seq1 = pF1KB9730.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB9730/gi568815583r_52657558.tfa (gi568815583r:52657558_52889884), 232327 bp

>pF1KB9730 1395
>gi568815583r:52657558_52889884 (Chr15)

(complement)

1-1105  (100001-101105)   99% ->
1106-1395  (132038-132327)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGCGCAGCTGACCATGGAAGCGATCGGCGAGCTGCACGGGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGCGCAGCTGACCATGGAAGCGATCGGCGAGCTGCACGGGGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATGAGCCGGTGCCCGCCCCTGCCGACCTGCTGGGCGGCAGCCCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCATGAGCCGGTGCCCGCCCCTGCCGACCTGCTGGGCGGCAGCCCCCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCGCAGCTCCGTGGCGCACCGCGGCAGCCACCTGCCCCCCGCGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCGCAGCTCCGTGGCGCACCGCGGCAGCCACCTGCCCCCCGCGCACCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTCCATGGGCATGGCGTCCCTGCTGGACGGCGGCAGCGGCGGCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTCCATGGGCATGGCGTCCCTGCTGGACGGCGGCAGCGGCGGCGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTACCACCACCACCACCGGGCCCCTGAGCACAGCCTGGCCGGCCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTACCACCACCACCACCGGGCCCCTGAGCACAGCCTGGCCGGCCCCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCCCACCATGACCATGGCCTGCGAGACTCCGCCAGGTATGAGCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100251 ATCCCACCATGACCATGGCCTGCGAGACTCCCCCAGGTATGAGCATGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCACCTACACCACCTTGACCCCTCTGCAGCCGCTGCCTCCCATCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCACCTACACCACCTTGACCCCTCTGCAGCCGCTGCCTCCCATCTCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTCTCGGACAAGTTCCCCCACCATCACCACCACCACCATCACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTCTCGGACAAGTTCCCCCACCATCACCACCACCACCATCACCACCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCCGCACCACCACCAGCGCCTGGCGGGCAACGTGAGCGGTAGCTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCCGCACCACCACCAGCGCCTGGCGGGCAACGTGAGCGGTAGCTTCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCATGCGGGATGAGCGCGGGCTGGCCTCCATGAATAACCTCTATACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCATGCGGGATGAGCGCGGGCTGGCCTCCATGAATAACCTCTATACCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACCACAAGGACGTGGCCGGCATGGGCCAGAGCCTCTCGCCCCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTACCACAAGGACGTGGCCGGCATGGGCCAGAGCCTCTCGCCCCTCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTCCGGTCTGGGCAGCATCCACAACTCCCAGCAAGGGCTCCCCCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTCCGGTCTGGGCAGCATCCACAACTCCCAGCAAGGGCTCCCCCACTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCCACCCGGGGGCCGCCATGCCCACCGACAAGATGCTCACCCCCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCCACCCGGGGGCCGCCATGCCCACCGACAAGATGCTCACCCCCAACGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCGAAGCCCACCACCCGGCCATGCTCGGCCGCCACGGGGAGCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTCGAAGCCCACCACCCGGCCATGCTCGGCCGCCACGGGGAGCAGCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCACGCCCACCTCGGCCGGCATGGTGCCCATCAACGGCCTTCCTCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCACGCCCACCTCGGCCGGCATGGTGCCCATCAACGGCCTTCCTCCGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CATCCCCACGCCCACCTGAACGCCCAGGGCCACGGGCAACTCCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CATCCCCACGCCCACCTGAACGCCCAGGGCCACGGGCAACTCCTGGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGCCCGGGAGCCCAACCCTTCGGTGACCGGCGCGCAGGTCAGCAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGCCCGGGAGCCCAACCCTTCGGTGACCGGCGCGCAGGTCAGCAATGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTAATTCAGGGCAGATGGAAGAGATCAATACCAAAGAGGTGGCGCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTAATTCAGGGCAGATGGAAGAGATCAATACCAAAGAGGTGGCGCAGCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCACCACCGAGCTCAAGCGCTACAGCATCCCACAGGCCATCTTCGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCACCACCGAGCTCAAGCGCTACAGCATCCCACAGGCCATCTTCGCGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAGGGTGCTCTGCCGCTCCCAGGGGACCCTCTCGGACCTGCTGCGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAGGGTGCTCTGCCGCTCCCAGGGGACCCTCTCGGACCTGCTGCGCAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCAAACCCTGGAGCAAACTCAAATCCGGCCGGGAGACCTTCCGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCAAACCCTGGAGCAAACTCAAATCCGGCCGGGAGACCTTCCGGAGGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGGAAGTGGCTGCAGGAGCCGGAGTTCCAGCGCATGTCCGCGCTCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGGAAGTGGCTGCAGGAGCCGGAGTTCCAGCGCATGTCCGCGCTCCGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGCAG         CATGCAAAAGGAAAGAACAAGAACATGGGAAGGATA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGCAGGTG...CAGCATGCAAAAGGAAAGAACAAGAACATGGGAAGGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GAGGCAACACACCCAAAAAGCCCAGGTTGGTCTTCACAGATGTCCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132074 GAGGCAACACACCCAAAAAGCCCAGGTTGGTCTTCACAGATGTCCAGCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CGAACTCTACATGCAATATTCAAGGAAAATAAGCGTCCATCCAAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132124 CGAACTCTACATGCAATATTCAAGGAAAATAAGCGTCCATCCAAAGAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCAAATCACCATTTCCCAGCAGCTGGGGTTGGAGCTGAGCACTGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132174 GCAAATCACCATTTCCCAGCAGCTGGGGTTGGAGCTGAGCACTGTCAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ACTTCTTCATGAACGCAAGAAGGAGGAGTCTGGACAAGTGGCAGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132224 ACTTCTTCATGAACGCAAGAAGGAGGAGTCTGGACAAGTGGCAGGACGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GGCAGCTCCAATTCAGGCAACTCATCTTCTTCATCAAGCACTTGTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132274 GGCAGCTCCAATTCAGGCAACTCATCTTCTTCATCAAGCACTTGTACCAA

   1400 
   1392 AGCA
        ||||
 132324 AGCA