seq1 = pF1KB9685.tfa, 585 bp
seq2 = pF1KB9685/gi568815579f_20004238.tfa (gi568815579f:20004238_20218139), 213902 bp

>pF1KB9685 585
>gi568815579f:20004238_20218139 (Chr19)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-226  (100984-101079)   100% ->
227-585  (113544-113902)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCATTGGAATTTAGAGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGACCATTGGAATTTAGAGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGCATTGCCTGGACACTGCACAGCAGAATTTATATAGGGATGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGCATTGCCTGGACACTGCACAGCAGAATTTATATAGGGATGTGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAGAACTACAGACACCTGGTCTTCCTTG         GTATTGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 TAGAGAACTACAGACACCTGGTCTTCCTTGGTG...CAGGTATTGTTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTAAGCCAGACCTGATCACCTGTCTGGAGCAAGGAAAAAAACCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100995 ACTAAGCCAGACCTGATCACCTGTCTGGAGCAAGGAAAAAAACCCTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGAAGAGACATGAGATGATTGCCAAATCCCCAG         TTATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101045 TGTGAAGAGACATGAGATGATTGCCAAATCCCCAGGTA...CAGTTATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTTTCATTTTGCCCAAGACCTTTGTCCAGAGCAGAGCCTAAAAGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113550 GTTTTCATTTTGCCCAAGACCTTTGTCCAGAGCAGAGCCTAAAAGATTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCAAAAAGTGATAGTGACAAGATATGAAAAACGTGAATATGGCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113600 TTCCAAAAAGTGATAGTGACAAGATATGAAAAACGTGAATATGGCAATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAGTTAAAAAAAGGTTGTGAAAGTGTGGATGAGGGTAAAGTACACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113650 AGAGTTAAAAAAAGGTTGTGAAAGTGTGGATGAGGGTAAAGTACACAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGGTTATAATGGACTTAACCAATGTTTGACAGCTACCCAGAGCAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113700 GAGGTTATAATGGACTTAACCAATGTTTGACAGCTACCCAGAGCAAAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTCAATGTGATACATATGTGAAAGTCTCTCATATATTTTCAAATTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113750 TTTCAATGTGATACATATGTGAAAGTCTCTCATATATTTTCAAATTCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGACATAAGATAAGAGATACTGGAAAAAAACCTTTCAAATGTATAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113800 CAGACATAAGATAAGAGATACTGGAAAAAAACCTTTCAAATGTATAGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTGGCAAAGCTTTCAACCAGTCCTCAACCCTTGCTACACATAAGAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113850 GTGGCAAAGCTTTCAACCAGTCCTCAACCCTTGCTACACATAAGAAAATT

    600 
    583 CAT
        |||
 113900 CAT