTATATATCTGAGAGTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169303 AAATGTTTTTACACAGAAGCCACTACTCAGTATATATCTGAGAGTTCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GAGATGAAAAACTCTACATATGTACTAAATGTGGGAAGGCCTTCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169353 GAGATGAAAAACTCTACATATGTACTAAATGTGGGAAGGCCTTCATCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AATTCAGAATTAATTATGCATGAGAAAACTCATACTAGAGAGAAACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169403 AATTCAGAATTAATTATGCATGAGAAAACTCATACTAGAGAGAAACCCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TAAATGCAATGAATGTGGGAAATCATTTTTCCAGGTGTCATCTCTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169453 TAAATGCAATGAATGTGGGAAATCATTTTTCCAGGTGTCATCTCTACTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGCATCAGACAACTCATACTGGAGAAAAACTCTTTGAATGCAGTGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169503 GGCATCAGACAACTCATACTGGAGAAAAACTCTTTGAATGCAGTGAATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GGTAAAGGCTTCTCCCTGAACTCAGCCCTCAATATACATCAGAAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169553 GGTAAAGGCTTCTCCCTGAACTCAGCCCTCAATATACATCAGAAAATTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACTGGAGAGAGACATCACAAATGCAGTGAGTGTGGGAAAGCCTTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169603 CACTGGAGAGAGACATCACAAATGCAGTGAGTGTGGGAAAGCCTTTACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAAAATCAACACTCAGGATGCATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169653 AAAAATCAACACTCAGGATGCATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAGGTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TATATCTGTACTCAATGTGGGCAGGCCTTCATCCAGAAGGCACACTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169703 TATATCTGTACTCAATGTGGGCAGGCCTTCATCCAGAAGGCACACTTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TGCACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGCAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169753 TGCACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGCAGTGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GTGGGAAATCTTTCCCTTCTAAGTCACAACTCCAGATGCATAAGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169803 GTGGGAAATCTTTCCCTTCTAAGTCACAACTCCAGATGCATAAGAGAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CATACAGGAGAGAAACCCTATATATGCACTGAATGTGGGAAGGCTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169853 CATACAGGAGAGAAACCCTATATATGCACTGAATGTGGGAAGGCTTTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CAACAGGTCAAATCTCAATACTCACCAGAAGTCTCATACTGGAGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169903 CAACAGGTCAAATCTCAATACTCACCAGAAGTCTCATACTGGAGAAAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CTTATATATGTGCTGAATGTGGGAAGGCCTTCACCGACAGGTCAAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169953 CTTATATATGTGCTGAATGTGGGAAGGCCTTCACCGACAGGTCAAATTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AATAAACACCAGACCATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGTTTGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170003 AATAAACACCAGACCATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGTTTGTGCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 TTGTGGGAGGGCCTTCATCCAGAAGTCAGAGTTGATTACACATCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170053 TTGTGGGAGGGCCTTCATCCAGAAGTCAGAGTTGATTACACATCAGAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TTCATACTACAGAGAAGCCTTATAAATGTCCTGACTGTGAGAAATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170103 TTCATACTACAGAGAAGCCTTATAAATGTCCTGACTGTGAGAAATCCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TCCAAGAAACCACATCTCAAAGTACATCAACGAATTCACACAGGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170153 TCCAAGAAACCACATCTCAAAGTACATCAACGAATTCACACAGGGGAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 ACCATATATATGTGCAGAATGTGGGAAAGCCTTCACTGATAGGTCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170203 ACCATATATATGTGCAGAATGTGGGAAAGCCTTCACTGATAGGTCAAATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 TCAATAAACATCAGACAATTCATACTGGAGATAAACCGTATAAATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170253 TCAATAAACATCAGACAATTCATACTGGAGATAAACCGTATAAATGCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 GACTGTGGAAAGGGGTTCACCCAGAAATCAGTTCTCAGTATGCATCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170303 GACTGTGGAAAGGGGTTCACCCAGAAATCAGTTCTCAGTATGCATCGCAA

   2000     .    :
   1974 TATTCATACA
        ||||||||||
 170353 TATTCATACA