seq1 = pF1KB9268.tfa, 1728 bp
seq2 = pF1KB9268/gi568815588r_27954068.tfa (gi568815588r:27954068_28338604), 384537 bp

>pF1KB9268 1728
>gi568815588r:27954068_28338604 (Chr10)

(complement)

1-37  (100001-100037)   100% ->
38-156  (136334-136452)   100% ->
157-234  (188546-188623)   100% ->
235-315  (191042-191122)   100% ->
316-447  (206914-207045)   100% ->
448-529  (213514-213595)   100% ->
530-615  (214489-214574)   100% ->
616-690  (217937-218011)   100% ->
691-887  (218215-218411)   100% ->
888-952  (218890-218954)   100% ->
953-1123  (248764-248934)   99% ->
1124-1204  (268753-268833)   100% ->
1205-1298  (278862-278955)   100% ->
1299-1407  (280002-280110)   100% ->
1408-1551  (281982-282125)   100% ->
1552-1728  (284361-284537)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGCTTTGTCAACGGGATCTGGGAGTGACACTG         GTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100001 ATGCCAGCTTTGTCAACGGGATCTGGGAGTGACACTGGTA...TAGGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTATGAGCTGTTGGCTGCTCTGCCAGCCCAGCTGCAGCCACATGTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136338 GTATGAGCTGTTGGCTGCTCTGCCAGCCCAGCTGCAGCCACATGTGGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGGAAGACCTGACCTTCCTCTGGGATATGTTTGGTGAAAAAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136388 GCCAGGAAGACCTGACCTTCCTCTGGGATATGTTTGGTGAAAAAAGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTCATTGGTAAAG         ATTCATGAAAAACTACACTACTATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 136438 CATTCATTGGTAAAGGTA...CAGATTCATGAAAAACTACACTACTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGCAGAGTCCGGTGCCCATTCTCCATGGTGCGGCGGCCTTGGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188572 GAAGCAGAGTCCGGTGCCCATTCTCCATGGTGCGGCGGCCTTGGCCGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AT         CTGGCCGAAGAGCTTCAGAACAAGCCATTAAACAGTGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188622 ATGTA...CAGCTGGCCGAAGAGCTTCAGAACAAGCCATTAAACAGTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCAGAGAGCTGTTGAAACTACTGTCAAAACCCAATGTGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 191081 ATCAGAGAGCTGTTGAAACTACTGTCAAAACCCAATGTGAAGGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316  GCTTTGCTCTCTGTACATGATACTGTGGCTCAGAAGAATTACGACCCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206913 GGCTTTGCTCTCTGTACATGATACTGTGGCTCAGAAGAATTACGACCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGTTGCCTCCTATGCCTGAAGATATTGACGATGAGGAAGACTCAGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206963 TGTTGCCTCCTATGCCTGAAGATATTGACGATGAGGAAGACTCAGTAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATAATCCGTCTGGTCAAAAATAGAGAACCACTG         GGAGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 207013 ATAATCCGTCTGGTCAAAAATAGAGAACCACTGGTG...AAGGGAGCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATTAAGAAGGATGAACAGACCGGGGCGATCATTGTGGCCAGAATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213522 CATTAAGAAGGATGAACAGACCGGGGCGATCATTGTGGCCAGAATCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGGAGGAGCTGCAGATAGAAGTG         GTCTTATTCATGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 213572 GAGGAGGAGCTGCAGATAGAAGTGGTG...CAGGTCTTATTCATGTTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GATGAACTTAGGGAAGTCAACGGGATACCAGTGGAGGATAAAAGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214506 GATGAACTTAGGGAAGTCAACGGGATACCAGTGGAGGATAAAAGGCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGAAATAATACAGATTTTG         GCTCAGTCTCAGGGAGCAATTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 214556 GGAAATAATACAGATTTTGGTA...CAGGCTCAGTCTCAGGGAGCAATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CATTTAAGATTATACCCGGCAGCAAAGAGGAGACACCATCAAAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217959 CATTTAAGATTATACCCGGCAGCAAAGAGGAGACACCATCAAAAGAAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAG         ATGTTTATCAAAGCCCTCTTTGACTATAATCCTAATGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218009 AAGGTA...CAGATGTTTATCAAAGCCCTCTTTGACTATAATCCTAATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGATAAGGCAATTCCATGTAAGGAAGCTGGGCTTTCTTTCAAAAAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218253 