seq1 = pF1KB9498.tfa, 1833 bp
seq2 = pF1KB9498/gi568815589f_96046009.tfa (gi568815589f:96046009_96247853), 201845 bp

>pF1KB9498 1833
>gi568815589f:96046009_96247853 (Chr9)

1-1306  (99999-101303)   97% ->
1307-1833  (101318-101845)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTCAGCAAAAAAGAAGAATAAGAAGGGGAAGACTATCTCCCT
        | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  99999 ACGGCGGCCTCAGCAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGGAAGACTATCTCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACAGACTTTCTGGCTGAGGATGGGGGTACTGGTGGAGGAAGCACCTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100049 AACAGACTTTCTGGCTGAGGATGGGGGTACTGGTGGAGGAAGGACCTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTCCAAACCAGTCAGCTGGGCTGATGAAACGGATGACCTGGAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TTTCCAAACCAGTCAGCTGAGCTGATGAAACGGATGACCTGGAAGGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTTCGACCACTTGGCACAGTAACGATGACGATGTGTATAGGGCGCCTCC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100149 GTTTCGACAACTTGGCACAGTAACGATGACGATGTGTATAGGGCGTCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATTGACCGTTCCATCCTTCCCACTGCTCCACGGGCTGCTCGGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 AATTGACCGTTCCATCCTTCCCACTGCTCCACGGGCTGCTCGGGAACCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATATCGACCGGAGCCGTCTTCCCAAATCGCCACCCTACACTGCTTTTCTA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 ATATCGACCGGAGCCATCTTCCCAAATCGCCACCCTACACTGCTTTTCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAAACCTACCCTATGATGTTACAGAAGAGTCAATTAAGGAATTCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 GGAAACCTACCCTATGATGTTACAGAAGAGTCAATTAAGGAATTCTTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGATTAAATATCAGTGCAGTGCGTTTACCACGTGAACCCAGCAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100349 AGGATTAAATATCAGTGCAGTGCGTTTACCATGTGAACCCAGCAATCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAGGTTGAAAGGTTTTGGTTATGCTGAATTTGAGGACCTGGATTCCCTG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 TGAGGTTGAAAGGTTTTGGTTATGCTGAATTTGAGGACCTGGATTCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCAGTGCCCTGAGTCTCAATGAAGAGTCTCTAGGTAACAGGAGAATTCG
        || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100449 CTTAGTGCCCTGAGTCTCAAGGAAGAGTCTCTAGGTAACAGGAGAATTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTGGACGTTGCTGATCAAGCACAGGATAAAGACAGGGATGATCGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100499 AGTGGACGTTGCTGATCAAGCACAGGATAAAGACAGGGATGATTGTTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGGCCGTGATAGAAATCGGGATTCTGACAAAACAGATACAGACTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100549 TTGGCCGTGATAGAAATCGGGATTCTGACAAAACAGGTACAGACTGGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTCGTCCTGCTACAGACAGCTTTGATGACTACCCACCTAGAAGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 GCTCGTCCTGCTACAGACAGCTTTGATGACTACCCACCTAGAAGAGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGATAGCTTTGGAGACAAGTATCGAGATCGTTATGATTCAGACCGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 TGATAGCTTTGGAGACAAGTATCGAGATCGTTATGATTCAGACCGGTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGATGGGTATCGGGATGGGTATCGGGATGGCCCACGCCGGGATATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100699 GGGATGGGTATCGGGATGGGTATCGGGATGGCCAACGCCGGGATATGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGATATGGTGGCCGGGATCGCTATGATGACCGAGGCAGCAGAGACTATGA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100749 CCATATGGTGGCCGGGATCGCTATGATGACCGAGGCAGCAGAGACTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAGAGGCTATGATTCCCGGATAGGCAGTGGCAGAAGAGCATTTGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 TAGAGGCTATGATTCCCGGATAGGCAGTGGCAGAAGAGCATTTGGCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGTATCGCAGGGATGATGACTACAGAGGAGGCGGGGACCGCTATGAAGAC
        |||||||||||||||||| ||-||||||||||||||||| ||||||||||
