seq1 = pF1KB9513.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB9513/gi568815595f_141160176.tfa (gi568815595f:141160176_141393202), 233027 bp

>pF1KB9513 1440
>gi568815595f:141160176_141393202 (Chr3)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-238  (118167-118325)   100% ->
239-365  (119203-119329)   100% ->
366-505  (127139-127278)   100% ->
506-1440  (132093-133027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTTTCCGCAACCGCTTCTTGCTGCTGCTGGCCCTGGCTGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTTTCCGCAACCGCTTCTTGCTGCTGCTGGCCCTGGCTGCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTTTGTGAGCCTCAGCCTGCAGTTCT         TCCACCTGATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GGCCTTTGTGAGCCTCAGCCTGCAGTTCTGTG...CAGTCCACCTGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGTGTCGACTCCTAAGAATGGAATGAGTAGCAAGAGTCGAAAGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118179 CGGTGTCGACTCCTAAGAATGGAATGAGTAGCAAGAGTCGAAAGAGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCCCGACCCTGTGACGGAGCCCCCTGTGACAGACCCCGTTTATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118229 ATGCCCGACCCTGTGACGGAGCCCCCTGTGACAGACCCCGTTTATGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTTTGTACTGCAACATCCCCAGCGTGGCCGAGCGCAGCATGGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118279 TCTTTTGTACTGCAACATCCCCAGCGTGGCCGAGCGCAGCATGGAAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GTCATGCCCCGCATCATTTTAAGCTGGTCTCAGTGCATGTGTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118329 ...CAGGTCATGCCCCGCATCATTTTAAGCTGGTCTCAGTGCATGTGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCGCCACGGAGACAGGTACCCACTGTATGTCATTCCCAAAACAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119247 ATTCGCCACGGAGACAGGTACCCACTGTATGTCATTCCCAAAACAAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCAGAAATTGACTGCACTCTGGTGGCTAACAG         GAAACCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119297 ACCAGAAATTGACTGCACTCTGGTGGCTAACAGGTA...TAGGAAACCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCACCCAAAACTGGAAGCTTTCATTAGTCACATGTCAAAAGGATCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127147 ATCACCCAAAACTGGAAGCTTTCATTAGTCACATGTCAAAAGGATCCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCTCTTTCGAAAGCCCCTTGAACTCCTTGCCTCTTTACCCAAATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127197 GCCTCTTTCGAAAGCCCCTTGAACTCCTTGCCTCTTTACCCAAATCACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTGTGTGAGATGGGAGAGCTCACACAGACAG         GAGTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 127247 ATTGTGTGAGATGGGAGAGCTCACACAGACAGGTA...CAGGAGTTGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCATTTGCAGAACGGTCAGCTGCTGAGGGATATCTATCTAAAGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132102 AGCATTTGCAGAACGGTCAGCTGCTGAGGGATATCTATCTAAAGAAACAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAACTCCTGCCCAATGATTGGTCTGCAGACCAGCTCTATTTAGAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132152 AAACTCCTGCCCAATGATTGGTCTGCAGACCAGCTCTATTTAGAGACCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGGAAAAGCCGGACCCTACAAAGTGGGCTGGCCTTGCTTTATGGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132202 TGGGAAAAGCCGGACCCTACAAAGTGGGCTGGCCTTGCTTTATGGCTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCCAGATTTTGACTGGAAGAAGATTTATTTCAGGCACCAGCCAAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132252 TCCCAGATTTTGACTGGAAGAAGATTTATTTCAGGCACCAGCCAAGTGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGTTCTGCTCTGGAAGCTGCTATTGCCCGGTAAGAAACCAGTATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132302 CTGTTCTGCTCTGGAAGCTGCTATTGCCCGGTAAGAAACCAGTATCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAAGGAGCAGCGTCGTCAGTACCTCCTACGTTTGAAAAACAGCCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132352 AAAGGAGCAGCGTCGTCAGTACCTCCTACGTTTGAAAAACAGCCAGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGAAGACCTACGGGGAGATGGCCAAGATCGTGGATGTCCCCACCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132402 AGAAGACCTACGGGGAGATGGCCAAGATCGTGGATGTCCCCACCAAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTAGAGCTGCCAACCCCATAGACTCCATGCTCTGCCACTTCTGCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132452 CTTAGAGCTGCCAACCCCATAGACTCCATGCTCTGCCACTTCTGCCACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGTCAGCTTTCCCTGTACCAGAAATGGCTGTGTTGACATGGAGCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132502 TGTCAGCTTTCCCTGTACCAGAAATGGCTGTGTTGACATGGAGCACTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGTAATTAAGACCCATCAGATCGAGGATGAAAGGGAAAGACGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132552 AGGTAATTAAGACCCATCAGATCGAGGATGAAAGGGAAAGACGGGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAATTGTACTTCGGGTATTCTCTCCTGGGTGCCCACCCCATCCTGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132602 AAATTGTACTTCGGGTATTCTCTCCTGGGTGCCCACCCCATCCTGAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AACCATCGGCCGGATGCAGCGTGCCACCGAGGGCAGGAAAGAAGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132652 AACCATCGGCCGGATGCAGCGTGCCACCGAGGGCAGGAAAGAAGAGCTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TTGCCCTCTACTCTGCTCATGATGTCACTCTGTCACCAGTTCTCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132702 TTGCCCTCTACTCTGCTCATGATGTCACTCTGTCACCAGTTCTCAGTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TTGGGCCTTTCAGAAGCCAGGTTCCCAAGGTTTGCAGCCAGGTTGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132752 TTGGGCCTTTCAGAAGCCAGGTTCCCAAGGTTTGCAGCCAGGTTGATCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGAGCTTTGGCAAGACAGAGAAAAGCCCAGTGAACATTCCGTCCGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132802 TGAGCTTTGGCAAGACAGAGAAAAGCCCAGTGAACATTCCGTCCGGATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TTTACAATGGCGTCGATGTCACATTCCACACCTCTTTCTGCCAAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132852 TTTACAATGGCGTCGATGTCACATTCCACACCTCTTTCTGCCAAGACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CACAAGCGTTCTCCCAAGCCCATGTGCCCGCTTGAAAACTTGGTCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132902 CACAAGCGTTCTCCCAAGCCCATGTGCCCGCTTGAAAACTTGGTCCGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TGTGAAAAGGGACATGTTTGTAGCCCTGGGTGGCAGTGGTACAAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132952 TGTGAAAAGGGACATGTTTGTAGCCCTGGGTGGCAGTGGTACAAATTATT

   1450     .    :    .    :    .
   1415 ATGATGCATGTCACAGGGAAGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||
 133002 ATGATGCATGTCACAGGGAAGGATTC