GGATAAGGCAATTCCATGTAAGGAAGCTGGGCTTTCTTTCAAAAAGGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATATTCTTCAGATTATGAGCCAAGATGATGCAACTTGGTGGCAAGCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218303 ATATTCTTCAGATTATGAGCCAAGATGATGCAACTTGGTGGCAAGCGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CACGAAGCTGATGCCAACCCCAGGGCAGGCTTGATCCCCTCAAAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218353 CACGAAGCTGATGCCAACCCCAGGGCAGGCTTGATCCCCTCAAAGCATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCAGGAAAG         GAGATTGGCTTTGAGACGACCAGAAATATTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 218403 CCAGGAAAGGTG...CAGGAGATTGGCTTTGAGACGACCAGAAATATTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTCAGCCCCTGAAAGTTTCCAACAGGAAATCAT         CTGGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 218922 TTCAGCCCCTGAAAGTTTCCAACAGGAAATCATGTA...CAGCTGGTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGAAGAAGTTTTCGTCTTAGTAGAAAAGATAAGAAAACAAATAAATCCAT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248772 AGAAAAAGTTTTCGTCTTAGTAGAAAAGATAAGAAAACAAATAAATCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTATGAATGCAAGAAGAGTGATCAGTACGACACAGCTGACGTACCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248822 GTATGAATGCAAGAAGAGTGATCAGTACGACACAGCTGACGTACCCACAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACGAAGAAGTGACACCGTATCGGCGACAAACTAATGAAAAATACAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248872 ACGAAGAAGTGACACCGTATCGGCGACAAACTAATGAAAAATACAGACTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTTGTCTTGGTTG         GTCCCGTGGGAGTAGGGCTGAATGAACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 248922 GTTGTCTTGGTTGGTA...CAGGTCCCGTGGGAGTAGGGCTGAATGAACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAAACGAAAGCTGCTGATCAGTGACACCCAGCACTATGGCGTGACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268781 GAAACGAAAGCTGCTGATCAGTGACACCCAGCACTATGGCGTGACAGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCC         ATACCACCAGAGCAAGAAGAAGCCAGGAGAGTGATGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268831 CCCGTG...TAGATACCACCAGAGCAAGAAGAAGCCAGGAGAGTGATGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTTGAATACATTTTCATTTCCAAGCATTTGTTTGAGACAGATGTACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278900 GTTGAATACATTTTCATTTCCAAGCATTTGTTTGAGACAGATGTACAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TAACAA         GTTTATTGAATATGGAGAATATAAAAACAACTACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278950 TAACAAGTA...CAGGTTTATTGAATATGGAGAATATAAAAACAACTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ACGGCACAAGTATAGACTCAGTTCGGTCTGTCCTTGCTAAAAACAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280037 ACGGCACAAGTATAGACTCAGTTCGGTCTGTCCTTGCTAAAAACAAAGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TGTTTGTTGGATGTTCAGCCTCAT         ACAGTGAAGCATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 280087 TGTTTGTTGGATGTTCAGCCTCATGTA...TAGACAGTGAAGCATTTAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GACACTAGAATTTAAGCCCTATGTGATATTTATAAAGCCTCCATCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281999 GACACTAGAATTTAAGCCCTATGTGATATTTATAAAGCCTCCATCAATAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGCGTTTGAGAGAAACAAGAAAAAATGCAAAGATTATTTCAAGCAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282049 AGCGTTTGAGAGAAACAAGAAAAAATGCAAAGATTATTTCAAGCAGAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GACCAAGGTGCTGCAAAACCCTTCACA         GAAGAAGATTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 282099 GACCAAGGTGCTGCAAAACCCTTCACAGTA...TAGGAAGAAGATTTTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 AGAAATGATTAAATCTGCACAGATAATGGAAAGTCAATATGGTCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284375 AGAAATGATTAAATCTGCACAGATAATGGAAAGTCAATATGGTCATCTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TTGACAAAATTATAATAAATGATGACCTCACTGTGGCATTCAATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284425 TTGACAAAATTATAATAAATGATGACCTCACTGTGGCATTCAATGAGCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AAAACAACTTTTGACAAATTAGAGACAGAGACCCATTGGGTGCCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284475 AAAACAACTTTTGACAAATTAGAGACAGAGACCCATTGGGTGCCAGTGAG

   1850     .    :
   1716 CTGGTTACATTCA
        |||||||||||||
 284525 CTGGTTACATTCA