seq1 = pF1KB9390.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KB9390/gi568815583f_62948576.tfa (gi568815583f:62948576_63169940), 221365 bp

>pF1KB9390 735
>gi568815583f:62948576_63169940 (Chr15)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-266  (108410-108543)   99% ->
267-384  (110988-111105)   99% ->
385-455  (112294-112364)   100% ->
456-531  (113138-113213)   100% ->
532-594  (113640-113702)   100% ->
595-664  (114001-114070)   100% ->
665-735  (121295-121365)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGAGTAGCTCGCTGGAGGCGGTGCGCAGGAAGATCCGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGAGTAGCTCGCTGGAGGCGGTGCGCAGGAAGATCCGGAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGAGCAGGCGGACGCCGCTGAGGAGCGCGCGGGCACCCTGCAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGAGCAGGCGGACGCCGCTGAGGAGCGCGCGGGCACCCTGCAGCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGGACCACGAGAGGAAGCTGAGGGAGACC         GCTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 AGCTGGACCACGAGAGGAAGCTGAGGGAGACCGTA...TAGGCTGAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACGTAGCTTCTCTGAACAGACGCATCCAGCTGGTTGAGGAAGAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108419 GACGTAGCTTCTCTGAACAGACGCATCCAGCTGGTTGAGGAAGAGTTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGTGCCCAGGAGCGTCTGGCAACAGCTTTGCAGAAGCTGGAGGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108469 TCGTGCCCAGGAGCGTCTGGCAACAGCTTTGCAGAAGCTGGAGGAAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAGGCAGCAGATGGGAGTGAGAG         AGGCATGAAAGTCATT
        ||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108519 AGAAGGCAGCAGATGAGAGTGAGAGGTG...CAGAGGCATGAAAGTCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAGTCGAGCCCAAAAAGATGAAGAAAAAATGGAAATTCAGGAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111004 GAGAGTCGAGCCCAAAAAGATGAAGAAAAAATGGAAATTCAGGAGATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTGAAAGAGGCAAAGCACATTGCTGAAGATGCCGACCGCAAATATGAAG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111054 ACTGAAAGAGGCCAAGCACATTGCTGAAGATGCCGACCGCAAATATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         GTGGCCCGTAAGCTGGTCATCATTGAGAGCGACCTGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111104 AGGTC...CAGGTGGCCCGTAAGCTGGTCATCATTGAGAGCGACCTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGTGCAGAGGAGCGGGCTGAGCTCTCAGAAGG         CAAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112333 CGTGCAGAGGAGCGGGCTGAGCTCTCAGAAGGGTA...TAGCAAATGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAGCTTGAAGAAGAATTGAAAACTGTGACGAACAACTTGAAGTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113147 CGAGCTTGAAGAAGAATTGAAAACTGTGACGAACAACTTGAAGTCACTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGCTCAGGCTGAGAAG         TACTCGCAGAAGGAAGACAGATAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113197 AGGCTCAGGCTGAGAAGGTA...CAGTACTCGCAGAAGGAAGACAGATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGAAGAGATCAAGGTCCTTTCCGACAAGCTGAAGGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113664 GAGGAAGAGATCAAGGTCCTTTCCGACAAGCTGAAGGAGGTA...CAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAGACTCGGGCTGAGTTTGCGGAGAGGTCAGTAACTAAATTGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114003 TGAGACTCGGGCTGAGTTTGCGGAGAGGTCAGTAACTAAATTGGAGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATTGATGACTTAGAAG         ATCAACTCTACCAGCAACTTGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114053 GCATTGATGACTTAGAAGGTA...CAGATCAACTCTACCAGCAACTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    688 CAAAATCGCCGCCTCACTAATGAACTAAAGCTGGCCCTGAATGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121318 CAAAATCGCCGCCTCACTAATGAACTAAAGCTGGCCCTGAATGAGGAT