seq1 = pF1KB9574.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KB9574/gi568815584f_75178983.tfa (gi568815584f:75178983_75381421), 202439 bp

>pF1KB9574 1140
>gi568815584f:75178983_75381421 (Chr14)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-393  (100895-101146)   99% ->
394-501  (101578-101685)   100% ->
502-1140  (101801-102439)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTTCTCGGGCTTCAACGCAGACTACGAGGCGTCATCCTCCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTTCTCGGGCTTCAACGCAGACTACGAGGCGTCATCCTCCCGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGCGCGTCCCCGGCCGGGGATAGCCTCTCTTACTACCACTCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGCGCGTCCCCGGCCGGGGATAGCCTCTCTTACTACCACTCACCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGACTCCTTCTCCAGCATGGGCTCGCCTGTCAACGCGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 CAGACTCCTTCTCCAGCATGGGCTCGCCTGTCAACGCGCAGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTTCTGCACGGACCTGGCCGTCTCCAGTGCCAACTTCATTCCCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100895 GACTTCTGCACGGACCTGGCCGTCTCCAGTGCCAACTTCATTCCCACGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACTGCCATCTCGACCAGTCCGGACCTGCAGTGGCTGGTGCAGCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100945 CACTGCCATCTCGACCAGTCCGGACCTGCAGTGGCTGGTGCAGCCCGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCGTCTCCTCTGTGGCCCCATCGCAGACCAGAGCCCCTCACCCTTTCGGA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100995 TCGTCTCCTCCGTGGCCCCATCGCAGACCAGAGCCCCTCACCCTTTCGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCCCCGCCCCCTCCGCTGGGGCTTACTCCAGGGCTGGCGTTGTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101045 GTCCCCGCCCCCTCCGCTGGGGCTTACTCCAGGGCTGGCGTTGTGAAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGACAGGAGGCCGAGCGCAGAGCATTGGCAGGAGGGGCAAGGTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101095 CATGACAGGAGGCCGAGCGCAGAGCATTGGCAGGAGGGGCAAGGTGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AG         TTATCTCCAGAAGAAGAAGAGAAAAGGAGAATCCGAAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101145 AGGTG...TAGTTATCTCCAGAAGAAGAAGAGAAAAGGAGAATCCGAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAAGGAATAAGATGGCTGCAGCCAAATGCCGCAACCGGAGGAGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101617 GAAAGGAATAAGATGGCTGCAGCCAAATGCCGCAACCGGAGGAGGGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACTGATACACTCCAAGCG         GAGACAGACCAACTAGAAGATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101667 GACTGATACACTCCAAGCGGTA...CAGGAGACAGACCAACTAGAAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGAAGTCTGCTTTGCAGACCGAGATTGCCAACCTGCTGAAGGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101823 AGAAGTCTGCTTTGCAGACCGAGATTGCCAACCTGCTGAAGGAGAAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAACTAGAGTTCATCCTGGCAGCTCACCGACCTGCCTGCAAGATCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101873 AAACTAGAGTTCATCCTGGCAGCTCACCGACCTGCCTGCAAGATCCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGACCTGGGCTTCCCAGAAGAGATGTCTGTGGCTTCCCTTGATCTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101923 TGACCTGGGCTTCCCAGAAGAGATGTCTGTGGCTTCCCTTGATCTGACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGGCCTGCCAGAGGTTGCCACCCCGGAGTCTGAGGAGGCCTTCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101973 GGGGCCTGCCAGAGGTTGCCACCCCGGAGTCTGAGGAGGCCTTCACCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCTCTCCTCAATGACCCTGAGCCCAAGCCCTCAGTGGAACCTGTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102023 CCTCTCCTCAATGACCCTGAGCCCAAGCCCTCAGTGGAACCTGTCAAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATCAGCAGCATGGAGCTGAAGACCGAGCCCTTTGATGACTTCCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102073 CATCAGCAGCATGGAGCTGAAGACCGAGCCCTTTGATGACTTCCTGTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGCATCATCCAGGCCCAGTGGCTCTGAGACAGCCCGCTCCGTGCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102123 CAGCATCATCCAGGCCCAGTGGCTCTGAGACAGCCCGCTCCGTGCCAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATGGACCTATCTGGGTCCTTCTATGCAGCAGACTGGGAGCCTCTGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102173 ATGGACCTATCTGGGTCCTTCTATGCAGCAGACTGGGAGCCTCTGCACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGGCTCCCTGGGGATGGGGCCCATGGCCACAGAGCTGGAGCCCCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102223 TGGCTCCCTGGGGATGGGGCCCATGGCCACAGAGCTGGAGCCCCTGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CTCCGGTGGTCACCTGTACTCCCAGCTGCACTGCTTACACGTCTTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102273 CTCCGGTGGTCACCTGTACTCCCAGCTGCACTGCTTACACGTCTTCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTCTTCACCTACCCCGAGGCTGACTCCTTCCCCAGCTGTGCAGCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102323 GTCTTCACCTACCCCGAGGCTGACTCCTTCCCCAGCTGTGCAGCTGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCGCAAGGGCAGCAGCAGCAATGAGCCTTCCTCTGACTCGCTCAGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102373 CCGCAAGGGCAGCAGCAGCAATGAGCCTTCCTCTGACTCGCTCAGCTCAC

   1150     .    :    .
   1124 CCACGCTGCTGGCCCTG
        |||||||||||||||||
 102423 CCACGCTGCTGGCCCTG