seq1 = pF1KB9436.tfa, 438 bp
seq2 = pF1KB9436/gi568815581f_17377042.tfa (gi568815581f:17377042_17591492), 214451 bp

>pF1KB9436 438
>gi568815581f:17377042_17591492 (Chr17)

1-224  (100001-100224)   100% ->
225-438  (114238-114451)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCTGCTGGGGTGGCAGCCGGGCGACAGGCGGAGGATGTATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCTGCTGGGGTGGCAGCCGGGCGACAGGCGGAGGATGTATTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCAACGTCCGACCAGCCGCTGCCTGACACCAAGCCGCTGCCGCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCAACGTCCGACCAGCCGCTGCCTGACACCAAGCCGCTGCCGCCTCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGCCGCCGGTCCCTGCGCCTCAACCGCAGCAGTCGCCGGCGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCGCCGCCGGTCCCTGCGCCTCAACCGCAGCAGTCGCCGGCGCCACGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTCAGTCACCTGCCCGCGCGAGGGAGGAAGAGAACTACTCCTTTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTCAGTCACCTGCCCGCGCGAGGGAGGAAGAGAACTACTCCTTTTTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTGGTTCACAACATCATCAAATG         CATGGACAAGGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100201 TTTGGTTCACAACATCATCAAATGGTA...CAGCATGGACAAGGACAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGAGGTCCACCAGGACCTGAACGCCCTCAAAAGCAAGTTCCAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114255 CGGAGGTCCACCAGGACCTGAACGCCCTCAAAAGCAAGTTCCAGGAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCAAGCTCATCAGCACCATGCCCGGCATCCACCTGAGCCCCGAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114305 CGCAAGCTCATCAGCACCATGCCCGGCATCCACCTGAGCCCCGAACAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGCAGCAGCTGCAGAGCCTCCGGGAGCAAGTCAGGACCAAGAATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114355 GCAGCAGCAGCTGCAGAGCCTCCGGGAGCAAGTCAGGACCAAGAATGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    392 TTCTGCAAAAGTACAAGAGCCTCTGCATGTTCGAAATCCCCAAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114405 TTCTGCAAAAGTACAAGAGCCTCTGCATGTTCGAAATCCCCAAGGAG