seq1 = pF1KB9641.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KB9641/gi568815593f_140014182.tfa (gi568815593f:140014182_140215147), 200966 bp

>pF1KB9641 966
>gi568815593f:140014182_140215147 (Chr5)

1-966  (100001-100966)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACCGAGACAGCGGCAGCGAGCAGGGTGGTGCGGCGCTGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACCGAGACAGCGGCAGCGAGCAGGGTGGTGCGGCGCTGGGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGGCTCCCTGGGGCACCCCGGCTCGGGCTCAGGCTCCGGCGGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCGGCTCCCTGGGGCACCCCGGCTCGGGCTCAGGCTCCGGCGGGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGTGGCGGCGGGGGCGGCGGCGGCAGTGGCGGCGGCGGCGGCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGGTGGCGGCGGGGGCGGCGGCGGCAGTGGCGGCGGCGGCGGCGGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGGGGGGCTGCAGCACGAGACGCAGGAGCTGGCCTCCAAGCGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGGGGGGCTGCAGCACGAGACGCAGGAGCTGGCCTCCAAGCGGGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCCAGAACAAGCGCTTCTACCTGGACGTGAAGCAGAACGCCAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCCAGAACAAGCGCTTCTACCTGGACGTGAAGCAGAACGCCAAGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTCCTGAAGATCGCCGAGGTGGGCGCGGGCGGCAACAAGAGCCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTCCTGAAGATCGCCGAGGTGGGCGCGGGCGGCAACAAGAGCCGCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTCTCTCCATGTCAGTGGCCGTGGAGTTCCGCGACTACCTGGGCGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTCTCTCCATGTCAGTGGCCGTGGAGTTCCGCGACTACCTGGGCGACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCGAGCACTACGCGCAGCTGGGCCCCAGCCAGCCGCCGGACCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATCGAGCACTACGCGCAGCTGGGCCCCAGCCAGCCGCCGGACCTGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGCGCAGGACGAGCCGCGCCGGGCGCTCAAAAGCGAGTTCCTGGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGCGCAGGACGAGCCGCGCCGGGCGCTCAAAAGCGAGTTCCTGGTGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGAACCGCAAGTACTACATGGATCTCAAGGAGAACCAGCGCGGCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGAACCGCAAGTACTACATGGATCTCAAGGAGAACCAGCGCGGCCGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGCGCATCCGCCAGACGGTCAACCGGGGGCCTGGCCTGGGCTCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGCGCATCCGCCAGACGGTCAACCGGGGGCCTGGCCTGGGCTCCACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGGCCAGACCATTGCGCTGCCCGCGCAGGGGCTCATCGAGTTCCGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGGCCAGACCATTGCGCTGCCCGCGCAGGGGCTCATCGAGTTCCGTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTCTGGCCAAGCTCATCGACGACTACGGAGTGGAGGAGGAGCCGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTCTGGCCAAGCTCATCGACGACTACGGAGTGGAGGAGGAGCCGGCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGCCCGAGGGCACCTCCTTGACTGTGGACAACAAGCGCTTCTTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGCCCGAGGGCACCTCCTTGACTGTGGACAACAAGCGCTTCTTCTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGTGGGCTCCAACAAGTACGGCGTGTTTATGCGAGTGAGCGAGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGTGGGCTCCAACAAGTACGGCGTGTTTATGCGAGTGAGCGAGGTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCACCTATCGCAACTCCATCACCGTGCCCTACAAGGTGTGGGCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCACCTATCGCAACTCCATCACCGTGCCCTACAAGGTGTGGGCCAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGGACACACCTTCTGCAAGTACTCGGAGGAGATGAAGAAGATTCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGGACACACCTTCTGCAAGTACTCGGAGGAGATGAAGAAGATTCAAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCAGAGGGAGAAGCGGGCTGCCTGTGAGCAGCTTCACCAGCAGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGCAGAGGGAGAAGCGGGCTGCCTGTGAGCAGCTTCACCAGCAGCAACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGCAGCAGGAGGAGACCGCCGCTGCCACCCTGCTACTGCAGGGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGCAGCAGGAGGAGACCGCCGCTGCCACCCTGCTACTGCAGGGTGAGGA

    950     .    :    .
    951 AGAAGGGGAAGAAGAT
        ||||||||||||||||
 100951 AGAAGGGGAAGAAGAT