seq1 = pF1KB9634.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KB9634/gi568815586f_51954329.tfa (gi568815586f:51954329_52155303), 200975 bp

>pF1KB9634 975
>gi568815586f:51954329_52155303 (Chr12)

1-975  (100001-100975)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTGTATCCAAGCCCAATATGGGACACCAGCACCGAGTCCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCTGTATCCAAGCCCAATATGGGACACCAGCACCGAGTCCGGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTGACCACCTGGCAAGCGACCCCCTGACCCCTGAGTTCATCAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGTGACCACCTGGCAAGCGACCCCCTGACCCCTGAGTTCATCAAGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATGGACCTGGCCAGCCCCGAGGCAGCCCCCGCTGCCCCCACTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATGGACCTGGCCAGCCCCGAGGCAGCCCCCGCTGCCCCCACTGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAGCTTCAGCACCTTCATGGACGGCTACACAGGAGAGTTTGACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAGCTTCAGCACCTTCATGGACGGCTACACAGGAGAGTTTGACACCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTACCAGCTGCCAGGAACAGTCCAGCCATGCTCCTCAGCCTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTACCAGCTGCCAGGAACAGTCCAGCCATGCTCCTCAGCCTCCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCTCCTCCACATCCTCGTCCTCAGCCACCTCCCCTGCCTCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCTCCTCCACATCCTCGTCCTCAGCCACCTCCCCTGCCTCTGCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCAAGTTCGAGGACTTCCAGGTGTACGGCTGCTACCCCGGCCCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCAAGTTCGAGGACTTCCAGGTGTACGGCTGCTACCCCGGCCCCCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCCCAGTGGATGAGGCCCTGTCCTCCAGTGGCTCTGACTACTATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCCCAGTGGATGAGGCCCTGTCCTCCAGTGGCTCTGACTACTATGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCCCTGCTCGGCCCCGTCGCCCTCCACGCCCAGCTTCCAGCCGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCCCTGCTCGGCCCCGTCGCCCTCCACGCCCAGCTTCCAGCCGCCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTCTCCCTGGGATGGCTCCTTCGGCCACTTCTCGCCCAGCCAGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCTCTCCCTGGGATGGCTCCTTCGGCCACTTCTCGCCCAGCCAGACTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGAAGGCCTGCGGGCATGGACAGAGCAGCTGCCCAAAGCCTCTGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGAAGGCCTGCGGGCATGGACAGAGCAGCTGCCCAAAGCCTCTGGGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACAGCCTCCAGCCTTCTTTTCCTTCAGTCCTCCCACCGGCCCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACAGCCTCCAGCCTTCTTTTCCTTCAGTCCTCCCACCGGCCCCAGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCTGGCCCAGAGCCCCCTGAAGTTGTTCCCCTCACAGGCCACCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCCTGGCCCAGAGCCCCCTGAAGTTGTTCCCCTCACAGGCCACCCACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGGGGGAGGGAGAGAGCTATTCCATGCCTACGGCCTTCCCAGGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGGGGGAGGGAGAGAGCTATTCCATGCCTACGGCCTTCCCAGGTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACCCACCTCTCCACACCTTGAGGGCTCGGGGATACTGGATACACCCGTG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACCCACTTCTCCACACCTTGAGGGCTCGGGGATACTGGATACACCCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCTCAACCAAGGCCCGGAGCGGGGCCCCAGGTGGAAGTGAAGGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCTCAACCAAGGCCCGGAGCGGGGCCCCAGGTGGAAGTGAAGGCCGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCTGTGTGTGGGGACAACGCTTCATGCCAGCATTATGGTGTCCGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCTGTGTGTGGGGACAACGCTTCATGCCAGCATTATGGTGTCCGCACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTGAGGGCTGCAAGGGCTTCTTCAAGGTACCGCGCAGCCCCAGGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTGAGGGCTGCAAGGGCTTCTTCAAGGTACCGCGCAGCCCCAGGTGGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTTTTGTTGGAAATGGAGAGAGGCTGGCCTCATCCCATTGGGACCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTTTTGTTGGAAATGGAGAGAGGCTGGCCTCATCCCATTGGGACCTGTGG

    950     .    :    .    :    .
    951 TCTCCCCCTGGGTTCTCCTCCTAGC
        |||||||||||||||||||||||||
 100951 TCTCCCCCTGGGTTCTCCTCCTAGC