seq1 = pF1KB9511.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KB9511/gi568815587f_74071422.tfa (gi568815587f:74071422_74351715), 280294 bp

>pF1KB9511 1158
>gi568815587f:74071422_74351715 (Chr11)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-193  (132307-132398)   100% ->
194-288  (132930-133024)   98% ->
289-346  (150891-150948)   100% ->
347-398  (153784-153835)   100% ->
399-553  (158824-158978)   100% ->
554-644  (159491-159581)   100% ->
645-710  (164480-164545)   100% ->
711-834  (167712-167835)   100% ->
835-964  (174655-174784)   100% ->
965-1009  (175658-175702)   100% ->
1010-1074  (179533-179597)   100% ->
1075-1142  (180227-180294)   100% ->
1143-1158  (182071-182086)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCCCTCGAAAAGAGCATGCACCTCGGCCGCCTTCCCTCTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGCCCTCGAAAAGAGCATGCACCTCGGCCGCCTTCCCTCTCGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCTCTACCCGGCAGCGGGGGCAGTCAGAGCGGAGCCAAGATGCGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCTCTACCCGGCAGCGGGGGCAGTCAGAGCGGAGCCAAGATGCGAATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         CCCTGGAAGAAAGCGGGACTTTTCCCCTGTTCCTTGGAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...CAGCCCTGGAAGAAAGCGGGACTTTTCCCCTGTTCCTTGGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTATTTTGAGTCCATGGAAGATGTAGAAGTAGAGAATGAAACTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132347 CAGTATTTTGAGTCCATGGAAGATGTAGAAGTAGAGAATGAAACTGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GG         ATACTTTTCGAGTCTACAAGAGTGGTTCAGAGGGTCCAG
        ||>>>...>>>| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132397 GGATA...CATACACTTTTCGAGTCTACAAGAGTGGTTCAGAGGGTCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTGCTCCTTCTGCATGGAGGAGGTCATTCTGCCCTTTCTTGGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132969 TCCTGCTCCTTCTGCATGGAGGAGGTCATTCTGCCCTTTCTTGGGCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCACG         GCAGCGATTATTAGTAGAGTTCAGTGTAGGATTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133019 TTCACGGTA...TAGGCAGCGATTATTAGTAGAGTTCAGTGTAGGATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTTTGGATCTGCGAAGTCATG         GTGAAACAAAGGTCAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 150926 AGCTTTGGATCTGCGAAGTCATGGTG...TAGGTGAAACAAAGGTCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCCTGAAGATCTGTCTGCAGAAACAATGGCAAA         AGACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 153802 ATCCTGAAGATCTGTCTGCAGAAACAATGGCAAAGTA...CAGAGACGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGCAATGTGGTTGAAGCCATGTATGGGGACCTTCCTCCTCCAATTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158831 GGCAATGTGGTTGAAGCCATGTATGGGGACCTTCCTCCTCCAATTATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATTGGACATAGCATGGGTGGTGCTATTGCAGTCCACACAGCATCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158881 GATTGGACATAGCATGGGTGGTGCTATTGCAGTCCACACAGCATCATCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACCTGGTACCAAGCCTCTTGGGTCTGTGCATGATTGATGTTGTAGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 158931 ACCTGGTACCAAGCCTCTTGGGTCTGTGCATGATTGATGTTGTAGAAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554        GTACAGCTATGGATGCACTTAATAGCATGCAGAATTTCTTACG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158981 G...CAGGTACAGCTATGGATGCACTTAATAGCATGCAGAATTTCTTACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGGTCGTCCTAAAACCTTCAAGTCTCTGGAGAATGCTATTGAATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 159534 GGGTCGTCCTAAAACCTTCAAGTCTCTGGAGAATGCTATTGAATGGAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645        TGTGAAGAGTGGCCAGATTCGAAATCTGGAGTCTGCCCGTGTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159584 A...CAGTGTGAAGAGTGGCCAGATTCGAAATCTGGAGTCTGCCCGTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCAATGGTTGGCCAAGTCAAACA         GTGTGAAGGAATTACAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 164523 TCAATGGTTGGCCAAGTCAAACAGTA...TAGGTGTGAAGGAATTACAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCCAGAAGGCTCAAAATCTATAGTGGAAGGAATCATAGAGGAAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167730 TCCAGAAGGCTCAAAATCTATAGTGGAAGGAATCATAGAGGAAGAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAGATGAGGAAGGAAGTGAGTCTATAAGCAAGAGGAAAAAGGAAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167780 AAGATGAGGAAGGAAGTGAGTCTATAAGCAAGAGGAAAAAGGAAGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGGAG         ACCAAGAAAGACCATCCATACACCTGGAGAATTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167830 ATGGAGGTG...CAGACCAAGAAAGACCATCCATACACCTGGAGAATTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACTGGCAAAAACAGAAAAATACTGGGACGGCTGGTTCCGAGGCTTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174690 ACTGGCAAAAACAGAAAAATACTGGGACGGCTGGTTCCGAGGCTTATCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATCTCTTTCTTAGTTGTCCCATTCCTAAATTGCTGCTCTTGGCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 174740 ATCTCTTTCTTAGTTGTCCCATTCCTAAATTGCTGCTCTTGGCTGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965     GTGTTGATAGATTGGATAAAGATCTGACCATTGGCCAGATGCAAG 
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 174790 .TAGGTGTTGATAGATTGGATAAAGATCTGACCATTGGCCAGATGCAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010         GGAAGTTCCAGATGCAGGTCCTACCCCAGTGTGGCCATGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175704 TA...CAGGGAAGTTCCAGATGCAGGTCCTACCCCAGTGTGGCCATGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCCATGAGGATGCCCCTGACAAG         GTAGCTGAAGCTGTTGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 179575 TCCATGAGGATGCCCCTGACAAGGTG...CAGGTAGCTGAAGCTGTTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACTTTCCTGATCCGGCACAGGTTTGCAGAACCCATCGGTGGATTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180245 ACTTTCCTGATCCGGCACAGGTTTGCAGAACCCATCGGTGGATTCCAGTG

   1250     .    :    .    :    .
   1143          TGTGTTTCCTGGCTGT
        >>>...>>>||||||||||||||||
 180295 GTA...CAGTGTGTTTCCTGGCTGT