seq1 = pF1KB9096.tfa, 1806 bp
seq2 = pF1KB9096/gi568815581r_19578689.tfa (gi568815581r:19578689_19816555), 237867 bp

>pF1KB9096 1806
>gi568815581r:19578689_19816555 (Chr17)

(complement)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-225  (101339-101440)   100% ->
226-294  (101767-101835)   100% ->
295-443  (102583-102731)   100% ->
444-486  (103811-103853)   100% ->
487-531  (107796-107840)   100% ->
532-737  (108049-108254)   100% ->
738-835  (108713-108810)   100% ->
836-949  (109795-109908)   100% ->
950-1017  (111053-111120)   98% ->
1018-1126  (112378-112486)   100% ->
1127-1202  (113389-113464)   100% ->
1203-1272  (113882-113951)   100% ->
1273-1405  (134886-135018)   100% ->
1406-1500  (135095-135189)   100% ->
1501-1588  (136517-136604)   100% ->
1589-1806  (137650-137867)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGCCTCCAGGACACAGTGGCCCTGGACCATGGGGGCTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAGCCTCCAGGACACAGTGGCCCTGGACCATGGGGGCTGCTGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCTCAGCAGGCTGGTTCCCAGAGGCTTTGGGACTGAGATGTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCTCAGCAGGCTGGTTCCCAGAGGCTTTGGGACTGAGATGTGGACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTTGCCCTTTCTGGACCCCTG         TTCCTGTTCCAGGTGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 TCTTTGCCCTTTCTGGACCCCTGGTA...CAGTTCCTGTTCCAGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTTTTATGATCTACATCGTGAGCACTGTGTTCTGCGGGCACCTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101357 ACTTTTATGATCTACATCGTGAGCACTGTGTTCTGCGGGCACCTGGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGAGCTGGCATCGGTGACCCTCGCGGTGGCC         TTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101407 GGTGGAGCTGGCATCGGTGACCCTCGCGGTGGCCGTG...CAGTTTGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTCTGCGGAGTTTCTGTAGGAGTTGGTTTGTCTTCGGCATGTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 ATGTCTGCGGAGTTTCTGTAGGAGTTGGTTTGTCTTCGGCATGTGACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGATGTCTCAG         AGCTTCGGCAGCCCCAACAAGAAGCACGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101824 TTGATGTCTCAGGTG...CAGAGCTTCGGCAGCCCCAACAAGAAGCACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGCGTGATCCTGCAGCGGGGCGCGCTGGTCCTGCTCCTCTGCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102612 GGGCGTGATCCTGCAGCGGGGCGCGCTGGTCCTGCTCCTCTGCTGCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTGCTGGGCGCTCTTCCTCAACACCCAGCACATCCTGCTGCTCTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102662 CTTGCTGGGCGCTCTTCCTCAACACCCAGCACATCCTGCTGCTCTTCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGGACCCGGACGTGTCCAG         GTTGACCCAGGACTATGTAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102712 CAGGACCCGGACGTGTCCAGGTG...CAGGTTGACCCAGGACTATGTAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATTTTCATTCCAGGACTTCCG         GTGATTTTTCTTTACAATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103832 GATTTTCATTCCAGGACTTCCGGTA...CAGGTGATTTTTCTTTACAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCTGGCAAAATATTTGCAAAATCAG         GGATGGCTGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107815 TGCTGGCAAAATATTTGCAAAATCAGGTA...CAGGGATGGCTGAAGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAGGAGGAGGAGTCCCCATTCCAAACCCCGGGTTTGTCCATCCTCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108064 CAGGAGGAGGAGTCCCCATTCCAAACCCCGGGTTTGTCCATCCTCCATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATCTCACTCACACCTTAGCAGGGCCAGTTTTCATTTATTTCAGAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108114 ATCTCACTCACACCTTAGCAGGGCCAGTTTTCATTTATTTCAGAAGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTGGCCCCAAGTCCTCAGTGGTGTGGTGGGCAACTGTGTCAACGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108164 CCTGGCCCCAAGTCCTCAGTGGTGTGGTGGGCAACTGTGTCAACGGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCAACTATGCCCTGGTTTCTGTGCTGAACCTGGGGGTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108214 GCCAACTATGCCCTGGTTTCTGTGCTGAACCTGGGGGTCAGGTG...