seq1 = pF1KB9606.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KB9606/gi568815581f_45049191.tfa (gi568815581f:45049191_45250267), 201077 bp

>pF1KB9606 1077
>gi568815581f:45049191_45250267 (Chr17)

1-1077  (100001-101077)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGCCATTCTTGTCAGAATATCAACACCAGCCTCAAACTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGCCATTCTTGTCAGAATATCAACACCAGCCTCAAACTAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTACAGGTGCTGCTGCTGTCCAGGAAGAGCTGAACCCTGAGCGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTACAGGTGCTGCTGCTGTCCAGGAAGAGCTGAACCCTGAGCGCCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGCGCGGAGGAGCGGGTGCCCGAGGAGGACAGTAGGTGGCAATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGCGCGGAGGAGCGGGTGCCCGAGGAGGACAGTAGGTGGCAATCGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGTTCCCCCAGTTGGGTGGCCGTCCGGGGCCGGAGGGGGAAGGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGTTCCCCCAGTTGGGTGGCCGTCCGGGGCCGGAGGGGGAAGGGAGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAATCCCAACCACCTCCCTTGCAGACCCAGGCCTGTCCAGAATCTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAATCCCAACCACCTCCCTTGCAGACCCAGGCCTGTCCAGAATCTAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGAGAGAGGGCGAGAAGGGCCAGAATGGGGACGACTCGTCCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTGAGAGAGGGCGAGAAGGGCCAGAATGGGGACGACTCGTCCGCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGACTTCCCGCCGCCGGCAGAAGTGGAACCGACGCCCGAGGCCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCGACTTCCCGCCGCCGGCAGAAGTGGAACCGACGCCCGAGGCCGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTCGCCCAGCCTTGTCATGACTCCGAGGCCAGTAAGTTGGGGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTCGCCCAGCCTTGTCATGACTCCGAGGCCAGTAAGTTGGGGGCTCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGCAGGGGGCGAAGAGGAGTGGGGACAGCAGCAGAGACAGCTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGCAGGGGGCGAAGAGGAGTGGGGACAGCAGCAGAGACAGCTGGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAAAACATAGGAGACGCCCGTCCAAGAAGAAGCGGCATTGGAAACCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAAAACATAGGAGACGCCCGTCCAAGAAGAAGCGGCATTGGAAACCGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACAAGCTGACCTGGGAAGAGAAGAAAAAGTTCGACGAGAAACAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTACAAGCTGACCTGGGAAGAGAAGAAAAAGTTCGACGAGAAACAGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCGAGCTTCAAGGATCCGAGCCGAGATGTTCGCCAAGGGCCAGCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCGAGCTTCAAGGATCCGAGCCGAGATGTTCGCCAAGGGCCAGCCGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGCCCTATAACACCACGCAGTTCCTCATGGATGATCACGACCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGCCCTATAACACCACGCAGTTCCTCATGGATGATCACGACCAGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCGGATCTCAAAACCGGCCTGTACTCCAAGCGGGCCGCCGCCAAATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCGGATCTCAAAACCGGCCTGTACTCCAAGCGGGCCGCCGCCAAATCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGACACCAGCGATGACGACTTCATGGAAGAAGGGGGTGAGGAGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGACACCAGCGATGACGACTTCATGGAAGAAGGGGGTGAGGAGGATGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCAGCGATGGGATGGGAGGGGACGGCAGCGAGTTTCTGCAGCGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCAGCGATGGGATGGGAGGGGACGGCAGCGAGTTTCTGCAGCGGGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCGGAGACGTACGAGCGGTACCACACGGAGAGCCTGCAGAACATGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCGGAGACGTACGAGCGGTACCACACGGAGAGCCTGCAGAACATGAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCAGGAGCTCATCAAGGAGTACCTGGAACTGGAGAAGTGCCTCTCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGCAGGAGCTCATCAAGGAGTACCTGGAACTGGAGAAGTGCCTCTCGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATGGAGGACGAGAACAACCGGCTGCGGCTGGAGAGCAAGCGGCTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATGGAGGACGAGAACAACCGGCTGCGGCTGGAGAGCAAGCGGCTGGGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGACGACGCGCGTGTGCGGGAGCTGGAGCTGGAGCTGGACCGGCTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGACGACGCGCGTGTGCGGGAGCTGGAGCTGGAGCTGGACCGGCTGCGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCGAGAACCTCCAGCTGCTGACCGAGAACGAACTGCACCGGCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCGAGAACCTCCAGCTGCTGACCGAGAACGAACTGCACCGGCAGCAGGAG

   1050     .    :    .    :    .
   1051 CGAGCGCCGCTTTCCAAGTTTGGAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 101051 CGAGCGCCGCTTTCCAAGTTTGGAGAC