seq1 = pF1KB9128.tfa, 2706 bp
seq2 = pF1KB9128/gi568815575r_139485066.tfa (gi568815575r:139485066_139742518), 257453 bp

>pF1KB9128 2706
>gi568815575r:139485066_139742518 (ChrX)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-171  (110065-110184)   100% ->
172-321  (112675-112824)   100% ->
322-455  (115763-115896)   100% ->
456-570  (116212-116326)   100% ->
571-690  (122813-122932)   100% ->
691-882  (124815-125006)   100% ->
883-1074  (126046-126237)   100% ->
1075-1246  (127467-127638)   100% ->
1247-1294  (129256-129303)   100% ->
1295-1332  (132181-132218)   100% ->
1333-1421  (134740-134828)   100% ->
1422-1488  (136740-136806)   100% ->
1489-1604  (137535-137650)   100% ->
1605-1674  (137769-137838)   100% ->
1675-1767  (140021-140113)   100% ->
1768-1860  (144021-144113)   100% ->
1861-1986  (144934-145059)   100% ->
1987-2208  (145749-145970)   100% ->
2209-2301  (152592-152684)   100% ->
2302-2380  (154081-154159)   100% ->
2381-2453  (154731-154803)   100% ->
2454-2563  (156032-156141)   100% ->
2564-2676  (157341-157453)   100% ->
2677-2706  (160016-160045)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGCAAATCCCCGGAGAGGCAAGATGAGGTTCAGAAGGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAAGCAAATCCCCGGAGAGGCAAGATGAGGTTCAGAAGGAATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GCTTCCTTCCCTGGGAACTTGCACTTGGTTTTGGTTTTAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGCTTCCTTCCCTGGGAACTTGCACTTGGTTTTGGTTTTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCCTACCAGCTTTCTTCAACGAACGTTCACAGACATTGGATTTTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110105 GTCCTACCAGCTTTCTTCAACGAACGTTCACAGACATTGGATTTTGGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCAGGAGGATTTTATGCTTAAATTACCA         GCTATAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110155 AGTCAGGAGGATTTTATGCTTAAATTACCAGTA...CAGGCTATAGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTTGCCCTCACAGTGAAAGAAATGGCTCAGATGTTACAGTCCTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112686 TTTTGCCCTCACAGTGAAAGAAATGGCTCAGATGTTACAGTCCTTTGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAACTGGCTGAGACAGAACTACCAGATGATATTCCCTCAATAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112736 CTGAACTGGCTGAGACAGAACTACCAGATGATATTCCCTCAATAGAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCTGGCAATTCGTGCTGAAAGGTATCATCTGTTGAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112786 ATTCTGGCAATTCGTGCTGAAAGGTATCATCTGTTGAAGGTA...CAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATATTACAGCTGTAACCAAAGAAGGAAAAATTCTGCTAACAAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115765 TGATATTACAGCTGTAACCAAAGAAGGAAAAATTCTGCTAACAAATCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGTGCCTGACACTGAAGGAGCTGTCAGTTCAAGACTAGAATGTCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115815 AAGTGCCTGACACTGAAGGAGCTGTCAGTTCAAGACTAGAATGTCATCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAATAAGTGGTGACTGGCAAACTATTAATAA         GTTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115865 CAAATAAGTGGTGACTGGCAAACTATTAATAAGTG...AAGGTTGCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAAGTACATGATATGGAAACAGCTTTTGATGGATTTTGGGAAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116221 TCAAGTACATGATATGGAAACAGCTTTTGATGGATTTTGGGAAAAACATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATTAAAAATGGAGCAGTATCTGCAACTATGGAAGTTTGAGCAGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116271 AATTAAAAATGGAGCAGTATCTGCAACTATGGAAGTTTGAGCAGGATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAACAG         CTTGTGACTGAAGTTGAATTTCTATTAAACCAACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116321 CAACAGGTC...TAGCTTGTGACTGAAGTTGAATTTCTATTAAACCAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCAGAACTGGCTGATGTAACAGGGACTATAGCTCAAGTAAAACAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122848 AGCAGAACTGGCTGATGTAACAGGGACTATAGCTCAAGTAAAACAAAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAAAAAAATTGGAAAACTTAGATGAAAATTCTCAG         GAGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122898 TAAAAAAATTGGAAAACTTAGATGAAAATTCTCAGGTA...CAGGAGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTATCAAAGGCCCAGTTTGTGATATTACATGGACACAAGCTTGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124821 TTATCAAAGGCCCAGTTTGTGATATTACATGGACACAAGCTTGCAGCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCACCATTATGCACTTGATTTAATCTGCCAGAGGTGCAATGAGCTACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124871 