seq1 = pF1KB9658.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KB9658/gi568815578r_40587882.tfa (gi568815578r:40587882_40788850), 200969 bp

>pF1KB9658 969
>gi568815578r:40587882_40788850 (Chr20)

(complement)

1-969  (100001-100969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGGAGCTGAGCATGGGGCCAGAGCTGCCCACCAGCCCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGGAGCTGAGCATGGGGCCAGAGCTGCCCACCAGCCCGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGAGTATGTCAACGACTTCGACCTGCTCAAGTTCGACGTGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGAGTATGTCAACGACTTCGACCTGCTCAAGTTCGACGTGAAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCACTGGGGCGCGCGGAGCGTCCGGGCAGGCCCTGCACACGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCACTGGGGCGCGCGGAGCGTCCGGGCAGGCCCTGCACACGCCTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGCCGGCTCGGTGTCCTCCACACCGCTCAGCACTCCGTGTAGCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGCCGGCTCGGTGTCCTCCACACCGCTCAGCACTCCGTGTAGCTCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCTCGTCGCCCAGCTTCAGCCCGACCGAACAGAAGACACACCTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCTCGTCGCCCAGCTTCAGCCCGACCGAACAGAAGACACACCTCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCTGTACTGGATGGCGAGCAACTACCAGCAGATGAACCCCGAGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATCTGTACTGGATGGCGAGCAACTACCAGCAGATGAACCCCGAGGCGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCTGACGCCCGAGGACGCGGTGGAAGCGCTCATCGGCTCGCACCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCTGACGCCCGAGGACGCGGTGGAAGCGCTCATCGGCTCGCACCCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCACAGCCGCTGCAAAGCTTCGACAGCTTTCGCGGCGCTCACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCACAGCCGCTGCAAAGCTTCGACAGCTTTCGCGGCGCTCACCACCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCATCACCACCACCCTCACCCGCACCACGCGTACCCGGGCGCCGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCATCACCACCACCCTCACCCGCACCACGCGTACCCGGGCGCCGGCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCCACGACGAGCTGGGCCCGCACGCTCACCCGCACCATCACCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCCACGACGAGCTGGGCCCGCACGCTCACCCGCACCATCACCATCATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAAGCGTCGCCGCCGCCGTCCAGCGCCGCTAGCCCGGCGCAACAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCAAGCGTCGCCGCCGCCGTCCAGCGCCGCTAGCCCGGCGCAACAGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCACTAGCCACCCCGGGCCCGGGCCGCACGCGACGGCCTCGGCGACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCACTAGCCACCCCGGGCCCGGGCCGCACGCGACGGCCTCGGCGACGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGGGCGGCAACGGCAGCGTGGAGGACCGCTTCTCCGACGACCAGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGGGCGGCAACGGCAGCGTGGAGGACCGCTTCTCCGACGACCAGCTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTCCATGTCCGTGCGCGAGCTGAACCGCCACCTGCGGGGCTTCACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTCCATGTCCGTGCGCGAGCTGAACCGCCACCTGCGGGGCTTCACCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGAGGTGATCCGCCTGAAGCAGAAGCGGCGGACCCTGAAGAACCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGAGGTGATCCGCCTGAAGCAGAAGCGGCGGACCCTGAAGAACCGGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACGCCCAGTCTTGCAGGTATAAACGCGTCCAGCAGAAGCACCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACGCCCAGTCTTGCAGGTATAAACGCGTCCAGCAGAAGCACCACCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAATGAGAAGACGCAGCTCATTCAGCAGGTGGAGCAGCTTAAGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAATGAGAAGACGCAGCTCATTCAGCAGGTGGAGCAGCTTAAGCAGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTCCCGGCTGGCCCGCGAGAGAGACGCCTACAAGGTCAAGTGCGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTCCCGGCTGGCCCGCGAGAGAGACGCCTACAAGGTCAAGTGCGAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCGCCAACTCCGGCTTCAGGGAGGCGGGCTCCACCAGCGACAGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCGCCAACTCCGGCTTCAGGGAGGCGGGCTCCACCAGCGACAGCCCCTC

    950     .    :    .
    951 CTCTCCCGAGTTCTTTCTG
        |||||||||||||||||||
 100951 CTCTCCCGAGTTCTTTCTG