seq1 = pF1KB9700.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KB9700/gi568815582f_3213076.tfa (gi568815582f:3213076_3417866), 204791 bp

>pF1KB9700 888
>gi568815582f:3213076_3417866 (Chr16)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-211  (103837-103947)   100% ->
212-888  (104115-104791)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTTTTCCCAGGAAGAATGGGAGTTATTGGATCCCACTCAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATTTTTCCCAGGAAGAATGGGAGTTATTGGATCCCACTCAGAAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCTACAATGATGTAATGCAGGAAAACTATGAGACTGTCATCTCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCTACAATGATGTAATGCAGGAAAACTATGAGACTGTCATCTCTCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          CATTGTTTGTGCTCCCCAAACCTAAAGTGATCTCCTGTCTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGCATTGTTTGTGCTCCCCAAACCTAAAGTGATCTCCTGTCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCAAGGGGAAGAGCCATGGGTTCAAGTATCCCCGGAGTTTAAGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103878 GAGCAAGGGGAAGAGCCATGGGTTCAAGTATCCCCGGAGTTTAAGGATAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCGGAAAATCTCCTACAG         GGTTAAAGCTCAAAAACGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103928 TGCCGGAAAATCTCCTACAGGTA...CAGGGTTAAAGCTCAAAAACGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAAAATCATCAGCCTGTGTCTCTTTCTGACTTAGAAATACAAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104136 CTGAAAATCATCAGCCTGTGTCTCTTTCTGACTTAGAAATACAAGCATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGCGTCATATCAAAAAAGGCCAAAGTAAAAGTTCCCCAGAAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104186 GCAGGCGTCATATCAAAAAAGGCCAAAGTAAAAGTTCCCCAGAAAACAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGCAAAGAAAATCATTTTGATATGCACAGAGTGGGAAAATGGCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104236 AGGCAAAGAAAATCATTTTGATATGCACAGAGTGGGAAAATGGCACCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTTCCAGTGAAGAAAAGAAAGAAACTTTCAACCTGGAAACAAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104286 ATTTTCCAGTGAAGAAAAGAAAGAAACTTTCAACCTGGAAACAAGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCAAACTTATGGATCGTCACAAGAAAGATTGTGCAAGAGAGAAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104336 CTCAAACTTATGGATCGTCACAAGAAAGATTGTGCAAGAGAGAAGCCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAAATGTCAGGAATGTGGGAAAACCTTCAGAGTTAGCTCTGACCTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104386 TAAATGTCAGGAATGTGGGAAAACCTTCAGAGTTAGCTCTGACCTTATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCACCAAAGAATTCACACTGAAGAGAAACCCTATAAATGTCAACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104436 AGCACCAAAGAATTCACACTGAAGAGAAACCCTATAAATGTCAACAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATAAGAGGTTTAGATGGAGTTCAGATCTTAATAAGCACTTAACAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104486 GATAAGAGGTTTAGATGGAGTTCAGATCTTAATAAGCACTTAACAACACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAAGGAATAAAACCATATAAATGTTCATGGTGTGGGAAAAGCTTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104536 CCAAGGAATAAAACCATATAAATGTTCATGGTGTGGGAAAAGCTTCAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAAATACAAATTTACATACACACCAAAGAACTCATACAGGAGAAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104586 AAAATACAAATTTACATACACACCAAAGAACTCATACAGGAGAAAAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTCACATGTCATGAATGTGGAAAAAAATTCAGTCAGAACTCCCACCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104636 TTCACATGTCATGAATGTGGAAAAAAATTCAGTCAGAACTCCCACCTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAAACACCGGAGAACCCACACAGGTGAGCAGCCATATACTTGTAGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104686 TAAACACCGGAGAACCCACACAGGTGAGCAGCCATATACTTGTAGCATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCAGGAGAAACTTCAGCAGGCGGTCAAGCCTTCTTAGACACCAGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104736 GCAGGAGAAACTTCAGCAGGCGGTCAAGCCTTCTTAGACACCAGAAACTC

    900     .
    883 CACCTG
        ||||||
 104786 CACCTG