seq1 = pF1KB9652.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KB9652/gi568815595f_181612361.tfa (gi568815595f:181612361_181813311), 200951 bp

>pF1KB9652 951
>gi568815595f:181612361_181813311 (Chr3)

1-951  (100001-100951)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAACATGATGGAGACGGAGCTGAAGCCGCCGGGCCCGCAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAACATGATGGAGACGGAGCTGAAGCCGCCGGGCCCGCAGCAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCGGGGGGCGGCGGCGGCAACTCCACCGCGGCGGCGGCCGGCGGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCGGGGGGCGGCGGCGGCAACTCCACCGCGGCGGCGGCCGGCGGCAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAAAACAGCCCGGACCGCGTCAAGCGGCCCATGAATGCCTTCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAAAACAGCCCGGACCGCGTCAAGCGGCCCATGAATGCCTTCATGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGTCCCGCGGGCAGCGGCGCAAGATGGCCCAGGAGAACCCCAAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGTCCCGCGGGCAGCGGCGCAAGATGGCCCAGGAGAACCCCAAGATGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTCGGAGATCAGCAAGCGCCTGGGCGCCGAGTGGAAACTTTTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTCGGAGATCAGCAAGCGCCTGGGCGCCGAGTGGAAACTTTTGTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGACGGAGAAGCGGCCGTTCATCGACGAGGCTAAGCGGCTGCGAGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGACGGAGAAGCGGCCGTTCATCGACGAGGCTAAGCGGCTGCGAGCGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACATGAAGGAGCACCCGGATTATAAATACCGGCCCCGGCGGAAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACATGAAGGAGCACCCGGATTATAAATACCGGCCCCGGCGGAAAACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACGCTCATGAAGAAGGATAAGTACACGCTGCCCGGCGGGCTGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACGCTCATGAAGAAGGATAAGTACACGCTGCCCGGCGGGCTGCTGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGGCGGCAATAGCATGGCGAGCGGGGTCGGGGTGGGCGCCGGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGGCGGCAATAGCATGGCGAGCGGGGTCGGGGTGGGCGCCGGCCTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGGCGTGAACCAGCGCATGGACAGTTACGCGCACATGAACGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGGGCGTGAACCAGCGCATGGACAGTTACGCGCACATGAACGGCTGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACGGCAGCTACAGCATGATGCAGGACCAGCTGGGCTACCCGCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACGGCAGCTACAGCATGATGCAGGACCAGCTGGGCTACCCGCAGCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGGGCCTCAATGCGCACGGCGCAGCGCAGATGCAGCCCATGCACCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGGGCCTCAATGCGCACGGCGCAGCGCAGATGCAGCCCATGCACCGCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACGTGAGCGCCCTGCAGTACAACTCCATGACCAGCTCGCAGACCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACGTGAGCGCCCTGCAGTACAACTCCATGACCAGCTCGCAGACCTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAACGGCTCGCCCACCTACAGCATGTCCTACTCGCAGCAGGGCACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAACGGCTCGCCCACCTACAGCATGTCCTACTCGCAGCAGGGCACCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCATGGCTCTTGGCTCCATGGGTTCGGTGGTCAAGTCCGAGGCCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCATGGCTCTTGGCTCCATGGGTTCGGTGGTCAAGTCCGAGGCCAGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCCCCCCTGTGGTTACCTCTTCCTCCCACTCCAGGGCGCCCTGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCCCCCCTGTGGTTACCTCTTCCTCCCACTCCAGGGCGCCCTGCCAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGGGGACCTCCGGGACATGATCAGCATGTATCTCCCCGGCGCCGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGGGGACCTCCGGGACATGATCAGCATGTATCTCCCCGGCGCCGAGGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGAACCCGCCGCCCCCAGCAGACTTCACATGTCCCAGCACTACCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGAACCCGCCGCCCCCAGCAGACTTCACATGTCCCAGCACTACCAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGCCCGGTGCCCGGCACGGCCATTAACGGCACACTGCCCCTCTCACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGCCCGGTGCCCGGCACGGCCATTAACGGCACACTGCCCCTCTCACACAT

    950 
    951 G
        |
 100951 G