TCACCATTATGCACTTGATTTAATCTGCCAGAGGTGCAATGAGCTACGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCTTTCTGATATTTTGGTTAATGAGATAAAAGCAAAACGGATACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124921 ACCTTTCTGATATTTTGGTTAATGAGATAAAAGCAAAACGGATACAACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCAGGACCTTCAAAATGCATAAACTCCTACAGCAG         GCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 124971 AGCAGGACCTTCAAAATGCATAAACTCCTACAGCAGGTA...CAGGCTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAATGCTGTGATGAAGGGGAATGTCTTCTAGCTAATCAGGAAATAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126051 TCAATGCTGTGATGAAGGGGAATGTCTTCTAGCTAATCAGGAAATAGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGTTTCAGTCTAAAGAAGATGCTCAGAAAGCTCTCCAAGACATTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126101 AGTTTCAGTCTAAAGAAGATGCTCAGAAAGCTCTCCAAGACATTGAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTCTTGAAATGGCTCTACCCTTTATAAATTATGAACCTGAAACACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126151 TTTCTTGAAATGGCTCTACCCTTTATAAATTATGAACCTGAAACACTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTATGAATTTGATGTAATATTATCTCCTGAGCTTAAG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126201 GTATGAATTTGATGTAATATTATCTCCTGAGCTTAAGGTA...CAGGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAATGAAGACTATACAACTCAAGCTTGAAAACATTCGAAGTATATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127471 AAATGAAGACTATACAACTCAAGCTTGAAAACATTCGAAGTATATTTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACCAGCAGGCTGGTTTCAGGAACCTGGCAGATAAGCATGTGAGGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127521 AACCAGCAGGCTGGTTTCAGGAACCTGGCAGATAAGCATGTGAGGCCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCAATTTGTGGTACCCACACCTGAAAATTTGGTCACATCTGGGACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127571 CCAATTTGTGGTACCCACACCTGAAAATTTGGTCACATCTGGGACACCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTTTTTCATCTAAACAAG         TGGGAGTTGGATACTCTTTCTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 127621 TTTTTTCATCTAAACAAGGTA...CAGTGGGAGTTGGATACTCTTTCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAAGCATGTAAACTTTTTTCAAAAG         GGAAGAAGACTTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 129279 CAAGCATGTAAACTTTTTTCAAAAGGTA...CAGGGAAGAAGACTTGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACAAAATCAGAGCAACTTAAAA         ATTGAAGTGGTGCCTGATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 132197 ACAAAATCAGAGCAACTTAAAAGTA...CAGATTGAAGTGGTGCCTGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GTCAGGAGAAGAGAAGTTCTGGTCCATCCTCCAGTTTGGACAATGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134759 GTCAGGAGAAGAGAAGTTCTGGTCCATCCTCCAGTTTGGACAATGGCAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGCTTGGATGTTTTAAAGAA         CCACGTACTAAATGAACTGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 134809 AGCTTGGATGTTTTAAAGAAGTA...TAGCCACGTACTAAATGAACTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACAGACTGAGAGAGTTTATGTTCGAGAACTGTATACTGTTTTGTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 136761 ACAGACTGAGAGAGTTTATGTTCGAGAACTGTATACTGTTTTGTTGGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489      GGTTATAGAGCGGAGATGGATAATCCAGAGATGTTTGATCTTATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136811 ..TAGGGTTATAGAGCGGAGATGGATAATCCAGAGATGTTTGATCTTATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CCACCTCTCCTGAGAAATAAAAAGGACATTCTCTTTGGAAACATGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137580 CCACCTCTCCTGAGAAATAAAAAGGACATTCTCTTTGGAAACATGGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AATATATGAATTCCATAACGA         CATTTTCTTGAGCAGCCTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137630 AATATATGAATTCCATAACGAGTA...CAGCATTTTCTTGAGCAGCCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AAAATTGTGCTCATGCTCCAGAAAGAGTGGGACCTTGTTTCCTGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137789 AAAATTGTGCTCATGCTCCAGAAAGAGTGGGACCTTGTTTCCTGGAAAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675          AAGGATGATTTTCAGATGTATGCAAAATATTGTCAGAATAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137839 GTT...CAGAAGGATGATTTTCAGATGTATGCAAAATATTGTCAGAATAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GCCCAGATCAGAAACAATTTGGAGGAAGTATTCAGAATGCGCATTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140062 