seq1 = pF1KB9649.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KB9649/gi568815596f_5592722.tfa (gi568815596f:5592722_5794044), 201323 bp

>pF1KB9649 1323
>gi568815596f:5592722_5794044 (Chr2)

1-1323  (100001-101323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGCAGGCGGAGAGCTTGGAAGCGGAGAGCAACCTGCCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAGCAGGCGGAGAGCTTGGAAGCGGAGAGCAACCTGCCCCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCTGGACACGGAGGAGGGCGAATTCATGGCTTGCAGCCCGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCTGGACACGGAGGAGGGCGAATTCATGGCTTGCAGCCCGGTGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACGAGAGCGACCCAGACTGGTGCAAGACGGCGTCGGGCCACATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACGAGAGCGACCCAGACTGGTGCAAGACGGCGTCGGGCCACATCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGCCGATGAACGCGTTCATGGTATGGTCCAAGATCGAACGCAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGCCGATGAACGCGTTCATGGTATGGTCCAAGATCGAACGCAGGAAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGAGCAGTCTCCGGACATGCACAACGCCGAGATCTCCAAGAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGGAGCAGTCTCCGGACATGCACAACGCCGAGATCTCCAAGAGGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAAGCGCTGGAAAATGCTGAAGGACAGCGAGAAGATCCCGTTCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAAGCGCTGGAAAATGCTGAAGGACAGCGAGAAGATCCCGTTCATCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGCGGAGCGGCTGCGGCTCAAGCACATGGCCGACTACCCCGACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGGCGGAGCGGCTGCGGCTCAAGCACATGGCCGACTACCCCGACTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTACCGGCCCCGGAAAAAGCCCAAAATGGACCCCTCGGCCAAGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTACCGGCCCCGGAAAAAGCCCAAAATGGACCCCTCGGCCAAGCCCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAGCCAGAGCCCAGAGAAGAGCGCGGCCGGCGGCGGCGGCGGGAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAGCCAGAGCCCAGAGAAGAGCGCGGCCGGCGGCGGCGGCGGGAGCGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCGGAGGCGCGGGCGGTGCCAAGACCTCCAAGGGCTCCAGCAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCGGAGGCGCGGGCGGTGCCAAGACCTCCAAGGGCTCCAGCAAGAAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGGCAAGCTCAAGGCCCCCGCGGCCGCGGGCGCCAAGGCGGGCGCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGGCAAGCTCAAGGCCCCCGCGGCCGCGGGCGCCAAGGCGGGCGCGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGCGGCCCAGTCCGGGGACTACGGGGGCGCGGGCGACGACTACGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGCGGCCCAGTCCGGGGACTACGGGGGCGCGGGCGACGACTACGTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCAGCCTGCGCGTGAGCGGCTCGGGCGGCGGCGGCGCGGGCAAGACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCAGCCTGCGCGTGAGCGGCTCGGGCGGCGGCGGCGCGGGCAAGACGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAAGTGCGTGTTTCTGGATGAGGACGACGACGACGACGACGACGACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAAGTGCGTGTTTCTGGATGAGGACGACGACGACGACGACGACGACGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCTGCAGCTGCAGATCAAACAGGAGCCGGACGAGGAGGACGAGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCTGCAGCTGCAGATCAAACAGGAGCCGGACGAGGAGGACGAGGAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCGCACCAGCAGCTCCTGCAGCCGCCGGGGCAGCAGCCGTCGCAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCGCACCAGCAGCTCCTGCAGCCGCCGGGGCAGCAGCCGTCGCAGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGACGCTACAACGTCGCCAAAGTGCCCGCCAGCCCTACGCTGAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAGACGCTACAACGTCGCCAAAGTGCCCGCCAGCCCTACGCTGAGCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGCGGAGTCCCCCGAGGGAGCGAGCCTCTACGACGAGGTGCGGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGCGGAGTCCCCCGAGGGAGCGAGCCTCTACGACGAGGTGCGGGCCGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCGACCTCGGGCGCCGGGGGCGGCAGCCGCCTCTACTACAGCTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCGACCTCGGGCGCCGGGGGCGGCAGCCGCCTCTACTACAGCTTCAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATCACCAAGCAGCACCCGCCGCCGCTCGCGCAGCCCGCGCTGTCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATCACCAAGCAGCACCCGCCGCCGCTCGCGCAGCCCGCGCTGTCGCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CGTCCTCGCGCTCGGTGTCCACCTCCTCGTCCAGCAGCAGCGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CGTCCTCGCGCTCGGTGTCCACCTCCTCGTCCAGCAGCAGCGGCAGCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGCGGCAGCAGCGGCGAGGACGCCGACGACCTGATGTTCGACCTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGCGGCAGCAGCGGCGAGGACGCCGACGACCTGATGTTCGACCTGAGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAATTTCTCTCAAAGCGCGCACAGCGCCAGCGAGCAGCAGCTGGGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GAATTTCTCTCAAAGCGCGCACAGCGCCAGCGAGCAGCAGCTGGGGGGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCGCGGCGGCCGGGAACCTGTCCCTGTCGCTGGTGGATAAGGATTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCGCGGCGGCCGGGAACCTGTCCCTGTCGCTGGTGGATAAGGATTTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCGTTCAGCGAGGGCAGCCTGGGCTCCCACTTCGAGTTCCCCGACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCGTTCAGCGAGGGCAGCCTGGGCTCCCACTTCGAGTTCCCCGACTACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CACGCCGGAGCTGAGCGAGATGATCGCGGGGGACTGGCTGGAGGCGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CACGCCGGAGCTGAGCGAGATGATCGCGGGGGACTGGCTGGAGGCGAACT

   1300     .    :    .    :
   1301 TCTCCGACCTGGTGTTCACATAT
        |||||||||||||||||||||||
 101301 TCTCCGACCTGGTGTTCACATAT