seq1 = pF1KB9426.tfa, 2049 bp
seq2 = pF1KB9426/gi568815584f_61222102.tfa (gi568815584f:61222102_61649828), 427727 bp

>pF1KB9426 2049
>gi568815584f:61222102_61649828 (Chr14)

1-363  (100001-100363)   100% ->
364-427  (169124-169187)   100% ->
428-578  (221010-221160)   100% ->
579-613  (223591-223625)   100% ->
614-702  (227063-227151)   100% ->
703-832  (228741-228870)   100% ->
833-960  (231125-231252)   100% ->
961-1104  (235075-235218)   100% ->
1105-1278  (235405-235578)   100% ->
1279-1433  (263401-263555)   100% ->
1434-1572  (306974-307112)   100% ->
1573-1761  (308306-308494)   99% ->
1762-1905  (325642-325785)   100% ->
1906-2049  (327584-327727)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCTGGCACCATGAAGTTCAATGGCTATTTGAGGGTCCGCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCTGGCACCATGAAGTTCAATGGCTATTTGAGGGTCCGCATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGCAGTGGGGCTGCAGCCCACCCGCTGGTCCCTGCGCCACTCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGCAGTGGGGCTGCAGCCCACCCGCTGGTCCCTGCGCCACTCGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGAAGGGCCACCAGCTGCTGGACCCCTATCTGACGGTGAGCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGAAGGGCCACCAGCTGCTGGACCCCTATCTGACGGTGAGCGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGTGCGCGTGGGCCAGACCAGCACCAAGCAGAAGACCAACAAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGTGCGCGTGGGCCAGACCAGCACCAAGCAGAAGACCAACAAACCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTACAACGAGGAGTTTTGCGCTAACGTCACCGACGGCGGCCACCTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTACAACGAGGAGTTTTGCGCTAACGTCACCGACGGCGGCCACCTCGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCCGTCTTCCACGAGACGCCCCTGGGCTACGACCACTTCGTGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCCGTCTTCCACGAGACGCCCCTGGGCTACGACCACTTCGTGGCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCACCCTGCAGTTCCAGGAGCTGCTGCGCACGACCGGCGCCTCGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCACCCTGCAGTTCCAGGAGCTGCTGCGCACGACCGGCGCCTCGGACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCGAGGGTTGG         GTGGATCTCGAGCCAGAGGGGAAAGTAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTCGAGGGTTGGGTG...TAGGTGGATCTCGAGCCAGAGGGGAAAGTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGTGGTAATAACCCTTACCGGGAGTTTCACTGAAG         CTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 169152 TTGTGGTAATAACCCTTACCGGGAGTTTCACTGAAGGTA...TAGCTACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCCAGAGAGACCGGATCTTCAAACATTTTACCAGGAAGCGCCAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221015 CTCCAGAGAGACCGGATCTTCAAACATTTTACCAGGAAGCGCCAAAGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATGCGAAGGCGAGTCCACCAGATCAATGGACACAAGTTCATGGCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221065 TATGCGAAGGCGAGTCCACCAGATCAATGGACACAAGTTCATGGCCACGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATCTGAGGCAGCCCACCTACTGCTCTCACTGCAGGGAGTTTATCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 221115 ATCTGAGGCAGCCCACCTACTGCTCTCACTGCAGGGAGTTTATCTGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579      GGGAGTGTTTGGGAAACAGGGTTATCAGTGCCAAG         T
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 221165 ..CAGGGGAGTGTTTGGGAAACAGGGTTATCAGTGCCAAGGTA...TAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGCACCTGTGTCGTCCATAAACGCTGCCATCATCTAATTGTTACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227064 GTGCACCTGTGTCGTCCATAAACGCTGCCATCATCTAATTGTTACAGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTACTTGCCAAAACAATATTAACAAAGTGGATTCAAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 227114 GTACTTGCCAAAACAATATTAACAAAGTGGATTCAAAGGTA...CAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAGAACAGAGGTTCGGGATCAACATCCCACACAAGTTCAGCATCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228744 GCAGAACAGAGGTTCGGGATCAACATCCCACACAAGTTCAGCATCCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTACAAAGTGCCAACATTCTGCGATCACTGTGGCTCACTGCTCTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228794 CTACAAAGTGCCAACATTCTGCGATCACTGTGGCTCACTGCTCTGGGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAATGCGACAAGGACTTCAGTGTAAAA         TATGTAAAATGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 228844 TAATGCGACAAGGACTTCAGTGTAAAAGTG...TAGTATGTAAAATGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGCATATTCGATGTCAAGCGAACGTGGCCCCTAACTGTGGGGTAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231139 GTGCATATTCGATGTCAAGCGAACGTGGCCCCTAACTGTGGGGTAAATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTGGAACTTGCCAAGACCCTGGCAGGGATGGGTCTCCAACCCGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231189 GGTGGAACTTGCCAAGACCCTGGCAGGGATGGGTCTCCAACCCGGAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTTCTCCAACCTCG         