seq1 = pF1KB9461.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KB9461/gi568815584f_50487830.tfa (gi568815584f:50487830_50732327), 244498 bp

>pF1KB9461 1674
>gi568815584f:50487830_50732327 (Chr14)

1-34  (72437-72470)   100% ->
35-282  (100002-100249)   100% ->
283-417  (103112-103246)   100% ->
418-522  (103706-103810)   100% ->
523-573  (106017-106067)   100% ->
574-630  (107747-107803)   100% ->
631-723  (125430-125522)   100% ->
724-862  (126544-126682)   100% ->
863-990  (132770-132897)   100% ->
991-1047  (134014-134070)   100% ->
1048-1119  (135348-135419)   100% ->
1120-1551  (140202-140633)   100% ->
1552-1566  (142166-142180)   100% ->
1567-1674  (144400-144507)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGAACCGCAGGGACAGAAACAGTTGGG         GTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  72437 ATGGCCAAGAACCGCAGGGACAGAAACAGTTGGGGTG...CAGGTGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCGGAAAAGACATATGAATGGAGCTCAGAAGAGGAGGAGCCAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 TTCGGAAAAGACATATGAATGGAGCTCAGAAGAGGAGGAGCCAGTGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCAGGACCAGTCCAAGTCCTCATTGTCAAAGATGACCATTCCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 AGGCAGGACCAGTCCAAGTCCTCATTGTCAAAGATGACCATTCCTTTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAGATGAAACTGCATTAAATCGGATCCTTCTCTCGGAGGCTGTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 TTAGATGAAACTGCATTAAATCGGATCCTTCTCTCGGAGGCTGTCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGGAGGTTGTTGCTGTATCTGTTGCTGGAGCATTTAGAAAAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100159 CAAGGAGGTTGTTGCTGTATCTGTTGCTGGAGCATTTAGAAAAGGAAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATTCCTGATGGACTTCATGTTGAGATACATGTACAACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100209 CATTCCTGATGGACTTCATGTTGAGATACATGTACAACCAGGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAATCAGTTGATTGGGTTGGAGACTACAATGAACCATTGACTGGTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103112 GAATCAGTTGATTGGGTTGGAGACTACAATGAACCATTGACTGGTTTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATGGAGAGGTGGATCTGAGCGAGAGACCACAGGAATTCAGATATGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103162 ATGGAGAGGTGGATCTGAGCGAGAGACCACAGGAATTCAGATATGGAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAATCTTCCTTATCAATAAACCTGATGGTAAAAAG         GTTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103212 AAATCTTCCTTATCAATAAACCTGATGGTAAAAAGGTA...TAGGTTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGTTATTGATGGATACTCAGGGAACCTTTGATAGTCAGTCAACTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103712 GTGTTATTGATGGATACTCAGGGAACCTTTGATAGTCAGTCAACTTTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATTCAGCCACAGTATTTGCCCTTAGCACAATGATCAGCTCAATACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103762 AGATTCAGCCACAGTATTTGCCCTTAGCACAATGATCAGCTCAATACAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         GTATATAACTTATCCCAAAATGTCCAGGAGGATGATCTTCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103812 TA...AAGGTATATAACTTATCCCAAAATGTCCAGGAGGATGATCTTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACCTCCAG         CTTTTCACTGAGTATGGCAGACTGGCAATGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106059 CACCTCCAGGTA...TAGCTTTTCACTGAGTATGGCAGACTGGCAATGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAAACATTCCTGAAGCCATTTCAG         AGTCTGATATTTCTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107779 GGAAACATTCCTGAAGCCATTTCAGGTG...TAGAGTCTGATATTTCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCGAGACTGGAGTTTCCCATACGAATTTTCATATGGAGCCGATGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125446 TTCGAGACTGGAGTTTCCCATACGAATTTTCATATGGAGCCGATGGTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCAAATTCTTGGAAAAACGCCTCAAG         GTCTCAGGGAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125496 GCCAAATTCTTGGAAAAACGCCTCAAGGTT...CAGGTCTCAGGGAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCATGAAGAACTACAGAACGTCAGAAAACACATCCATTCCTGTTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126558 