GCCCAGATCAGAAACAATTTGGAGGAAGTATTCAGAATGCGCATTTTTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AG         GAATGTCAAAGAAAGTTAAAACACAGACTTAGACTGGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140112 AGGTA...CAGGAATGTCAAAGAAAGTTAAAACACAGACTTAGACTGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TCCTATTTACTCAAACCAGTGCAACGAATCACTAAATATCAGTTATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144060 TCCTATTTACTCAAACCAGTGCAACGAATCACTAAATATCAGTTATTGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GAAG         GAGCTATTAAAATATAGCAAAGACTGTGAAGGATCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144110 GAAGGTA...CAGGAGCTATTAAAATATAGCAAAGACTGTGAAGGATCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTCTGTTGAAGAAGGCACTCGATGCAATGCTGGATTTACTGAAGTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144971 CTCTGTTGAAGAAGGCACTCGATGCAATGCTGGATTTACTGAAGTCAGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AATGATTCTATGCATCAGATTGCAATAAATGGCTATATT         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 145021 AATGATTCTATGCATCAGATTGCAATAAATGGCTATATTGTA...TAGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 AAACTTAAATGAACTGGGCAAGATGATAATGCAAGGTGGATTCAGCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145751 AAACTTAAATGAACTGGGCAAGATGATAATGCAAGGTGGATTCAGCGTTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 GGATAGGGCACAAGAAAGGTGCTACAAAAATGAAGGATTTGGCTAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145801 GGATAGGGCACAAGAAAGGTGCTACAAAAATGAAGGATTTGGCTAGATTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AAACCAATGCAGCGACACCTTTTCTTGTATGAAAAAGCCATTGTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145851 AAACCAATGCAGCGACACCTTTTCTTGTATGAAAAAGCCATTGTTTTTTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CAAAAGGCGTGTTGAAAGTGGAGAAGGCTCTGACAGATACCCGTCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145901 CAAAAGGCGTGTTGAAAGTGGAGAAGGCTCTGACAGATACCCGTCATACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 GTTTTAAACACTGTTGGAAA         ATGGATGAAGTTGGAATCACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 145951 GTTTTAAACACTGTTGGAAAGTA...TAGATGGATGAAGTTGGAATCACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GAATATGTAAAAGGTGATAACCGCAAGTTTGAAATCTGGTATGGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152613 GAATATGTAAAAGGTGATAACCGCAAGTTTGAAATCTGGTATGGTGAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GGAAGAAGTTTATATTGTCCAG         GCTTCTAATGTAGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 152663 GGAAGAAGTTTATATTGTCCAGGTT...TAGGCTTCTAATGTAGATGTGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 AGATGACGTGGCTAAAAGAAATAAGAAATATTTTGTTGAAGCAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154100 AGATGACGTGGCTAAAAGAAATAAGAAATATTTTGTTGAAGCAGCAGGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 CTTTTGACAG         TTAAAAAAAGAAAGCAACAGGATCAATTAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 154150 CTTTTGACAGGTA...CAGTTAAAAAAAGAAAGCAACAGGATCAATTAAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 AGAACGGGATAAGTTTCAGATTTCTCTTCAGCAGAATGATGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 154762 AGAACGGGATAAGTTTCAGATTTCTCTTCAGCAGAATGATGAGTA...CA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2454  AAAGCAACAGGGAGCTTTTATAAGTACTGAGGAAACTGAATTGGAACAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156031 GAAAGCAACAGGGAGCTTTTATAAGTACTGAGGAAACTGAATTGGAACAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 ACCAGCACTGTGGTGGAGGTCTGTGAGGCAATTGCGTCAGTTCAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156081 ACCAGCACTGTGGTGGAGGTCTGTGAGGCAATTGCGTCAGTTCAGGCAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 AGCAAATACAG         TTTGGACTGAGGCATCACAATCTGCAGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 156131 AGCAAATACAGGTA...TAGTTTGGACTGAGGCATCACAATCTGCAGAAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 TCTCTGAAGAACCTGCGGAATGGTCAAGCAACTATTTCTACCCTACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157371 TCTCTGAAGAACCTGCGGAATGGTCAAGCAACTATTTCTACCCTACTTAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GATGAAAATGAAGAAGAAAATAGGCCCCTCATG         AGACCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 157421 GATGAAAATGAAGAAGAAAATAGGCCCCTCATGGTT...TAGAGACCTGT

   2900     .    :    .    :
   2685 GTCGGAGATGGCTCTCCTATAT
        ||||||||||||||||||||||
 160024 GTCGGAGATGGCTCTCCTATAT