seq1 = pF1KB9429.tfa, 1680 bp
seq2 = pF1KB9429/gi568815581f_36849126.tfa (gi568815581f:36849126_37156661), 307536 bp

>pF1KB9429 1680
>gi568815581f:36849126_37156661 (Chr17)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-283  (101089-101280)   100% ->
284-694  (103761-104171)   100% ->
695-832  (104645-104782)   100% ->
833-947  (137492-137606)   100% ->
948-1149  (139394-139595)   100% ->
1150-1314  (140122-140286)   100% ->
1315-1398  (141649-141732)   100% ->
1399-1466  (169880-169947)   100% ->
1467-1547  (171809-171889)   100% ->
1548-1619  (182489-182560)   100% ->
1620-1680  (207476-207536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGCCGCAGCCCCTGGCGCTGCAACTGGAACAGTTGTTGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGCCGCAGCCCCTGGCGCTGCAACTGGAACAGTTGTTGAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGACCAAGCGAGGCGGACCCTGAAGCGGACCCCGAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GCGACCAAGCGAGGCGGACCCTGAAGCGGACCCCGAGGAAGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACTGCTGCCAGGGTGATTGACAGGTTTGATGAAGGGGAAGATGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101089 CCACTGCTGCCAGGGTGATTGACAGGTTTGATGAAGGGGAAGATGGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGATTTCCTAGTAGTGGGTAGCATTAGAAAACTGGCATCAGCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101139 GGTGATTTCCTAGTAGTGGGTAGCATTAGAAAACTGGCATCAGCCTCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGGACACGGACAAAAGGTATTGCGGCAAAACCACCTCTAGAAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101189 CTTGGACACGGACAAAAGGTATTGCGGCAAAACCACCTCTAGAAAAGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAATGAAGACCATTGGGAGCAGACTCTGCCAGGATCGTCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101239 GGAATGAAGACCATTGGGAGCAGACTCTGCCAGGATCGTCTGGTG...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  ATGAGGAAATATCTGATGAGGAAGGGTCTGGAGATGAAGATTCAGAGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103760 GATGAGGAAATATCTGATGAGGAAGGGTCTGGAGATGAAGATTCAGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTGGGTCTGGAGGAATATGATGAGGACGACCTGGGTGCTGCTGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103810 ACTGGGTCTGGAGGAATATGATGAGGACGACCTGGGTGCTGCTGAGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAGTGTGGTGATCACAGGGAGAGCAAGAAGAGCAGAAGCCACTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103860 AGGAGTGTGGTGATCACAGGGAGAGCAAGAAGAGCAGAAGCCACTCTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAACACCGGGCTTCAGTGTCCAGAGTATCAGTGACTTTGAGAAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103910 AAAACACCGGGCTTCAGTGTCCAGAGTATCAGTGACTTTGAGAAATTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGGGAATGGATGACCTTGGGAGCAGTGAGGAGGAGGAAGACGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103960 CAAGGGAATGGATGACCTTGGGAGCAGTGAGGAGGAGGAAGACGAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTGGCATGGAAGAAGGGGATGACGCGGAAGACTCCCAAGGCGAGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104010 GTGGCATGGAAGAAGGGGATGACGCGGAAGACTCCCAAGGCGAGAGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGACAGGGCTGGAGATAGAAACAGTGAGGATGATGGTGTGGTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104060 GAAGACAGGGCTGGAGATAGAAACAGTGAGGATGATGGTGTGGTGATGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTCTCTAGTGTCAAAGTTTCTGAGGAAGTGGAGAAAGGAAGAGCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 CTTCTCTAGTGTCAAAGTTTCTGAGGAAGTGGAGAAAGGAAGAGCCGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGAACCAGATAG         CACTGTGGGACCAGCTCTTGGAAGGAAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104160 AGAACCAGATAGGTT...CAGCACTGTGGGACCAGCTCTTGGAAGGAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCAAACTACAAAAAGCTCTGTTGACCACCAACCAGCTTCCTCAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104674 ATCAAACTACAAAAAGCTCTGTTGACCACCAACCAGCTTCCTCAACCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTTTTCCCATTGTTCAAGGACAAAGGTGGCCCAGAATTTTCCAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104724 