AAACTCGTTTCCAGATCGACCCTAAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 231239 TTTCTCCAACCTCGGTG...CAGAAACTCGTTTCCAGATCGACCCTAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGACAGGGAAAGGAGAGCAGCAAAGAAGGAAATGGGATTGGGGTTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235102 CGACAGGGAAAGGAGAGCAGCAAAGAAGGAAATGGGATTGGGGTTAATTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTCCAACCGACTTGGTATCGACAACTTTGAGTTCATCCGAGTGTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235152 TTCCAACCGACTTGGTATCGACAACTTTGAGTTCATCCGAGTGTTGGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGGGAGTTTTGGGAAG         GTGATGCTTGCAAGAGTAAAAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 235202 AGGGGAGTTTTGGGAAGGTG...TAGGTGATGCTTGCAAGAGTAAAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACAGGAGACCTCTATGCTGTGAAGGTGCTGAAGAAGGACGTGATTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235429 ACAGGAGACCTCTATGCTGTGAAGGTGCTGAAGAAGGACGTGATTCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGATGATGATGTGGAATGCACCATGACCGAGAAAAGGATCCTGTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235479 GGATGATGATGTGGAATGCACCATGACCGAGAAAAGGATCCTGTCTCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCGCAATCACCCCTTCCTCACTCAGTTGTTCTGCTGCTTTCAGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235529 CCCGCAATCACCCCTTCCTCACTCAGTTGTTCTGCTGCTTTCAGACCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279          GATCGTCTGTTTTTTGTGATGGAGTTTGTGAATGGGGGTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235579 GTA...CAGGATCGTCTGTTTTTTGTGATGGAGTTTGTGAATGGGGGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTTGATGTTCCACATTCAGAAGTCTCGTCGTTTTGATGAAGCACGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263442 CTTGATGTTCCACATTCAGAAGTCTCGTCGTTTTGATGAAGCACGAGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCTTCTATGCTGCAGAAATCATTTCGGCTCTCATGTTCCTCCATGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263492 GCTTCTATGCTGCAGAAATCATTTCGGCTCTCATGTTCCTCCATGATAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGAATCATCTATAG         AGATCTGAAACTGGACAATGTCCTGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 263542 GGAATCATCTATAGGTG...CAGAGATCTGAAACTGGACAATGTCCTGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGACCACGAGGGTCACTGTAAACTGGCAGACTTCGGAATGTGCAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307001 GGACCACGAGGGTCACTGTAAACTGGCAGACTTCGGAATGTGCAAGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GGATTTGCAATGGTGTCACCACGGCCACATTCTGTGGCACGCCAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307051 GGATTTGCAATGGTGTCACCACGGCCACATTCTGTGGCACGCCAGACTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATCGCTCCAGAG         ATCCTCCAGGAAATGCTGTACGGGCCTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 307101 ATCGCTCCAGAGGTG...CAGATCCTCCAGGAAATGCTGTACGGGCCTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGTAGACTGGTGGGCAATGGGCGTGTTGCTCTATGAGATGCTCTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308335 AGTAGACTGGTGGGCAATGGGCGTGTTGCTCTATGAGATGCTCTGTGGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ACGCGCCTTTTGAGGCAGAGAATGAAGATGACCTCTTTGAGGCCATACTG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 308385 ACGCGCCTTTTGAGGCAGAGAACGAAGATGACCTCTTTGAGGCCATACTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AATGATGAGGTGGTCTACCCTACCTGGCTCCATGAAGATGCCACAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308435 AATGATGAGGTGGTCTACCCTACCTGGCTCCATGAAGATGCCACAGGGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCTAAAATCT         TTCATGACCAAGAACCCCACCATGCGCTTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 308485 CCTAAAATCTGTA...CAGTTCATGACCAAGAACCCCACCATGCGCTTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GCAGCCTGACTCAGGGAGGCGAGCACGCCATCTTGAGACATCCTTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325673 GCAGCCTGACTCAGGGAGGCGAGCACGCCATCTTGAGACATCCTTTTTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAGGAAATCGACTGGGCCCAGCTGAACCATCGCCAAATAGAACCGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325723 AAGGAAATCGACTGGGCCCAGCTGAACCATCGCCAAATAGAACCGCCTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CAGACCCAGAATC         AAATCCCGAGAAGATGTCAGTAATTTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 325773 CAGACCCAGAATCGTA...CAGAAATCCCGAGAAGATGTCAGTAATTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ACCCTGACTTCATAAAGGAAGAGCCAGTTTTAACTCCAATTGATGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327612 ACCCTGACTTCATAAAGGAAGAGCCAGTTTTAACTCCAATTGATGAGGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CATCTTCCAATGATTAACCAGGATGAGTTTAGAAACTTTTCCTATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327662 CATCTTCCAATGATTAACCAGGATGAGTTTAGAAACTTTTCCTATGTGTC

   2150     .    :    .
   2034 TCCAGAATTGCAACCA
        ||||||||||||||||
 327712 TCCAGAATTGCAACCA