seq1 = pF1KB9741.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KB9741/gi568815578f_45208139.tfa (gi568815578f:45208139_45416956), 208818 bp

>pF1KB9741 1551
>gi568815578f:45208139_45416956 (Chr20)

1-22  (98785-98806)   100% ->
23-131  (100005-100113)   100% ->
132-257  (101429-101554)   100% ->
258-328  (103451-103521)   100% ->
329-444  (103701-103816)   100% ->
445-619  (104083-104257)   100% ->
620-757  (105330-105467)   100% ->
758-867  (105897-106006)   100% ->
868-1020  (106275-106427)   100% ->
1021-1176  (108049-108204)   100% ->
1177-1280  (108339-108442)   100% ->
1281-1551  (108548-108818)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCCGCAGGGGCAGCAG         ACCCCTCAGTGCCTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  98785 ATGGACCCCGCAGGGGCAGCAGGTG...CAGACCCCTCAGTGCCTCCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCCTTTGACTCACCTGAGCCTGCAGGACAGATCAGAGATGCAGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 TCCTTTGACTCACCTGAGCCTGCAGGACAGATCAGAGATGCAGCTGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGAAGCCGACAGGCGGAGCCTCCCGGGCACTTGGACCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100074 GCGAAGCCGACAGGCGGAGCCTCCCGGGCACTTGGACCAGGTA...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCATCCCCAGAGCACACCACCATTCTGAGGGGAGGCGTGCGCAGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101430 TCATCCCCAGAGCACACCACCATTCTGAGGGGAGGCGTGCGCAGGTGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAGCAACAGTGTGAACAGACTGTGCGGATCCTGCATGCCAAGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 GCAGCAACAGTGTGAACAGACTGTGCGGATCCTGCATGCCAAGGTGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAATCATACGGAAATGAGAAGCG         GTTCTTCTGCCCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101530 AGAAATCATACGGAAATGAGAAGCGGTA...CAGGTTCTTCTGCCCCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCCTGTGTCTACCTCTCGGGGCCTGGCTGGAGGGTGAAGCCAGGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103467 CCCTGTGTCTACCTCTCGGGGCCTGGCTGGAGGGTGAAGCCAGGGCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAAG         CTCACCAGGCGGGGGAAACGGGGCCCACGGTCTGCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103517 TCAAGGTG...CAGCTCACCAGGCGGGGGAAACGGGGCCCACGGTCTGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTTACATGGGACTGGACAGCGCGTCCGGCAGCGCCACTGAGACGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103737 GTTACATGGGACTGGACAGCGCGTCCGGCAGCGCCACTGAGACGCAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGAATTTCGAGCAGCAGCCGGACTCCAGG         GAATTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103787 CTGAATTTCGAGCAGCAGCCGGACTCCAGGGTG...TAGGAATTCGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CGCCAAGACCCTGTACATCTCAGATGCAGACAAGAGGAAGCACTTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104094 CGCCAAGACCCTGTACATCTCAGATGCAGACAAGAGGAAGCACTTTCGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGTGCTGCGGCTGGTGCTGCGCGGGGGCCGGGAGCTGGGTACCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104144 TGGTGCTGCGGCTGGTGCTGCGCGGGGGCCGGGAGCTGGGTACCTTCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCCGCCTTATCAAGGTCATCTCGAAGCCCTCGCAGAAGAAGCAGTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104194 AGCCGCCTTATCAAGGTCATCTCGAAGCCCTCGCAGAAGAAGCAGTCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAAAACACCGATC         TGTGCATATCCTCCGGCTCAAAGGTCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104244 GAAAAACACCGATCGTG...CAGTGTGCATATCCTCCGGCTCAAAGGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCTCTTCAACCGCCTGCGCTCTCAGACGGTCTCCACACGCTACCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105357 