seq1 = pF1KB9646.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KB9646/gi568815574r_2686992.tfa (gi568815574r:2686992_2887603), 200612 bp

>pF1KB9646 612
>gi568815574r:2686992_2887603 (ChrY)

(complement)

1-612  (100001-100612)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAATCATATGCTTCTGCTATGTTAAGCGTATTCAACAGCGATGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAATCATATGCTTCTGCTATGTTAAGCGTATTCAACAGCGATGATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTCCAGCTGTGCAAGAGAATATTCCCGCTCTCCGGAGAAGCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTCCAGCTGTGCAAGAGAATATTCCCGCTCTCCGGAGAAGCTCTTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTTTGCACTGAAAGCTGTAACTCTAAGTATCAGTGTGAAACGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTTGCACTGAAAGCTGTAACTCTAAGTATCAGTGTGAAACGGGAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACAGTAAAGGCAACGTCCAGGATAGAGTGAAGCGACCCATGAACGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACAGTAAAGGCAACGTCCAGGATAGAGTGAAGCGACCCATGAACGCATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCGTGTGGTCTCGCGATCAGAGGCGCAAGATGGCTCTAGAGAATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCGTGTGGTCTCGCGATCAGAGGCGCAAGATGGCTCTAGAGAATCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAATGCGAAACTCAGAGATCAGCAAGCAGCTGGGATACCAGTGGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAATGCGAAACTCAGAGATCAGCAAGCAGCTGGGATACCAGTGGAAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTACTGAAGCCGAAAAATGGCCATTCTTCCAGGAGGCACAGAAATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTACTGAAGCCGAAAAATGGCCATTCTTCCAGGAGGCACAGAAATTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCATGCACAGAGAGAAATACCCGAATTATAAGTATCGACCTCGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCATGCACAGAGAGAAATACCCGAATTATAAGTATCGACCTCGTCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGCGAAGATGCTGCCGAAGAATTGCAGTTTGCTTCCCGCAGATCCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGCGAAGATGCTGCCGAAGAATTGCAGTTTGCTTCCCGCAGATCCCGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCGGTACTCTGCAGCGAAGTGCAACTGGACAACAGGTTGTACAGGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCGGTACTCTGCAGCGAAGTGCAACTGGACAACAGGTTGTACAGGGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGTACGAAAGCCACACACTCAAGAATGGAGCACCAGCTAGGCCACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGTACGAAAGCCACACACTCAAGAATGGAGCACCAGCTAGGCCACTTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCCCATCAACGCAGCCAGCTCACCGCAGCAACGGGACCGCTACAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCCCATCAACGCAGCCAGCTCACCGCAGCAACGGGACCGCTACAGCCAC

    600     .    :
    601 TGGACAAAGCTG
        ||||||||||||
 100601 TGGACAAAGCTG