seq1 = pF1KB9476.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KB9476/gi568815595r_52129037.tfa (gi568815595r:52129037_52335107), 206071 bp

>pF1KB9476 1047
>gi568815595r:52129037_52335107 (Chr3)

(complement)

1-25  (96092-96116)   100% ->
26-103  (100002-100079)   100% ->
104-282  (102986-103164)   100% ->
283-378  (103569-103664)   100% ->
379-483  (103877-103981)   100% ->
484-609  (104113-104238)   100% ->
610-760  (105038-105188)   100% ->
761-882  (105326-105447)   100% ->
883-1047  (105907-106071)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCACCAAACGGGCATCCACG         CCACGGAAGAGCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  96092 ATGGCGCACCAAACGGGCATCCACGGTG...TAGCCACGGAAGAGCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAATTCTTTGCCAAGGCACGGGCTGGCTCTGTGCGGCTCATCAAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 GGAATTCTTTGCCAAGGCACGGGCTGGCTCTGTGCGGCTCATCAAGGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATTGAGGACG         AGCAGCTCGTGCTGGGTGCCTCGCAGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100068 TGATTGAGGACGGTG...CAGAGCAGCTCGTGCTGGGTGCCTCGCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCAGTAGGCCGCTGGGATCAGGACTATGACAGGGCCGTGCTGCCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103015 CCAGTAGGCCGCTGGGATCAGGACTATGACAGGGCCGTGCTGCCACTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGACGCCCAGCAGCCCTGCTACCTGCTCTACCGCCTCGACTCACAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103065 GGACGCCCAGCAGCCCTGCTACCTGCTCTACCGCCTCGACTCACAGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCAGGGCTTCGAATGGCTCTTCCTCGCCTGGTCGCCTGATAACTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103115 CTCAGGGCTTCGAATGGCTCTTCCTCGCCTGGTCGCCTGATAACTCCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          GTGCGGCTGAAGATGCTGTACGCGGCCACGCGGGCCACAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103165 GTG...CAGGTGCGGCTGAAGATGCTGTACGCGGCCACGCGGGCCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAAAAGGAGTTTGGAGGTGGCCACATCAAGGATGAGCTCTTCGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103610 GAAAAAGGAGTTTGGAGGTGGCCACATCAAGGATGAGCTCTTCGGGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAG         GATGACCTCTCTTTTGCTGGGTACCAGAAACACCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103660 TGAAGGTA...CAGGATGACCTCTCTTTTGCTGGGTACCAGAAACACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCGTCCTGTGCGGCACCTGCCCCGCTGACCTCGGCTGAGAGAGAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103913 TCGTCCTGTGCGGCACCTGCCCCGCTGACCTCGGCTGAGAGAGAGCTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGATCCGCATTAACGAG         GTGAAGACAGAGATCAGTGTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103963 GCAGATCCGCATTAACGAGGTG...CAGGTGAAGACAGAGATCAGTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAAGCAAGCACCAGACCCTGCAGGGCCTCGCCTTCCCCCTGCAGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104135 AAAGCAAGCACCAGACCCTGCAGGGCCTCGCCTTCCCCCTGCAGCCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCCAGCGGGCACTCCAGCAGCTCAAGCAGAAAATGGTCAACTACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104185 GCCCAGCGGGCACTCCAGCAGCTCAAGCAGAAAATGGTCAACTACATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATG         AAGCTGGACCTAGAGCGGGAAACCATTGAGCTGGTGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104235 GATGGTG...CAGAAGCTGGACCTAGAGCGGGAAACCATTGAGCTGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACACAGAGCCCACGGATGTGGCCCAGCTGCCCTCCCGGGTGCCCCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105075 ACACAGAGCCCACGGATGTGGCCCAGCTGCCCTCCCGGGTGCCCCGAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTGCCCGCTACCACTTCTTCCTCTACAAGCACACCCATGAGGGCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105125 GCTGCCCGCTACCACTTCTTCCTCTACAAGCACACCCATGAGGGCGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTTGAGTCTGTAG         TGTTCATCTACTCCATGCCGGGGTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105175 CCTTGAGTCTGTAGGTG...CAGTGTTCATCTACTCCATGCCGGGGTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGTGCAGCATCAAGGAGCGAATGCTCTACTCCAGCTGCAAGAGCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105353 AGTGCAGCATCAAGGAGCGAATGCTCTACTCCAGCTGCAAGAGCCGCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCGACTCCGTGGAGCAGGACTTCCATCTGGAGATCGCCAAGAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105403 CTCGACTCCGTGGAGCAGGACTTCCATCTGGAGATCGCCAAGAAAGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883     ATTGAGATTGGCGATGGGGCAGAGCTGACGGCAGAGTTCCTCTACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105453 .CAGATTGAGATTGGCGATGGGGCAGAGCTGACGGCAGAGTTCCTCTACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACGAGGTGCACCCCAAGCAACACGCCTTCAAGCAGGCCTTCGCCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105953 ACGAGGTGCACCCCAAGCAACACGCCTTCAAGCAGGCCTTCGCCAAGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGGCCCAGGGGGCAAGCGGGGCCATAAGCGCCTCATCCGCGGCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106003 AAGGGCCCAGGGGGCAAGCGGGGCCATAAGCGCCTCATCCGCGGCCCGGG

   1100     .    :    .
   1029 TGAAAATGGGGATGACAGC
        |||||||||||||||||||
 106053 TGAAAATGGGGATGACAGC