TGTTTTCCCATTGTTCAAGGACAAAGGTGGCCCAGAATTTTCCAGTGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGAAAAATA         GTCACAAGGCACTTAAAGCATTGTTGAGGTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104774 TGAAAAATAGTA...CAGGTCACAAGGCACTTAAAGCATTGTTGAGGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTGGTAGGTCTTCAGGAAGAGTTGCTTTTCCAGTACCCAGACACTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137524 TTGGTAGGTCTTCAGGAAGAGTTGCTTTTCCAGTACCCAGACACTAGATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCTAGTAGATGGGACAAAGCCCAATGCGGGAAG         TGAGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 137574 TCTAGTAGATGGGACAAAGCCCAATGCGGGAAGGTA...TAGTGAGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTTCTAGTGAAGATGATGAGCTGGTAGAAGAGAAGAAGCAGCAACGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139402 TTTCTAGTGAAGATGATGAGCTGGTAGAAGAGAAGAAGCAGCAACGAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGGGTCCCTGCAAAGAGGAAGCTGGAGATGGAGGACTATCCCAGCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139452 AGGGTCCCTGCAAAGAGGAAGCTGGAGATGGAGGACTATCCCAGCTTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGCAAAGCGCTTTGCCGACTTTACAGTCTACAGGAACCGCACACTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139502 GGCAAAGCGCTTTGCCGACTTTACAGTCTACAGGAACCGCACACTTCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AATGGCACGATAAGACCAAACTGGCTTCTGGAAAACTGGGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 139552 AATGGCACGATAAGACCAAACTGGCTTCTGGAAAACTGGGGAAGGCA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150    GGTTTTGGTGCCTTTGAACGCTCAATCTTGACTCAGATCGACCATAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140119 CAGGGTTTTGGTGCCTTTGAACGCTCAATCTTGACTCAGATCGACCATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTGATGGACAAAGAGAGATTACTTCGAAGGACACAGACCAAGCGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140169 TCTGATGGACAAAGAGAGATTACTTCGAAGGACACAGACCAAGCGCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCTATCGAGTTCTTGGCAAACCTGAGCCAGCAGCTCAGCCTGTCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140219 TCTATCGAGTTCTTGGCAAACCTGAGCCAGCAGCTCAGCCTGTCCCAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGTTTGCCAGGGGAACCG         GAGATCCTTCCTCAAGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 140269 AGTTTGCCAGGGGAACCGGTA...TAGGAGATCCTTCCTCAAGCCCCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TAATGCTCATCTGAAGGACTTGGATGAAGAAATCTTTGATGATGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141672 TAATGCTCATCTGAAGGACTTGGATGAAGAAATCTTTGATGATGATGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTTACCACCAG         CTCCTTCGAGAACTCATAGAACGGAAGACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 141722 TTTACCACCAGGTG...TAGCTCCTTCGAGAACTCATAGAACGGAAGACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AGCTCCTTGGATCCCAACGATCAGGTGGCCATGGGAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 169910 AGCTCCTTGGATCCCAACGATCAGGTGGCCATGGGAAGGTA...CAGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTGGCTTGCAATCCAGAAGTTACGAAGCAAAATCCACAAAAAAGTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171812 GTGGCTTGCAATCCAGAAGTTACGAAGCAAAATCCACAAAAAAGTAGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGAAAGCCAGCAAAGGCAGGAAACTTCG         GTTTCATGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 171862 GGAAAGCCAGCAAAGGCAGGAAACTTCGGTG...TAGGTTTCATGTCCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AGCAAGCTACTGAGTTTCATGGCACCTATTGACCATACTACAATGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182502 AGCAAGCTACTGAGTTTCATGGCACCTATTGACCATACTACAATGAATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGATGCCAG         GACAGAACTGTACCGCTCTCTTTTTGGCCAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 182552 TGATGCCAGGTG...TAGGACAGAACTGTACCGCTCTCTTTTTGGCCAGC

   1750     .    :    .    :    .
   1652 TCCACCCTCCCGACGAAGGCCACGGGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 207508 TCCACCCTCCCGACGAAGGCCACGGGGAT