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGCTCCGCCTATGCCAACATCATCTCCCAGTTTGCACAGACCGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 GGGCTCCGCCTATGCCAACATCATCTCCCAGTTTGCACAGACCGTCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCTTCTCTACATTGTGCTGAAGAAGCTGCACCTGGAGACGTGGGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108763 TCCTTCTCTACATTGTGCTGAAGAAGCTGCACCTGGAGACGTGGGCAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836        GTTGGTCCAGCCAGTGCCTGCAGGACTGGGGCCCCTTCTTCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 G...CAGGTTGGTCCAGCCAGTGCCTGCAGGACTGGGGCCCCTTCTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGGCTGTCCCCAGCATGCTCATGATCTGTGTTGAGTGGTGGGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109838 CCTGGCTGTCCCCAGCATGCTCATGATCTGTGTTGAGTGGTGGGCCTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGATCGGGAGCTTCCTCATGG         GGCTGCTCAGTGTGGTGGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109888 AGATCGGGAGCTTCCTCATGGGTA...TAGGGCTGCTCAGTGTGGTGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTCTCTGCCCAGGCTGTCATCTATGAGGTGGCCACTGTGACCTACATG  
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>
 111073 CTCTCTGCCCAGGCTGTCATCTACGAGGTGGCCACTGTGACCTACATGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018        ATTCCCTTGGGGCTCAGCATCGGGGTCTGTGTCCGAGTGGGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111123 A...CAGATTCCCTTGGGGCTCAGCATCGGGGTCTGTGTCCGAGTGGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGCTCTGGGGGCTGCGGATACTGTGCAGGCCAAGCGCTCGGCCGTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112421 TGGCTCTGGGGGCTGCGGATACTGTGCAGGCCAAGCGCTCGGCCGTCTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGCGTGCTCAGCATAG         TTGGCATTTCCCTGGTCCTGGGCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112471 GGCGTGCTCAGCATAGGTA...CAGTTGGCATTTCCCTGGTCCTGGGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCTGATAAGCATCCTGAAAAATCAGCTGGGGCATATTTTTACCAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113414 CCTGATAAGCATCCTGAAAAATCAGCTGGGGCATATTTTTACCAATGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 A         AGATGTCATTGCCCTGGTGAGCCAGGTCTTGCCGGTTTAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113464 AGTA...CAGAGATGTCATTGCCCTGGTGAGCCAGGTCTTGCCGGTTTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AGTGTCTTTCACGTGTTTGAGGCCATCTGT         TGTGTCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113922 AGTGTCTTTCACGTGTTTGAGGCCATCTGTGTA...TAGTGTGTCTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CGGAGTTCTGAGAGGAACTGGGAAGCAGGCCTTTGGTGCCGCTGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134897 CGGAGTTCTGAGAGGAACTGGGAAGCAGGCCTTTGGTGCCGCTGTGAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCATCACATATTACATCATCGGCCTACCACTGGGCATCCTTCTGACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134947 CCATCACATATTACATCATCGGCCTACCACTGGGCATCCTTCTGACCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTGGTCAGAATGAGAATCATGG         GCCTCTGGCTGGGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 134997 GTGGTCAGAATGAGAATCATGGGTA...CAGGCCTCTGGCTGGGCATGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GGCCTGTGTCTTCCTGGCAACTGCTGCCTTTGTTGCTTATACTGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135114 GGCCTGTGTCTTCCTGGCAACTGCTGCCTTTGTTGCTTATACTGCCCGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGGACTGGAAGCTTGCTGCAGAGGAG         GCTAAGAAACATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 135164 TGGACTGGAAGCTTGCTGCAGAGGAGGTA...TAGGCTAAGAAACATTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GGCCGGCAGCAGCAGCAGAGAGCAGAGAGCACTGCAACCAGACCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136532 GGCCGGCAGCAGCAGCAGAGAGCAGAGAGCACTGCAACCAGACCTGGGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TGAGAAAGCAGTCCTATCTTCAG         TGGCTACAGGCAGTTCCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 136582 TGAGAAAGCAGTCCTATCTTCAGGTA...CAGTGGCTACAGGCAGTTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CTGGCATTACCTTGACAACGTATTCAAGGTCTGAGTGCCACGTGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137668 CTGGCATTACCTTGACAACGTATTCAAGGTCTGAGTGCCACGTGGACTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TTCAGGACTCCAGAGGAGGCCCACGCCCTTTCAGCTCCTACCAGCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137718 TTCAGGACTCCAGAGGAGGCCCACGCCCTTTCAGCTCCTACCAGCAGACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 ATCAGTGAAACAGCTGGTCATCCGCCGTGGGGCTGCTCTGGGGGCGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137768 ATCAGTGAAACAGCTGGTCATCCGCCGTGGGGCTGCTCTGGGGGCGGCGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CAGCCACACTGATGGTGGGGCTCACGGTCAGGATCCTAGCCACCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137818 CAGCCACACTGATGGTGGGGCTCACGGTCAGGATCCTAGCCACCAGGCAC