seq1 = pF1KB9702.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KB9702/gi568815589f_132482798.tfa (gi568815589f:132482798_132689519), 206722 bp

>pF1KB9702 981
>gi568815589f:132482798_132689519 (Chr9)

1-466  (100001-100466)   100% ->
467-689  (104532-104754)   100% ->
690-981  (106431-106722)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGCTCCAATGGCTTTGGGATCGACTCCATTCTCTCCCACCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGCTCCAATGGCTTTGGGATCGACTCCATTCTCTCCCACCGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCAGCCCCGCCCTTCCCAAGGGGGACCCCTTGCTCGGGGACTGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCAGCCCCGCCCTTCCCAAGGGGGACCCCTTGCTCGGGGACTGCCGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCCCTGGAGCTGAGTCCACGCTCAGAGAGCAGCAGCGACTGCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCCCTGGAGCTGAGTCCACGCTCAGAGAGCAGCAGCGACTGCTCTTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGCCTCTCCAGGAAGGGACTGTTTGGAGACGGGGACCCCACGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGCCTCTCCAGGAAGGGACTGTTTGGAGACGGGGACCCCACGGCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGGGCATCCGGCCCAGGTTTGGACTCCCACCTGCAGCCCGGGCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGGGCATCCGGCCCAGGTTTGGACTCCCACCTGCAGCCCGGGCAGCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCCCCGGCCCAGTCGCGCACCGTCACCTCCTCCTTTCTGATCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGCCCCGGCCCAGTCGCGCACCGTCACCTCCTCCTTTCTGATCAGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCTTGCCGACTGCAAACCACTCGCGGCCTGTGCACCCTACTCTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCTTGCCGACTGCAAACCACTCGCGGCCTGTGCACCCTACTCTAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGCAGCCGGCAGCCCCTGAGCCTGGGGGCCGCCTTGCGGCCAAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGGCAGCCGGCAGCCCCTGAGCCTGGGGGCCGCCTTGCGGCCAAGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGAGGACTTTAGAGACAAGCTGGACAAAAGTGGCAGCAACGCCTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGAGGACTTTAGAGACAAGCTGGACAAAAGTGGCAGCAACGCCTCATCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACTCTGAGTATAAAG         TGAAGGAGGAGGGCGACCGCGAGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100451 GACTCTGAGTATAAAGGTA...CAGTGAAGGAGGAGGGCGACCGCGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCCAGCTCCAGGGACAGTCCCCCGGTGCGCCTGAAAAAGCCACGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104557 CTCCAGCTCCAGGGACAGTCCCCCGGTGCGCCTGAAAAAGCCACGCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGCGCACGGCCTTCACCGACCATCAGCTGGCGCAGCTGGAGCGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104607 CGCGCACGGCCTTCACCGACCATCAGCTGGCGCAGCTGGAGCGCAGCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGCGGCAGAAGTACCTGAGCGTGCAGGACCGCATGGAGCTCGCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104657 GAGCGGCAGAAGTACCTGAGCGTGCAGGACCGCATGGAGCTCGCCGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCTCAACCTCACCGACACGCAGGTCAAGACCTGGTACCAGAACCGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104707 GCTCAACCTCACCGACACGCAGGTCAAGACCTGGTACCAGAACCGCAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690        GACTAAATGGAAGCGACAGACGGCCGTCGGGTTGGAGCTGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104757 G...CAGGACTAAATGGAAGCGACAGACGGCCGTCGGGTTGGAGCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCGGAGGCAGGCAATTACTCAGCGCTCCAGCGGATGTTCCCGTCGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106474 GCGGAGGCAGGCAATTACTCAGCGCTCCAGCGGATGTTCCCGTCGCCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTTCTACCCGCAGAGTCTGGTTTCCAACCTGGACCCCGGCGCGGCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106524 TTTCTACCCGCAGAGTCTGGTTTCCAACCTGGACCCCGGCGCGGCGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACCTGTACCGCGGCCCCAGCGCGCCGCCGCCTGCTCTCCAGAGACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106574 ACCTGTACCGCGGCCCCAGCGCGCCGCCGCCTGCTCTCCAGAGACCTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTGCCCCGCATCCTCATCCACGGACTCCAGGGCGCCAGCGAGCCGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106624 GTGCCCCGCATCCTCATCCACGGACTCCAGGGCGCCAGCGAGCCGCCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    933 GCCGCTGCCCCCCCTGGCCGGCGTCCTCCCACGCGCCGCGCAGCCTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106674 GCCGCTGCCCCCCCTGGCCGGCGTCCTCCCACGCGCCGCGCAGCCTCGG