seq1 = pF1KB9273.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB9273/gi568815576f_46235765.tfa (gi568815576f:46235765_46456951), 221187 bp

>pF1KB9273 1128
>gi568815576f:46235765_46456951 (Chr22)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-248  (102015-102180)   100% ->
249-355  (107498-107604)   100% ->
356-478  (110658-110780)   100% ->
479-651  (114527-114699)   100% ->
652-705  (116357-116410)   100% ->
706-772  (116500-116566)   100% ->
773-873  (118003-118103)   100% ->
874-1018  (119680-119824)   100% ->
1019-1128  (121078-121187)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCTTGCGGCACGTCGTGTGCGCCCTGTCCGGCGGCGTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCCTTGCGGCACGTCGTGTGCGCCCTGTCCGGCGGCGTGGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGTGGCCGCGCTGCTGCTGAGGCGGAGAG         GTTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 CGCCGTGGCCGCGCTGCTGCTGAGGCGGAGAGGTG...CAGGTTACCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACAGGGGTGTTTATGAAGAACTGGGACTCACTGGATGAACATGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102024 TGACAGGGGTGTTTATGAAGAACTGGGACTCACTGGATGAACATGGGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTACTGCCGACAAAGACTGTGAAGATGCTTACAGAGTTTGCCAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102074 TGTACTGCCGACAAAGACTGTGAAGATGCTTACAGAGTTTGCCAGATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACATCCCTTTCCATCAAGTGTCCTACGTAAAGGAGTATTGGAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102124 AGACATCCCTTTCCATCAAGTGTCCTACGTAAAGGAGTATTGGAATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTCAG         TGACTTTTTGAATGAGTATGAAAAAGGAAGGACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102174 TGTTCAGGTG...TAGTGACTTTTTGAATGAGTATGAAAAAGGAAGGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCAATCCTGACATAGTTTGCAACAAGCACATCAAATTTAGTTGCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107532 CCCAATCCTGACATAGTTTGCAACAAGCACATCAAATTTAGTTGCTTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCATTATGCTGTGGATAATCTTG         GGGCAGATGCCATTGCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107582 TCATTATGCTGTGGATAATCTTGGTA...CAGGGGCAGATGCCATTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGTCACTATGCAAGAACTTCCCTGGAAGATGAAGAAGTCTTTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110676 CAGGTCACTATGCAAGAACTTCCCTGGAAGATGAAGAAGTCTTTGAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCACGTTAAGAAGCCCGAAGGGCTTTTCAGAAATCGGTTTGAAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110726 AAGCACGTTAAGAAGCCCGAAGGGCTTTTCAGAAATCGGTTTGAAGTTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAATG         CGGTAAAACTCCTCCAGGCAGCTGACAGCTTTAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110776 AAATGGTA...CAGCGGTAAAACTCCTCCAGGCAGCTGACAGCTTTAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCAGACCTTCTTTCTCAGCCAGGTTTCCCAGGATGCCCTGAGGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114563 ACCAGACCTTCTTTCTCAGCCAGGTTTCCCAGGATGCCCTGAGGAGAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCTTCCCTCTGGGGGGATTAACGAAAGAGTTTGTAAAGAAAATCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114613 ATCTTCCCTCTGGGGGGATTAACGAAAGAGTTTGTAAAGAAAATCGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGAATAGACTTCATCATGTGCTTCAGAAGAAAGAG         AGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114663 TGAGAATAGACTTCATCATGTGCTTCAGAAGAAAGAGGTA...CAGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGCATGTGTTTCATCGGGAAGAGGAATTTTGAACATTTCCTTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116361 TGGGCATGTGTTTCATCGGGAAGAGGAATTTTGAACATTTCCTTCTTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          TATCTGCAGCCTCGACCTGGTCACTTTATTTCCATAGAAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116411 GTG...CAGTATCTGCAGCCTCGACCTGGTCACTTTATTTCCATAGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAATAAGGTTCTGGGAACACATAAAG         GTTGGTTCCTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116541 CAATAAGGTTCTGGGAACACATAAAGGTG...TAGGTTGGTTCCTGTATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTTGGGCCAGAGAGCAAACATAGGTGGCCTGAGAGAGCCCTGGTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118018 CCTTGGGCCAGAGAGCAAACATAGGTGGCCTGAGAGAGCCCTGGTACGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGGAGAAGGACAGCGTCAAGGGTGACGTGTTTGTG         GCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118068 GTGGAGAAGGACAGCGTCAAGGGTGACGTGTTTGTGGTG...CAGGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCGGACAGACCACCCAGCCCTGTACAGGGACCTGCTGAGGACCAGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119685 CCGGACAGACCACCCAGCCCTGTACAGGGACCTGCTGAGGACCAGCCGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCACTGGATTGCGGAGGAGCCTCCCGCAGCACTGGTCCGGGACAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119735 TGCACTGGATTGCGGAGGAGCCTCCCGCAGCACTGGTCCGGGACAAGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGGAGTGCCACTTCCGATTCCGCCACCAGATGGCACTAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119785 ATGGAGTGCCACTTCCGATTCCGCCACCAGATGGCACTAGGTG...CAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTGCTGTGTTCTACAAGGGGGACGAGTGCCTGGGCAGCGGGAAGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121079 TTGCTGTGTTCTACAAGGGGGACGAGTGCCTGGGCAGCGGGAAGATCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGGCTGGGGCCGTCTGCCTACACGCTCCAGAAGGGCCAGCGCAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121129 CGGCTGGGGCCGTCTGCCTACACGCTCCAGAAGGGCCAGCGCAGAGCTGG

   1200     .
   1120 GATGGCCAC
        |||||||||
 121179 GATGGCCAC