seq1 = pF1KB9430.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KB9430/gi568815592f_21494535.tfa (gi568815592f:21494535_21695956), 201422 bp

>pF1KB9430 1299
>gi568815592f:21494535_21695956 (Chr6)

1-914  (100001-100914)   100% ->
915-1299  (101037-101422)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGCAAACCAACAATGCCGAGAACACGGAAGCGCTGCTGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAGCAAACCAACAATGCCGAGAACACGGAAGCGCTGCTGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAGCTCGGACTCGGGCGCCGGCCTCGAGCTGGGAATCGCCTCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGAGCTCGGACTCGGGCGCCGGCCTCGAGCTGGGAATCGCCTCCTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACGCCCGGCTCCACCGCCTCCACGGGCGGCAAGGCCGACGACCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACGCCCGGCTCCACCGCCTCCACGGGCGGCAAGGCCGACGACCCGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGTGCAAGACCCCGAGTGGGCACATCAAGCGACCCATGAACGCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGTGCAAGACCCCGAGTGGGCACATCAAGCGACCCATGAACGCCTTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGTGGTCGCAGATCGAGCGGCGCAAGATCATGGAGCAGTCGCCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGTGGTCGCAGATCGAGCGGCGCAAGATCATGGAGCAGTCGCCCGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCACAACGCCGAGATCTCCAAGCGGCTGGGCAAACGCTGGAAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCACAACGCCGAGATCTCCAAGCGGCTGGGCAAACGCTGGAAGCTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAGACAGCGACAAGATCCCTTTCATTCGAGAGGCGGAGCGGCTGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAGACAGCGACAAGATCCCTTTCATTCGAGAGGCGGAGCGGCTGCGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGCACATGGCTGACTACCCCGACTACAAGTACCGGCCCAGGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGCACATGGCTGACTACCCCGACTACAAGTACCGGCCCAGGAAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAAGTCCGGCAACGCCAACTCCAGCTCCTCGGCCGCCGCCTCCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAAGTCCGGCAACGCCAACTCCAGCTCCTCGGCCGCCGCCTCCTCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGGGGGAGAAGGGAGACAAGGTCGGTGGCAGTGGCGGGGGCGGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGGGGGAGAAGGGAGACAAGGTCGGTGGCAGTGGCGGGGGCGGCCATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCGGCGGCGGCGGCGGGAGCAGCAACGCGGGGGGAGGAGGCGGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCGGCGGCGGCGGCGGGAGCAGCAACGCGGGGGGAGGAGGCGGCGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGAGTGGCGGCGGCGCCAACTCCAAACCGGCGCAGAAAAAGAGCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGAGTGGCGGCGGCGCCAACTCCAAACCGGCGCAGAAAAAGAGCTGCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCAAAGTGGCGGGCGGCGCGGGCGGTGGGGTTAGCAAACCGCACGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCAAAGTGGCGGGCGGCGCGGGCGGTGGGGTTAGCAAACCGCACGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTCATCCTGGCAGGCGGCGGCGGCGGCGGGAAAGCAGCGGCTGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTCATCCTGGCAGGCGGCGGCGGCGGCGGGAAAGCAGCGGCTGCCGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGCCTCCTTCGCCGCCGAACAGGCGGGGGCCGCCGCCCTGCTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCGCCTCCTTCGCCGCCGAACAGGCGGGGGCCGCCGCCCTGCTGCCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCGCCGCCGCCGACCACCACTCGCTGTACAAGGCGCGGACTCCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCGCCGCCGCCGACCACCACTCGCTGTACAAGGCGCGGACTCCCAGCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCGGCCTCCGCCTCCTCGGCAGCCTCGGCCTCCGCAGCGCTCGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCGGCCTCCGCCTCCTCGGCAGCCTCGGCCTCCGCAGCGCTCGCGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGGCAAGCACCTGGCGGAGAAGAAGGTGAAGCGCGTCTACCTGTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGGCAAGCACCTGGCGGAGAAGAAGGTGAAGCGCGTCTACCTGTTCGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGCCTGGGCACGTC          GTCGTCCCCCGCCGCCGGCCGCTCGC
        ||||||||||||||>>>...>>>- |||||||||||||||||||||||||
 100901 GGCCTGGGCACGTCGTC...CCGCCTCGTCCCCCGCCGCCGGCCGCTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 CCGCCGACCACCGCGGCTACGCCAGCCTGCGCGCCGCCTCGCCCGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101064 CCGCCGACCACCGCGGCTACGCCAGCCTGCGCGCCGCCTCGCCCGCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 TCCAGCGCGCCCTCGCACGCGTCCTCCTCGGCCTCGTCCCACTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101114 TCCAGCGCGCCCTCGCACGCGTCCTCCTCGGCCTCGTCCCACTCCTCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041 TTCCTCCTCCTCGGGCTCCTCGTCCTCCGACGACGAGTTCGAAGACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101164 TTCCTCCTCCTCGGGCTCCTCGTCCTCCGACGACGAGTTCGAAGACGACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 TGCTCGACCTGAACCCCAGCTCAAACTTTGAGAGCATGTCCCTGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101214 TGCTCGACCTGAACCCCAGCTCAAACTTTGAGAGCATGTCCCTGGGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 TTCAGTTCGTCGTCGGCGCTCGACCGGGACCTGGATTTTAACTTCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101264 TTCAGTTCGTCGTCGGCGCTCGACCGGGACCTGGATTTTAACTTCGAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 CGGCTCCGGCTCGCACTTCGAGTTCCCGGACTACTGCACGCCCGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101314 CGGCTCCGGCTCGCACTTCGAGTTCCCGGACTACTGCACGCCCGAGGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 GCGAGATGATCTCGGGAGACTGGCTCGAGTCCAGCATCTCCAACCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101364 GCGAGATGATCTCGGGAGACTGGCTCGAGTCCAGCATCTCCAACCTGGTT

   1300     .
   1291 TTCACCTAC
        |||||||||
 101414 TTCACCTAC