seq1 = pF1KB9520.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KB9520/gi568815578r_62116009.tfa (gi568815578r:62116009_62319886), 203878 bp

>pF1KB9520 1335
>gi568815578r:62116009_62319886 (Chr20)

(complement)

1-250  (99917-100166)   100% ->
251-417  (101230-101396)   100% ->
418-1335  (102961-103878)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGCGCGCCGCCCGACGGGCCGCTGAACGCTTCGGGGGCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99917 ATGGAGCGCGCGCCGCCCGACGGGCCGCTGAACGCTTCGGGGGCGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGAGGCGGCGGCGGCGGGCGGGGCGCGCGGCTTCTCGGCAGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99967 GGGCGAGGCGGCGGCGGCGGGCGGGGCGCGCGGCTTCTCGGCAGCCTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCGGTGCTGGCCGCGCTCATGGCGCTGCTCATCGTGGCCACGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CCGCGGTGCTGGCCGCGCTCATGGCGCTGCTCATCGTGGCCACGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAACGCGCTGGTCATGCTCGCCTTCGTGGCCGACTCGAGCCTCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 GGCAACGCGCTGGTCATGCTCGCCTTCGTGGCCGACTCGAGCCTCCGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGAACAACTTCTTCCTGCTCAACCTCGCCATCTCCGACTTCCTCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 CCAGAACAACTTCTTCCTGCTCAACCTCGCCATCTCCGACTTCCTCGTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GCGCCTTCTGCATCCCACTGTATGTACCCTACGTGCTGACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100167 GTA...CAGGCGCCTTCTGCATCCCACTGTATGTACCCTACGTGCTGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCCGCTGGACCTTCGGCCGGGGCCTCTGCAAGCTGTGGCTGGTAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 GGCCGCTGGACCTTCGGCCGGGGCCTCTGCAAGCTGTGGCTGGTAGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTACCTGCTGTGCACCTCCTCTGCCTTCAACATCGTGCTCATCAGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101321 CTACCTGCTGTGCACCTCCTCTGCCTTCAACATCGTGCTCATCAGCTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCGCTTCCTGTCGGTCACCCGAGCG         GTCTCATACCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101371 ACCGCTTCCTGTCGGTCACCCGAGCGGTG...CAGGTCTCATACCGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCAGGGTGACACGCGGCGGGCAGTGCGGAAGATGCTGCTGGTGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102976 CAGCAGGGTGACACGCGGCGGGCAGTGCGGAAGATGCTGCTGGTGTGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGGCCTTCCTGCTGTACGGACCAGCCATCCTGAGCTGGGAGTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 GCTGGCCTTCCTGCTGTACGGACCAGCCATCCTGAGCTGGGAGTACCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCGGGGGCAGCTCCATCCCCGAGGGCCACTGCTATGCCGAGTTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103076 CCGGGGGCAGCTCCATCCCCGAGGGCCACTGCTATGCCGAGTTCTTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACTGGTACTTCCTCATCACGGCTTCCACCCTGGAGTTCTTTACGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103126 AACTGGTACTTCCTCATCACGGCTTCCACCCTGGAGTTCTTTACGCCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTCAGCGTCACCTTCTTTAACCTCAGCATCTACCTGAACATCCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103176 CCTCAGCGTCACCTTCTTTAACCTCAGCATCTACCTGAACATCCAGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCACCCGCCTCCGGCTGGATGGGGCTCGAGAGGCAGCCGGCCCCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103226 GCACCCGCCTCCGGCTGGATGGGGCTCGAGAGGCAGCCGGCCCCGAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCTCCCGAGGCCCAGCCCTCACCACCCCCACCGCCTGGCTGCTGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103276 CCTCCCGAGGCCCAGCCCTCACCACCCCCACCGCCTGGCTGCTGGGGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTGGCAGAAGGGGCACGGGGAGGCCATGCCGCTGCACAGGTATGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 CTGGCAGAAGGGGCACGGGGAGGCCATGCCGCTGCACAGGTATGGGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGAGGCGGCCGTAGGCGCTGAGGCCGGGGAGGCGACCCTCGGGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103376 GTGAGGCGGCCGTAGGCGCTGAGGCCGGGGAGGCGACCCTCGGGGGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGTGGGGGCGGCTCCGTGGCTTCACCCACCTCCAGCTCCGGCAGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103426 GGTGGGGGCGGCTCCGTGGCTTCACCCACCTCCAGCTCCGGCAGCTCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAGGGGCACTGAGAGGCCGCGCTCACTCAAGAGGGGCTCCAAGCCGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 GAGGGGCACTGAGAGGCCGCGCTCACTCAAGAGGGGCTCCAAGCCGTCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CGTCCTCGGCCTCGCTGGAGAAGCGCATGAAGATGGTGTCCCAGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 CGTCCTCGGCCTCGCTGGAGAAGCGCATGAAGATGGTGTCCCAGAGCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACCCAGCGCTTTCGGCTGTCTCGGGACAGGAAAGTGGCCAAGTCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103576 ACCCAGCGCTTTCGGCTGTCTCGGGACAGGAAAGTGGCCAAGTCGCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CGTCATCGTGAGCATCTTTGGGCTCTGCTGGGCCCCATACACGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103626 CGTCATCGTGAGCATCTTTGGGCTCTGCTGGGCCCCATACACGCTGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGATCATCCGGGCCGCCTGCCATGGCCACTGCGTCCCTGACTACTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103676 TGATCATCCGGGCCGCCTGCCATGGCCACTGCGTCCCTGACTACTGGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GAAACCTCCTTCTGGCTCCTGTGGGCCAACTCGGCTGTCAACCCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103726 GAAACCTCCTTCTGGCTCCTGTGGGCCAACTCGGCTGTCAACCCTGTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTACCCTCTGTGCCACCACAGCTTCCGCCGGGCCTTCACCAAGCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103776 CTACCCTCTGTGCCACCACAGCTTCCGCCGGGCCTTCACCAAGCTGCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GCCCCCAGAAGCTCAAAATCCAGCCCCACAGCTCCCTGGAGCACTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103826 GCCCCCAGAAGCTCAAAATCCAGCCCCACAGCTCCCTGGAGCACTGCTGG

   1350 
   1333 AAG
        |||
 103876 AAG