CCCTCTTCAACCGCCTGCGCTCTCAGACGGTCTCCACACGCTACCTCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGAGGATGGGGCCTTTGTGGCCAGTGCACGACAGTGGGCTGCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105407 GTGGAGGATGGGGCCTTTGTGGCCAGTGCACGACAGTGGGCTGCCTTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTCCACCTGG         CTGATGGGCACTCTGCCCAAGGAGACTTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105457 GCTCCACCTGGGTA...CAGCTGATGGGCACTCTGCCCAAGGAGACTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CACCGCGAGAGGGCTACGTTCGCTATGGCTCCCTGGTGCAGCTCGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105927 CACCGCGAGAGGGCTACGTTCGCTATGGCTCCCTGGTGCAGCTCGTCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACGGTCACCGGCATCACACTACCTCCCATG         ATCATCCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105977 ACGGTCACCGGCATCACACTACCTCCCATGGTA...CAGATCATCCGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTAGCAAAACAGTGTGCGCTCCTTGATGTGGATGAGCCCATCTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106286 AGTAGCAAAACAGTGTGCGCTCCTTGATGTGGATGAGCCCATCTCCCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCACAAGTGTGCATTCCAGTTTCCAGGCAGTCCCCCAGGAGGGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106336 TGCACAAGTGTGCATTCCAGTTTCCAGGCAGTCCCCCAGGAGGGGGTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCTACTTATGCCTTGCCACAGAGAAGGTGGTGCAATTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106386 ACCTACTTATGCCTTGCCACAGAGAAGGTGGTGCAATTTCAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021  GCCTCTCCCTGCCCCAAGGAGGCGAACAGGGCTCTGCTTAACGACAGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108048 GGCCTCTCCCTGCCCCAAGGAGGCGAACAGGGCTCTGCTTAACGACAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTTGCTGGACCATCATCGGCACCGAGTCGGTGGAATTTTCCTTCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108098 CTTGCTGGACCATCATCGGCACCGAGTCGGTGGAATTTTCCTTCAGCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCCTGGCGTGTACCCTGGAGCCGGTCACTCCGGTGCCTCTCATCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108148 AGCCTGGCGTGTACCCTGGAGCCGGTCACTCCGGTGCCTCTCATCAGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTAGAG         CTGAGCGGCGGGGGCGACGTGGCCACGCTGGAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108198 CCTAGAGGTG...CAGCTGAGCGGCGGGGGCGACGTGGCCACGCTGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCACGGAGAGAACTTCCACGCGGGGCTCAAGGTGTGGTTTGGGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108373 TCCACGGAGAGAACTTCCACGCGGGGCTCAAGGTGTGGTTTGGGGACGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGCAGAAACCATGTACAG         GAGCCCGCGGTCCCTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108423 GAGGCAGAAACCATGTACAGGTA...CAGGAGCCCGCGGTCCCTGGTGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGTGGTGCCGGACGTGGCGGCCTTCTGCAGCGACTGGCGCTGGCTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108569 CGTGGTGCCGGACGTGGCGGCCTTCTGCAGCGACTGGCGCTGGCTGCGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTCCCATCACAATCCCCATGAGCCTGGTGCGCGCCGACGGGCTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108619 CTCCCATCACAATCCCCATGAGCCTGGTGCGCGCCGACGGGCTCTTCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCTAGTGCCTTCTCCTTCACCTACACCCCGGAATACAGCGTGCGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108669 CCTAGTGCCTTCTCCTTCACCTACACCCCGGAATACAGCGTGCGGCCGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCACCCCGGCGTCCCCGAGCCCGCCACCGACGCCGACGCGCTCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108719 TCACCCCGGCGTCCCCGAGCCCGCCACCGACGCCGACGCGCTCCTGGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCATCCATCAGGAGTTCACGCGCACCAACTTCCACCTCTTCATCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108769 GCATCCATCAGGAGTTCACGCGCACCAACTTCCACCTCTTCATCCAGACT