seq1 = pF1KB9704.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KB9704/gi568815596f_44842105.tfa (gi568815596f:44842105_45044757), 202653 bp

>pF1KB9704 996
>gi568815596f:44842105_45044757 (Chr2)

1-806  (100001-100806)   99% ->
807-996  (102464-102653)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTATTCCGCTCCCCCCTAGACCTCTATTCCTCCCACTTCTTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTATTCCGCTCCCCCCTAGACCTCTATTCCTCCCACTTCTTGTTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACTTCGCCGATTCTCACCACCGCTCCATACTTCTGGCGAGTAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACTTCGCCGATTCTCACCACCGCTCCATACTTCTGGCGAGTAGCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGGAACGGTGCGGGAGGCGGCGGCGGCGCGGGAGGCGGCAGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGGAACGGTGCGGGAGGCGGCGGCGGCGCGGGAGGCGGCAGCGGCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGAACGGTGCGGGAGGCGGCGGTGCTGGCGGAGCAGGCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGAACGGTGCGGGAGGCGGCGGTGCTGGCGGAGCAGGCGGCGGCGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCGGCTCCAGGGCCCCCCCGGAAGAGTTGTCCATGTTCCAGCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCGGCTCCAGGGCCCCCCCGGAAGAGTTGTCCATGTTCCAGCTGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCTCAACTTCTCGCCGGAGCAGGTGGCCAGCGTCTGTGAGACGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCTCAACTTCTCGCCGGAGCAGGTGGCCAGCGTCTGTGAGACGCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGACGGGCGACATCGAGCGGCTGGGCCGCTTCCTCTGGTCGCTGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGACGGGCGACATCGAGCGGCTGGGCCGCTTCCTCTGGTCGCTGCCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCCCCGGGGCGTGCGAGGCCATCAACAAACACGAGTCGATCCTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCCCCGGGGCGTGCGAGGCCATCAACAAACACGAGTCGATCCTGCGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCGCGCCGTGGTCGCCTTCCACACGGGCAACTTCCGCGACCTCTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCGCGCCGTGGTCGCCTTCCACACGGGCAACTTCCGCGACCTCTACCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCCTTGAGAACCACAAGTTCACCAAGGAGTCTCACGGCAAGCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCCTTGAGAACCACAAGTTCACCAAGGAGTCTCACGGCAAGCTGCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGTGGCTCGAGGCGCACTACCAGGAGGCCGAGAAGCTGCGCGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATGTGGCTCGAGGCGCACTACCAGGAGGCCGAGAAGCTGCGCGGCCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACTCGGCCCGGTGGACAAGTACCGCGTGCGCAAGAAGTTCCCGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACTCGGCCCGGTGGACAAGTACCGCGTGCGCAAGAAGTTCCCGCTGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCACCATCTGGGACGGCGAGCAGAAGACGCATTGCTTCAAGGAGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCACCATCTGGGACGGCGAGCAGAAGACGCATTGCTTCAAGGAGCGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCGGAGCCTGTTGCGGGAGTGGTACCTACAGGACCCCTACCCCAACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCGGAGCCTGTTGCGGGAGTGGTACCTACAGGACCCCTACCCCAACCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAAGAAATGCGAACTGGCGCAGGCCACCGGCCTCACCCCCACACAAGTA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100701 GCAAGAAACGCGAACTGGCGCAGGCCACCGGCCTCACTCCCACACAAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCAACTGGTTTAAGAACCGGCGGCAGCGCGACCGCGCCGCGGCGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCAACTGGTTTAAGAACCGGCGGCAGCGCGACCGCGCCGCGGCGGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAACAG         GCTCCAGCACCAGGCCATTGGACCGAGCGGCATGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAACAGGTT...CAGGCTCCAGCACCAGGCCATTGGACCGAGCGGCATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTCGCTGGCCGAGCCCGGCTGCCCCACGCACGGCTCGGCAGAGTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102499 GCTCGCTGGCCGAGCCCGGCTGCCCCACGCACGGCTCGGCAGAGTCGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCCACGGCGGCCAGCCCGACCACCAGCGTGTCCAGCCTGACGGAGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102549 TCCACGGCGGCCAGCCCGACCACCAGCGTGTCCAGCCTGACGGAGCGCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGACACCGGCACCTCCATCCTCTCGGTAACCTCCAGCGACTCGGAATGTG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102599 AGACACCGGCACCTCCATCCTCTCGGTAACCTCCAGCGACTCGGAATGTG

   1000     .
    992 ATGTA
        |||||
 102649 ATGTA