seq1 = pF1KB9628.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB9628/gi568815586f_54926440.tfa (gi568815586f:54926440_55127432), 200993 bp

>pF1KB9628 993
>gi568815586f:54926440_55127432 (Chr12)

1-993  (100001-100993)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAAAACTTTTGTAAAATCCAAGGAGATGGGAGAGCTAGTCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAAAACTTTTGTAAAATCCAAGGAGATGGGAGAGCTAGTCAACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCATCCTGGATGGATAAAGGTCTGGGCTCCCAAAATGAGGTGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCATCCTGGATGGATAAAGGTCTGGGCTCCCAAAATGAGGTGAAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGAGAGCAGACCAGGTACTTATGGGATGCTCAGCAGCTTAACTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGAGAGCAGACCAGGTACTTATGGGATGCTCAGCAGCTTAACTGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGACAGTATTGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGATGGGGAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGACAGTATTGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGATGGGGAGAAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAAGAGAAGGGGTCCCAAGAAAAAGAAGATGACCAAAGCTCGCCTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAAGAGAAGGGGTCCCAAGAAAAAGAAGATGACCAAAGCTCGCCTTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GATTCAGGGCTCGAAGAGTCAAGGCTAATGCCAGAGAACGGACCCGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GATTCAGGGCTCGAAGAGTCAAGGCTAATGCCAGAGAACGGACCCGGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATGGCCTGAATGACGCCCTGGATAACCTGAGGCGAGTCATGCCATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATGGCCTGAATGACGCCCTGGATAACCTGAGGCGAGTCATGCCATGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCTAAAACCCAAAAACTTTCCAAGATAGAGACTCTTAGACTGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCTAAAACCCAAAAACTTTCCAAGATAGAGACTCTTAGACTGGCCAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTATATTTGGGCTTTATCTGAAGTCCTGGAGACTGGCCAGACACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTATATTTGGGCTTTATCTGAAGTCCTGGAGACTGGCCAGACACCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGAAAGGCTTTGTGGAGATGCTGTGTAAAGGGCTCTCTCAGCCCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGAAAGGCTTTGTGGAGATGCTGTGTAAAGGGCTCTCTCAGCCCACAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACCTGGTGGCTGGATGTCTCCAACTGGGCCCTCAGTCTGTCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACCTGGTGGCTGGATGTCTCCAACTGGGCCCTCAGTCTGTCCTCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAAGCACGAGGATAAATCTCCTATTTGTGACTCTGCCATCTCTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAAGCACGAGGATAAATCTCCTATTTGTGACTCTGCCATCTCTGTCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACTTCAACTATCAGTCTCCGGGGCTTCCTAGCCCTCCTTATGGTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACTTCAACTATCAGTCTCCGGGGCTTCCTAGCCCTCCTTATGGTCATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGAAACACATCTCCTTCATCTCAAGCCCCAAGTATTCAAGAGTTTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGAAACACATCTCCTTCATCTCAAGCCCCAAGTATTCAAGAGTTTGGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AATCGTCCTTTGGGAGCCATCTGCCTGACTGCAGTACACCCCCTTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AATCGTCCTTTGGGAGCCATCTGCCTGACTGCAGTACACCCCCTTATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCCCACTCACTCCACCCCTGAGCATCAGTGGGAACTTCTCCTTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCCCACTCACTCCACCCCTGAGCATCAGTGGGAACTTCTCCTTGAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATGGGTCTCCTGACCTAGAAAAATCCTACAGCTTCATGCCACATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATGGGTCTCCTGACCTAGAAAAATCCTACAGCTTCATGCCACATTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTCTTCAAGTCTAAGCTCAGGGCATGTGCATTCAACTCCTTTTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTCTTCAAGTCTAAGCTCAGGGCATGTGCATTCAACTCCTTTTCAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGTACCCCCCGTTACGATGTTCCTATAGACATGTCCTATGATTCCTACCC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGTACCCCCCGTTATGATGTTCCTATAGACATGTCCTATGATTCCTACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCATCATGGTATTGGGACCCAACTCAATACAGTCTTCACTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCATCATGGTATTGGGACCCAACTCAATACAGTCTTCACTGAG