GCATGAAGAACTACAGAACGTCAGAAAACACATCCATTCCTGTTTCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATTTCCTGTTTTCTGCTACCTCATCCTGGCTTAAAAGTAGCTACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126608 ACATTTCCTGTTTTCTGCTACCTCATCCTGGCTTAAAAGTAGCTACCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCAAACTTTGATGGAAAATTGAAAG         AAATAGATGATGAATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 126658 CCAAACTTTGATGGAAAATTGAAAGGTT...TAGAAATAGATGATGAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATCAAAAACTTGAAAATACTGATTCCTTGGCTACTTAGTCCCGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132786 CATCAAAAACTTGAAAATACTGATTCCTTGGCTACTTAGTCCCGAGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TAGATATTAAAGAGATCAATGGGAATAAAATCACCTGCCGGGGTCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132836 TAGATATTAAAGAGATCAATGGGAATAAAATCACCTGCCGGGGTCTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGTACTTCAAG         GCTTATATAAAGATCTATCAAGGTGAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 132886 GAGTACTTCAAGGTA...TAGGCTTATATAAAGATCTATCAAGGTGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTACCACATCCCAAATCCATGTTACAG         GCCACAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134043 ATTACCACATCCCAAATCCATGTTACAGGTA...AAGGCCACAGCAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTAACAATTTAGCAGCCGTGGCAACTGCCAAGGACACATACAACAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135361 CTAACAATTTAGCAGCCGTGGCAACTGCCAAGGACACATACAACAAAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATGGAAGAG         ATTTGTGGTGGTGACAAACCATTTCTGGCCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 135411 ATGGAAGAGGTA...CAGATTTGTGGTGGTGACAAACCATTTCTGGCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AAATGACTTGCAGACCAAACACCTGCAACTTAAGGAAGAATCTGTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140234 AAATGACTTGCAGACCAAACACCTGCAACTTAAGGAAGAATCTGTGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TATTCCGAGGGGTGAAGAAGATGGGTGGGGAAGAATTTAGCCGGCGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140284 TATTCCGAGGGGTGAAGAAGATGGGTGGGGAAGAATTTAGCCGGCGTTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGCAGCAGTTGGAGAGTGAAATAGATGAACTTTACATCCAATATATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140334 CTGCAGCAGTTGGAGAGTGAAATAGATGAACTTTACATCCAATATATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCACAATGATAGCAAAAATATCTTCCATGCAGCTCGTACCCCAGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140384 GCACAATGATAGCAAAAATATCTTCCATGCAGCTCGTACCCCAGCCACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGTTTGTAGTCATCTTTATCACATATGTGATTGCTGGTGTGACTGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140434 TGTTTGTAGTCATCTTTATCACATATGTGATTGCTGGTGTGACTGGATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATTGGTTTGGACATCATAGCTAGCCTATGCAATATGATAATGGGACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140484 ATTGGTTTGGACATCATAGCTAGCCTATGCAATATGATAATGGGACTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCTTATCACCCTGTGCACTTGGGCATATATCCGGTACTCTGGAGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140534 CCTTATCACCCTGTGCACTTGGGCATATATCCGGTACTCTGGAGAATACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GAGAGCTGGGAGCTGTAATAGACCAGGTGGCTGCAGCTCTGTGGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140584 GAGAGCTGGGAGCTGTAATAGACCAGGTGGCTGCAGCTCTGTGGGACCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552          GGAAGTACAAATGAG         GCTTTGTACAAGCTTTA
        >>>...>>>|||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 140634 GTA...CAGGGAAGTACAAATGAGGTA...TAGGCTTTGTACAAGCTTTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAGTGCAGCAGCAACCCACAGACATCTGTATCATCAAGCTTTCCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144417 CAGTGCAGCAGCAACCCACAGACATCTGTATCATCAAGCTTTCCCTACAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CAAAGTCGGAATCTACTGAACAATCAGAAAAGAAAAAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144467 CAAAGTCGGAATCTACTGAACAATCAGAAAAGAAAAAAATG