 100849 GGTATCGCAGGGATGATGTCT CAGAGGAGGCGGGGACCACTATGAAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGATATGACAGACGGGATGATCGGTCGTGGAGCTCCAGAGATGATTACTC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100898 CGATATGACAGACGGGATGATCGGTCTTGGAGCTCCAGAGATGATTACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCGGGATGATTATAGGCGTGATGATAGAGGTCCCCCCCAAAGACCCAAAC
        || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100948 TCTGGATGATTATAGGCGTGATGGTAGAGGTCCCCCCCAAAGACCCAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAATCTAAAGCCTCGGAGTACTCCTAAGGAAGATGATTCCTCTGCTAGT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 TGAATCTAAACCCTCGGAGTACTCCTAAGGAAGATGATTCCTCTGCTAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACCTCCCAGTCCACTCGAGCTGCTTCTATCTTTGGAGGGGCAAAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 101048 ACCTCCCAGTCCACTCGAGCTGCTTCTATCTTTGGAGGGGCAAAGCCCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGACACAGCTGCTAGAGAAAGAGAAGTAGAAGAACGGCTACAGAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 TGACACAGCTGCTAGAGAAAGAGAAGTAGAAGAACGGCTACAGAAGGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AAGAGAAGTTGCAGCGTCAGCTGGATGAGCCAAAACTAGAACGACGGCCT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 AAGAGAAGTTGCAGCATCAGCTGGATGAGCCAAAACTAGAACGACGGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CGGGAGAGACACCCAAGCTGGCGAAGTGAAGAAACTCAGGAACGGGAACG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 CCGGAGAGACACCCAAGCTGGCGAAGTGAAGAAACTCAGGAACGGGAACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GTCGAGGACAGGAAGTGAGTCATCACAAACTGGGACCTCCACCACATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
 101248 GTCGAGGACAGGAAGTGAGTCATCACAGACTGGGACCTCCACCACATCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GCAGAA          ATGCACGAAGGAGAGAGAGTGAGAAGTCTCTAGA
        ||||||>>>...>>>-|||||||||||||||||| |||||||||||||||
 101298 GCAGAAGTA...CAGGATGCACGAAGGAGAGAGAATGAGAAGTCTCTAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1341 AAATGAAACACTCAATAAGGAGGAAGATTGCCACTCTCCAACTTCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101353 AAATGAAACACTCAATAAGGAGGAAGATTGCCACTCTCCAACTTCTAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1391 CTCCCAAACCTGATCAGCCCCTAAAGGTAATGCCAGCCCCTCCACCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101403 CTCCCAAACCTGATCAGCCCCTAAAGGTAATGCCAGCCCCTCCACCAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1441 GAGAATGCTTGGGTGAAGCGAAGTTCTAACCCTCCTGCTCGATCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101453 GAGAATGCTTGGGTGAAGCGAAGTTCTAACCCTCCTGCTCGATCTCAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1491 CTCAGACACAGAGCAGCAGTCCCCTACAAGTGGTGGGGGAAAAGTAGCTC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
 101503 CTCAGACACAGAGCAGCAATCCCCTACAAGTGGTGAGGGAAAAGTAGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1541 CAGCTCAACCATCTGAGGAAGGACCAGGAAGGAAAGATGAAAATAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
 101553 CAGCTCAACCATCTGAGGAAGGACCAGCAAGGAAAGATGAAAACAAAGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1591 GATGGGATGAATGCCCCAAAAGGCCAAACTGGGAACTCTAGCCGTGGTCC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101603 GATGGGATGAATGTCCCAAAAGGCCAAACTGGGAACTCTAGCCGTGGTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1641 AGGAGACGGAGGGAACAGAGACCACTGGAAGGAGTCAGATAGGAAAGATG
        |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101653 AGGAGATGGAGGGAACAAAGACCACTGGAAGGAGTCAGATAGGAAAGATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691 GCAAAAAGGATCAAGACTCCAGATCTGCACCTGAGCCAAAGAAACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 GCAAAAAGGATCAAGACTCCAGATCTGCACCTGAGCCAAAGAAACCTGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741 GAAAATCCAGCTTCCAAGTTCAGTTCTGCAAGCAAGTATGCTGCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101753 GAAAATCCAGCTTCCAAGTTCAGTTCTGCAAGCAAGTATGCTGCTCTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :
   1791 TGTTGATGGTGAAGATGAAAATGAGGGAGAAGATTATGCCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101803 TGTTGATGGTGAAGATGAAAATGAGGGAGAAGATTATGCCGAA