seq1 = pF1KB9743.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KB9743/gi568815582f_4232281.tfa (gi568815582f:4232281_4437521), 205241 bp

>pF1KB9743 1572
>gi568815582f:4232281_4437521 (Chr16)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-345  (101067-101239)   100% ->
346-522  (102521-102697)   100% ->
523-656  (102780-102913)   100% ->
657-775  (102995-103113)   100% ->
776-1572  (104445-105241)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACTCCCTGGACGAGCCGCTCGACCTGAAGCTGAGTATCACCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACTCCCTGGACGAGCCGCTCGACCTGAAGCTGAGTATCACCAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGCGGCAAGAGAGAAGCGGGAGAGGACGCTGGGTGTGGTCCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGCGGCAAGAGAGAAGCGGGAGAGGACGCTGGGTGTGGTCCGGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGCTCTGCACAGGGAGCTGGGCCTGGTGGATGACAGCCCCACACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGCTCTGCACAGGGAGCTGGGCCTGGTGGATGACAGCCCCACACCTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCCAGGCTCCCCGCCCTCAG         GCTTCCTGCTGAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 TCTCCAGGCTCCCCGCCCTCAGGTA...CAGGCTTCCTGCTGAACTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCCCCGAGAAGGTGGAGGGACGCTTTTCAGCAGCCCCTCTCGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101086 GTTCCCCGAGAAGGTGGAGGGACGCTTTTCAGCAGCCCCTCTCGTGGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAGCCTGTCACCACCATCTGGGCTGGACTCCCCCAATGGCAGCAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101136 TCAGCCTGTCACCACCATCTGGGCTGGACTCCCCCAATGGCAGCAGCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTCCCCCGAGCGCCAGGGCAACGGGGACCTGCCTCCAGTGCCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101186 CTGTCCCCCGAGCGCCAGGGCAACGGGGACCTGCCTCCAGTGCCCAGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCG         GACTTCCAGCCACTGCGCTATTTGGATGGTGTCCCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 CTCGGTA...CAGGACTTCCAGCCACTGCGCTATTTGGATGGTGTCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTCCTTCCAGTTCTTCCTGCCCCTCGGCTCCGGGGGGGCCCTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102558 GCTCCTTCCAGTTCTTCCTGCCCCTCGGCTCCGGGGGGGCCCTGCACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTGCCTCCTCCTTCCTTACCCCTCCCAAGGACAAGTGCCTCTCGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102608 CCTGCCTCCTCCTTCCTTACCCCTCCCAAGGACAAGTGCCTCTCGCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGCCCCTGCCCAAGCAGCTGGTGTGTCGCTGGGCCAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102658 CCTGCCCCTGCCCAAGCAGCTGGTGTGTCGCTGGGCCAAGGTG...CAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTAACCAGCTCTTTGAGCTCCTGCAAGACCTGGTGGACCATGTCAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102781 GTAACCAGCTCTTTGAGCTCCTGCAAGACCTGGTGGACCATGTCAACGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACCATGTCAAGCCCGAGAAGGATGCGGGGTACTGCTGCCACTGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102831 TACCATGTCAAGCCCGAGAAGGATGCGGGGTACTGCTGCCACTGGGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCGCCCGCCATGGCCGAGGTTTCAACGCCAG         GTACAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102881 CTGCGCCCGCCATGGCCGAGGTTTCAACGCCAGGTG...CAGGTACAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTCATCCACATCCGCACACACACCAACGAGAAGCCACACCGCTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103003 TGCTCATCCACATCCGCACACACACCAACGAGAAGCCACACCGCTGTCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCTGCAGCAAGAGCTTCTCCCGCCTGGAGAACCTGAAGATCCACAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103053 ACCTGCAGCAAGAGCTTCTCCCGCCTGGAGAACCTGAAGATCCACAACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTCGCACACAG         GTGAGAAGCCCTACGTCTGCCCCTACGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103103 GTCGCACACAGGTA...CAGGTGAGAAGCCCTACGTCTGCCCCTACGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTGCAACAAGCGCTATTCCAACTCCAGTGACCGCTTTAAGCACACGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 GCTGCAACAAGCGCTATTCCAACTCCAGTGACCGCTTTAAGCACACGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACCCACTACGTGGACAAGCCCTACTACTGCAAGATGCCCGGCTGCCACAA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 ACCCACTATGTGGACAAGCCCTACTACTGCAAGATGCCCGGCTGCCACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCGCTACACGGACCCCAGCTCACTGCGCAAGCACATCAAGGCCCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 GCGCTACACGGACCCCAGCTCACTGCGCAAGCACATCAAGGCCCATGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACTTTGTGTCCCACGAGCAGCAAGAGCTCCTGCAGCTGCGCCCACCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104625 ACTTTGTGTCCCACGAGCAGCAAGAGCTCCTGCAGCTGCGCCCACCCCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAGCCGCCACTGCCCGCCCCCGACGGCGGCCCCTATGTCAGTGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104675 AAGCCGCCACTGCCCGCCCCCGACGGCGGCCCCTATGTCAGTGGGGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GATCATCATCCCCAACCCAGCTGCCCTCTTTGGAGGCCCTGGCCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104725 GATCATCATCCCCAACCCAGCTGCCCTCTTTGGAGGCCCTGGCCTGCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCTTACCCCTACCCCTGGCCCCCGGCCCCCTTGACCTCAGTGCCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104775 GCTTACCCCTACCCCTGGCCCCCGGCCCCCTTGACCTCAGTGCCCTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGTGGCAACGGTGGGGGCAGTGGGGGTGGGGGGGGCATGGGCCCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104825 TGTGGCAACGGTGGGGGCAGTGGGGGTGGGGGGGGCATGGGCCCTGGGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCCAGGCCCCGTCCTGCCTCTCAATCTGGCCAAGAACCCGCTGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104875 GCCAGGCCCCGTCCTGCCTCTCAATCTGGCCAAGAACCCGCTGCTGCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CGCCCTTTGGGGCTGGCGGACTGGGCTTGCCTGTGGTCTCCCTCCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104925 CGCCCTTTGGGGCTGGCGGACTGGGCTTGCCTGTGGTCTCCCTCCTTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GGCGCAGCTGGTGGCAAGGCCGAGGGGGAGAAGGGGCGTGGGTCGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104975 GGCGCAGCTGGTGGCAAGGCCGAGGGGGAGAAGGGGCGTGGGTCGGTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CACCAGGGCCCTGGGCATGGAGGGCCACAAGACGCCCCTTGAAAGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105025 CACCAGGGCCCTGGGCATGGAGGGCCACAAGACGCCCCTTGAAAGGACGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGAGCAGCTGCTCCCGGCCAAGCCCCGATGGACTCCCCCTGCTGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105075 AGAGCAGCTGCTCCCGGCCAAGCCCCGATGGACTCCCCCTGCTGCCAGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 ACCGTGCTGGACCTGTCCACGGGCGTCAACTCAGCTGCCAGCAGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105125 ACCGTGCTGGACCTGTCCACGGGCGTCAACTCAGCTGCCAGCAGCCCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GGCGTTGGCCCCTGGCTGGGTGGTCATCCCGCCGGGCTCGGTGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105175 GGCGTTGGCCCCTGGCTGGGTGGTCATCCCGCCGGGCTCGGTGCTGCTCA

   1600     .    :    .
   1556 AACCGGCTGTGGTGAAC
        |||||||||||||||||
 105225 AACCGGCTGTGGTGAAC