seq1 = pF1KB9438.tfa, 549 bp
seq2 = pF1KB9438/gi568815597r_173086519.tfa (gi568815597r:173086519_173307176), 220658 bp

>pF1KB9438 549
>gi568815597r:173086519_173307176 (Chr1)

(complement)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-202  (118608-118656)   100% ->
203-549  (120312-120658)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAGGGTCCAACCCCTGGAAGAGAATGTGGGAAATGCAGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAGGGTCCAACCCCTGGAAGAGAATGTGGGAAATGCAGCCAGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGATTCGAGAGGAACAAGCTATTGCTGGTGGCCTCTGTAATTCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGATTCGAGAGGAACAAGCTATTGCTGGTGGCCTCTGTAATTCAGGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGCTGCTCCTGTGCTTCACCTACATCTGCCTGCACTTCTCTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGCTGCTCCTGTGCTTCACCTACATCTGCCTGCACTTCTCTGCTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAG         GTATCACATCGGTATCCTCGAATTCAAAGTATCAAAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGTA...CAGGTATCACATCGGTATCCTCGAATTCAAAGTATCAAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAATTTACCG         AATATAAGAAGGAGAAAGGTTTCATCCTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118646 ACAATTTACCGGTA...TAGAATATAAGAAGGAGAAAGGTTTCATCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTCCCAAAAGGAGGATGAAATCATGAAGGTGCAGAACAACTCAGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120342 CTTCCCAAAAGGAGGATGAAATCATGAAGGTGCAGAACAACTCAGTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCAACTGTGATGGGTTTTATCTCATCTCCCTGAAGGGCTACTTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120392 ATCAACTGTGATGGGTTTTATCTCATCTCCCTGAAGGGCTACTTCTCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAAGTCAACATTAGCCTTCATTACCAGAAGGATGAGGAGCCCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120442 GGAAGTCAACATTAGCCTTCATTACCAGAAGGATGAGGAGCCCCTCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTGAAGAAGGTCAGGTCTGTCAACTCCTTGATGGTGGCCTCTCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120492 AACTGAAGAAGGTCAGGTCTGTCAACTCCTTGATGGTGGCCTCTCTGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACAAAGACAAAGTCTACTTGAATGTGACCACTGACAATACCTCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120542 TACAAAGACAAAGTCTACTTGAATGTGACCACTGACAATACCTCCCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGACTTCCATGTGAATGGCGGAGAACTGATTCTTATCCATCAAAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120592 TGACTTCCATGTGAATGGCGGAGAACTGATTCTTATCCATCAAAATCCTG

    550     .    :    .
    533 GTGAATTCTGTGTCCTT
        |||||||||||||||||
 120642 GTGAATTCTGTGTCCTT